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タイトルProgrammable icosahedral shell system for virus trapping.
ジャーナル・号・ページNat Mater, Vol. 20, Issue 9, Page 1281-1289, Year 2021
掲載日2021年6月14日
著者Christian Sigl / Elena M Willner / Wouter Engelen / Jessica A Kretzmann / Ken Sachenbacher / Anna Liedl / Fenna Kolbe / Florian Wilsch / S Ali Aghvami / Ulrike Protzer / Michael F Hagan / Seth Fraden / Hendrik Dietz /
PubMed 要旨Broad-spectrum antiviral platforms that can decrease or inhibit viral infection would alleviate many threats to global public health. Nonetheless, effective technologies of this kind are still not ...Broad-spectrum antiviral platforms that can decrease or inhibit viral infection would alleviate many threats to global public health. Nonetheless, effective technologies of this kind are still not available. Here, we describe a programmable icosahedral canvas for the self-assembly of icosahedral shells that have viral trapping and antiviral properties. Programmable triangular building blocks constructed from DNA assemble with high yield into various shell objects with user-defined geometries and apertures. We have created shells with molecular masses ranging from 43 to 925 MDa (8 to 180 subunits) and with internal cavity diameters of up to 280 nm. The shell interior can be functionalized with virus-specific moieties in a modular fashion. We demonstrate this virus-trapping concept by engulfing hepatitis B virus core particles and adeno-associated viruses. We demonstrate the inhibition of hepatitis B virus core interactions with surfaces in vitro and the neutralization of infectious adeno-associated viruses exposed to human cells.
リンクNat Mater / PubMed:34127822 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度11.9 - 47.9 Å
構造データ

EMDB-12007:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami half octahedron
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.4 Å

EMDB-12008:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=9 triangle (pentamer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.9 Å

EMDB-12009:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami octahedron triangle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.7 Å

EMDB-12010:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=1 triangle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.3 Å

EMDB-12011:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=3 triangle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.1 Å

EMDB-12012:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=4 triangle (isosceles)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.2 Å

EMDB-12013:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=4 triangle (equilateral)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.2 Å

EMDB-12014:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=9 triangle (hexamer 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.9 Å

EMDB-12015:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=9 triangle (hexamer 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-12016:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami octahedron shell
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.2 Å

EMDB-12019:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=3 shell
手法: EM (単粒子) / 解像度: 36.2 Å

EMDB-12020:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=4 shell
手法: EM (単粒子) / 解像度: 47.9 Å

EMDB-12021:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=1 shell
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-12022:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: T=1 shell trapping a HBV core particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-12023:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=1 shell with pentagonal aperture
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.3 Å

EMDB-12024:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami T=1 shell (at 25mM MgCl2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.2 Å

EMDB-12044:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami half octahedron shell trapping a Hepatitis B core particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-12045:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami half T=1 shell
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.2 Å

EMDB-12046:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: DNA-origami triangular brick
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.9 Å

EMDB-12049:
Programmable icosahedral shell system for virus trapping: spiky DNA-origami T=1 shell
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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