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タイトルNeutralization of SARS-CoV-2 by Destruction of the Prefusion Spike.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 28, Issue 3, Page 445-454.e6, Year 2020
掲載日2020年9月9日
著者Jiandong Huo / Yuguang Zhao / Jingshan Ren / Daming Zhou / Helen M E Duyvesteyn / Helen M Ginn / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Pranav N M Shah / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Naomi Coombes / Kevin R Bewley / Julia A Tree / Julika Radecke / Neil G Paterson / Piyada Supasa / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Miles Carroll / Alain Townsend / Elizabeth E Fry / Raymond J Owens / David I Stuart /
PubMed 要旨There are as yet no licensed therapeutics for the COVID-19 pandemic. The causal coronavirus (SARS-CoV-2) binds host cells via a trimeric spike whose receptor binding domain (RBD) recognizes ...There are as yet no licensed therapeutics for the COVID-19 pandemic. The causal coronavirus (SARS-CoV-2) binds host cells via a trimeric spike whose receptor binding domain (RBD) recognizes angiotensin-converting enzyme 2, initiating conformational changes that drive membrane fusion. We find that the monoclonal antibody CR3022 binds the RBD tightly, neutralizing SARS-CoV-2, and report the crystal structure at 2.4 Å of the Fab/RBD complex. Some crystals are suitable for screening for entry-blocking inhibitors. The highly conserved, structure-stabilizing CR3022 epitope is inaccessible in the prefusion spike, suggesting that CR3022 binding facilitates conversion to the fusion-incompetent post-fusion state. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) analysis confirms that incubation of spike with CR3022 Fab leads to destruction of the prefusion trimer. Presentation of this cryptic epitope in an RBD-based vaccine might advantageously focus immune responses. Binders at this epitope could be useful therapeutically, possibly in synergy with an antibody that blocks receptor attachment.
リンクCell Host Microbe / PubMed:32585135 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.42 - 4.36 Å
構造データ

10863

6yor

EMDB-10863, PDB-6yor:
Structure of the SARS-CoV-2 spike S1 protein in complex with CR3022 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

11119

6z97

EMDB-11119, PDB-6z97:
Structure of the prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

PDB-6yla:
Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with CR3022 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.42 Å

PDB-6ym0:
Crystal structure of the SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with CR3022 Fab (crystal form 1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.36 Å

化合物

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-MLI:
MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-PG0:
2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル / 阻害剤, 沈殿剤*YM / ジエチレングリコールモノメチルエーテル

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • homo sapiens (ヒト)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 Spike protein / RBD / CR3022 / complex / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / receptor binding domain (RBD) / Vagabond / SARS-CoV-2 Spike glycoprotein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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