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タイトルStructural transitions in influenza haemagglutinin at membrane fusion pH.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 583, Issue 7814, Page 150-153, Year 2020
掲載日2020年5月27日
著者Donald J Benton / Steven J Gamblin / Peter B Rosenthal / John J Skehel /
PubMed 要旨Infection by enveloped viruses involves fusion of their lipid envelopes with cellular membranes to release the viral genome into cells. For HIV, Ebola, influenza and numerous other viruses, envelope ...Infection by enveloped viruses involves fusion of their lipid envelopes with cellular membranes to release the viral genome into cells. For HIV, Ebola, influenza and numerous other viruses, envelope glycoproteins bind the infecting virion to cell-surface receptors and mediate membrane fusion. In the case of influenza, the receptor-binding glycoprotein is the haemagglutinin (HA), and following receptor-mediated uptake of the bound virus by endocytosis, it is the HA that mediates fusion of the virus envelope with the membrane of the endosome. Each subunit of the trimeric HA consists of two disulfide-linked polypeptides, HA1 and HA2. The larger, virus-membrane-distal, HA1 mediates receptor binding; the smaller, membrane-proximal, HA2 anchors HA in the envelope and contains the fusion peptide, a region that is directly involved in membrane interaction. The low pH of endosomes activates fusion by facilitating irreversible conformational changes in the glycoprotein. The structures of the initial HA at neutral pH and the final HA at fusion pH have been investigated by electron microscopy and X-ray crystallography. Here, to further study the process of fusion, we incubate HA for different times at pH 5.0 and directly image structural changes using single-particle cryo-electron microscopy. We describe three distinct, previously undescribed forms of HA, most notably a 150 Å-long triple-helical coil of HA2, which may bridge between the viral and endosomal membranes. Comparison of these structures reveals concerted conformational rearrangements through which the HA mediates membrane fusion.
リンクNature / PubMed:32461688 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 9.9 Å
構造データ

10696

6y5g

EMDB-10696, PDB-6y5g:
Ectodomain of X-31 Haemagglutinin at pH 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

10697

6y5h

EMDB-10697, PDB-6y5h:
Ectodomain of X-31 Haemagglutinin at pH 5 (State I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

10698

6y5i

EMDB-10698, PDB-6y5i:
Dilated form 1 of X-31 Influenza Haemagglutinin at pH 5 (State II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

10699

6y5j

EMDB-10699, PDB-6y5j:
Dilated form 2 of X-31 Influenza Haemagglutinin at pH 5 (State III)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

10700

6y5k

EMDB-10700, PDB-6y5k:
Extended Intermediate form of X-31 Influenza Haemagglutinin at pH 5 (State IV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

10701

6y5l

EMDB-10701, PDB-6y5l:
Signal Subtracted Extended Intermediate form of X-31 Influenza Haemagglutinin at pH 5 (State IV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-10702:
Post-fusion X-31 Influenza Haemagglutinin at pH 5 (State V)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
  • unidentified influenza virus
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Haemagglutinin (ヘマグルチニン) / Hemagglutinin (ヘマグルチニン) / Fusion protein (融合タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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