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タイトルMolecular rationale for antibody-mediated targeting of the hantavirus fusion glycoprotein.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年12月22日
著者Ilona Rissanen / Robert Stass / Stefanie A Krumm / Jeffrey Seow / Ruben Jg Hulswit / Guido C Paesen / Jussi Hepojoki / Olli Vapalahti / Åke Lundkvist / Olivier Reynard / Viktor Volchkov / Katie J Doores / Juha T Huiskonen / Thomas A Bowden /
PubMed 要旨The intricate lattice of Gn and Gc glycoprotein spike complexes on the hantavirus envelope facilitates host-cell entry and is the primary target of the neutralizing antibody-mediated immune response. ...The intricate lattice of Gn and Gc glycoprotein spike complexes on the hantavirus envelope facilitates host-cell entry and is the primary target of the neutralizing antibody-mediated immune response. Through study of a neutralizing monoclonal antibody termed mAb P-4G2, which neutralizes the zoonotic pathogen Puumala virus (PUUV), we provide a molecular-level basis for antibody-mediated targeting of the hantaviral glycoprotein lattice. Crystallographic analysis demonstrates that P-4G2 binds to a multi-domain site on PUUV Gc and may preclude fusogenic rearrangements of the glycoprotein that are required for host-cell entry. Furthermore, cryo-electron microscopy of PUUV-like particles in the presence of P-4G2 reveals a lattice-independent configuration of the Gc, demonstrating that P-4G2 perturbs the (Gn-Gc) lattice. This work provides a structure-based blueprint for rationalizing antibody-mediated targeting of hantaviruses.
リンクElife / PubMed:33349334 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / X線回折
解像度3.5 - 14.3 Å
構造データ

11964

7b09

EMDB-11964: Puumala virus-like particle glycoprotein spike in complex with fab fragment P-4G2.
PDB-7b09: Puumala virus glycoprotein (Gc) in complex with fab fragment P-4G2.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.4 Å

EMDB-11965:
A reconstruction of Puumala virus-like particle glycoprotein spike lattice in the presence of fab 4G2 which is absent from the reconstruction.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.3 Å

11966

7b0a

EMDB-11966: Puumala virus-like particle glycoprotein lattice.
PDB-7b0a: Puumala virus-like particle glycoprotein spike and lattice contacts model.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.9 Å

PDB-6z06:
Crystal structure of Puumala virus Gc in complex with Fab 4G2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • myodes glareolus (ネズミ)
  • puumala orthohantavirus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral glycoprotein / class II fusion glycoprotein / neutralizing antibody complex (中和抗体) / hantavirus glycoprotein Gc / bank vole antibody / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / VLP / virus-like particle (ウイルス様粒子) / Puumala / PUUV / glycoprotein (糖タンパク質) / spike / fab / P-4G2 / antibody (抗体) / epitope (エピトープ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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