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タイトルStructural Basis for Bacterial Ribosome-Associated Quality Control by RqcH and RqcP.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 1, Page 115-126.e7, Year 2021
掲載日2021年1月7日
著者Caillan Crowe-McAuliffe / Hiraku Takada / Victoriia Murina / Christine Polte / Sergo Kasvandik / Tanel Tenson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk /
PubMed 要旨In all branches of life, stalled translation intermediates are recognized and processed by ribosome-associated quality control (RQC) pathways. RQC begins with the splitting of stalled ribosomes, ...In all branches of life, stalled translation intermediates are recognized and processed by ribosome-associated quality control (RQC) pathways. RQC begins with the splitting of stalled ribosomes, leaving an unfinished polypeptide still attached to the large subunit. Ancient and conserved NEMF family RQC proteins target these incomplete proteins for degradation by the addition of C-terminal "tails." How such tailing can occur without the regular suite of translational components is, however, unclear. Using single-particle cryo-electron microscopy (EM) of native complexes, we show that C-terminal tailing in Bacillus subtilis is mediated by NEMF protein RqcH in concert with RqcP, an Hsp15 family protein. Our structures reveal how these factors mediate tRNA movement across the ribosomal 50S subunit to synthesize polypeptides in the absence of mRNA or the small subunit.
リンクMol Cell / PubMed:33259810
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 4.9 Å
構造データ

EMDB-11889, PDB-7as8:
Bacillus subtilis ribosome quality control complex state B. Ribosomal 50S subunit with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-11890, PDB-7as9:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex state A. Ribosomal 50S subunit with peptidyl tRNA in the A/P position and RqcH.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-11891, PDB-7asa:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex state B, multibody refinement focussed on RqcH. Ribosomal 50S subunit with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-11913:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex, state C, derived from RqcH affinity purification.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-11914:
Ribosome-associated quality control complex from Bacillus subtilis, state D. Large ribosomal subunit in complex with P-tRNA and RqcP/YabO.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-11915:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex state B*, derived from RqcH affinity purification.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-11916:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex, state E, derived from RqcP/YabO affinity purification.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-11917:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex with SRP, derived from RqcP/YabO affinity purification.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-11918:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex, state D, derived from RqcP/YabO affinity purification.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-11919:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex, state B, derived from RqcP/YabO affinity purification.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-11920:
Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex with RsfS, derived from RqcP/YabO affinity purification.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

由来
  • bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
  • bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / 50S / tRNA (転移RNA) / RQC / RqcH / peptidyl-tRNA (細菌の翻訳) / RqcP / YabO / alanine tailing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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