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タイトルThree-dimensional structure of the myosin V inhibited state by cryoelectron tomography.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 442, Issue 7099, Page 208-211, Year 2006
掲載日2006年7月13日
著者Jun Liu / Dianne W Taylor / Elena B Krementsova / Kathleen M Trybus / Kenneth A Taylor /
PubMed 要旨Unconventional myosin V (myoV) is an actin-based molecular motor that has a key function in organelle and mRNA transport, as well as in membrane trafficking. MyoV was the first member of the myosin ...Unconventional myosin V (myoV) is an actin-based molecular motor that has a key function in organelle and mRNA transport, as well as in membrane trafficking. MyoV was the first member of the myosin superfamily shown to be processive, meaning that a single motor protein can 'walk' hand-over-hand along an actin filament for many steps before detaching. Full-length myoV has a low actin-activated MgATPase activity at low [Ca2+], whereas expressed constructs lacking the cargo-binding domain have a high activity regardless of [Ca2+] (refs 5-7). Hydrodynamic data and electron micrographs indicate that the active state is extended, whereas the inactive state is compact. Here we show the first three-dimensional structure of the myoV inactive state. Each myoV molecule consists of two heads that contain an amino-terminal motor domain followed by a lever arm that binds six calmodulins. The heads are followed by a coiled-coil dimerization domain (S2) and a carboxy-terminal globular cargo-binding domain. In the inactive structure, bending of myoV at the head-S2 junction places the cargo-binding domain near the motor domain's ATP-binding pocket, indicating that ATPase inhibition might occur through decreased rates of nucleotide exchange. The actin-binding interfaces are unobstructed, and the lever arm is oriented in a position typical of strong actin-binding states. This structure indicates that motor recycling after cargo delivery might occur through transport on actively treadmilling actin filaments rather than by diffusion.
リンクNature / PubMed:16625208
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (電子線結晶学)
解像度24.0 Å
構造データ

1201

2dfs

EMDB-1201: Three-dimensional structure of the myosin V inhibited state by cryoelectron tomography.
PDB-2dfs: 3-D structure of Myosin-V inhibited state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • gallus gallus (ニワトリ)
キーワードCONTRACTILE PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / myosin-V (ミオシン) / inhibited state / calmodulin (カルモジュリン) / cryoelectron tomography / CONTRACTILE PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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