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Structure paper

タイトルA Structure-Based Mechanism for DNA Entry into the Cohesin Ring.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 79, Issue 6, Page 917-933.e9, Year 2020
掲載日2020年9月17日
著者Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J O'Reilly / Juri Rappsilber / Alessandro Costa / Frank Uhlmann /
PubMed 要旨Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and ...Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to visualize a cohesin loading intermediate in which DNA is locked between two gates that lead into the cohesin ring. Building on this structural framework, we design experiments to establish the order of events during cohesin loading. In an initial step, DNA traverses an N-terminal kleisin gate that is first opened upon ATP binding and then closed as the cohesin loader locks the DNA against the ATPase gate. ATP hydrolysis will lead to ATPase gate opening to complete DNA entry. Whether DNA loading is successful or results in loop extrusion might be dictated by a conserved kleisin N-terminal tail that guides the DNA through the kleisin gate. Our results establish the molecular basis for cohesin loading onto DNA.
リンクMol Cell / PubMed:32755595 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.94 - 27.0 Å
構造データ

EMDB-10870:
Cohesin complex with loader gripping DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

10930

6yuf

EMDB-10930, PDB-6yuf:
Cohesin complex with loader gripping DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.94 Å

化合物

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

由来
  • Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
  • schizosaccharomyces pombe (strain 972 / atcc 24843) (分裂酵母)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Chromosome segregation Sister chromatid cohesion SMC complexes Cohesin ABC-ATPase Mis4-Scc2-NIPBL

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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