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タイトルCryo-EM structure of the fully-loaded asymmetric anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 16, Issue 8, Page e1008530, Year 2020
掲載日2020年8月18日
著者Claudia Antoni / Dennis Quentin / Alexander E Lang / Klaus Aktories / Christos Gatsogiannis / Stefan Raunser /
PubMed 要旨Anthrax toxin is the major virulence factor secreted by Bacillus anthracis, causing high mortality in humans and other mammals. It consists of a membrane translocase, known as protective antigen (PA) ...Anthrax toxin is the major virulence factor secreted by Bacillus anthracis, causing high mortality in humans and other mammals. It consists of a membrane translocase, known as protective antigen (PA), that catalyzes the unfolding of its cytotoxic substrates lethal factor (LF) and edema factor (EF), followed by translocation into the host cell. Substrate recruitment to the heptameric PA pre-pore and subsequent translocation, however, are not well understood. Here, we report three high-resolution cryo-EM structures of the fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state, which differ in the position and conformation of LFs. The structures reveal that three LFs interact with the heptameric PA and upon binding change their conformation to form a continuous chain of head-to-tail interactions. As a result of the underlying symmetry mismatch, one LF binding site in PA remains unoccupied. Whereas one LF directly interacts with a part of PA called α-clamp, the others do not interact with this region, indicating an intermediate state between toxin assembly and translocation. Interestingly, the interaction of the N-terminal domain with the α-clamp correlates with a higher flexibility in the C-terminal domain of the protein. Based on our data, we propose a model for toxin assembly, in which the relative position of the N-terminal α-helices in the three LFs determines which factor is translocated first.
リンクPLoS Pathog / PubMed:32810181 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.3 Å
構造データ

11522

6zxj

EMDB-11522, PDB-6zxj:
Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state, in which the third lethal factor is masked out (PA7LF3-masked)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

11523

6zxk

EMDB-11523, PDB-6zxk:
Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state and PA7LF(2+1B) arrangement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

11524

6zxl

EMDB-11524, PDB-6zxl:
Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state and PA7LF(2+1A) arrangement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-11525:
Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state and PA7LF(2+1A)' arrangement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

由来
  • bacillus anthracis (炭疽菌)
キーワードTOXIN (毒素) / anthrax lethal toxin / fully-loaded pre-pore state / membrane translocase / cytotoxic substrate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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