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タイトルNeed for Speed: Examining Protein Behavior during CryoEM Grid Preparation at Different Timescales.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 28, Issue 11, Page 1238-11248.e4, Year 2020
掲載日2020年11月3日
著者David P Klebl / Molly S C Gravett / Dimitrios Kontziampasis / David J Wright / Robin S Bon / Diana C F Monteiro / Martin Trebbin / Frank Sobott / Howard D White / Michele C Darrow / Rebecca F Thompson / Stephen P Muench /
PubMed 要旨A host of new technologies are under development to improve the quality and reproducibility of cryoelectron microscopy (cryoEM) grid preparation. Here we have systematically investigated the ...A host of new technologies are under development to improve the quality and reproducibility of cryoelectron microscopy (cryoEM) grid preparation. Here we have systematically investigated the preparation of three macromolecular complexes using three different vitrification devices (Vitrobot, chameleon, and a time-resolved cryoEM device) on various timescales, including grids made within 6 ms (the fastest reported to date), to interrogate particle behavior at the air-water interface for different timepoints. Results demonstrate that different macromolecular complexes can respond to the thin-film environment formed during cryoEM sample preparation in highly variable ways, shedding light on why cryoEM sample preparation can be difficult to optimize. We demonstrate that reducing time between sample application and vitrification is just one tool to improve cryoEM grid quality, but that it is unlikely to be a generic "silver bullet" for improving the quality of every cryoEM sample preparation.
リンクStructure / PubMed:32814033 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.1 - 9.4 Å
構造データ

EMDB-10871:
30S ribosome subunit deposited by spraying (13 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-10872:
30S ribosome subunit deposited using the chameleon (54 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-10873:
30S ribosome subunit deposited using the chameleon (200 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-10874:
30S ribosome subunit prepared by blotting
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-10875:
50S ribosome subunit deposited by spraying (13 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-10876:
50S ribosome subunit deposited using the chameleon (54 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-10877:
50S ribosome subunit deposited using the chameleon (200 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-10878:
50S ribosome subunit prepared by blotting
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-10879:
70S ribosome deposited by spraying (13 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-10880:
70S ribosome deposited using the chameleon (54 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-10881:
70S ribosome deposited using the chameleon (200 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-10882:
70S ribosome prepared by blotting
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-10883:
HSPD1 single ring deposited by spraying (6 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-10884:
HSPD1 single ring deposited by spraying (50 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-10885:
HSPD1 single ring deposited using the chameleon (54 ms delay)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-10886:
HSPD1 single ring prepared by blotting
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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