[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural ensemble of a glutamate transporter homologue in lipid nanodisc environment.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 998, Year 2020
掲載日2020年2月21日
著者Valentina Arkhipova / Albert Guskov / Dirk J Slotboom /
PubMed 要旨Glutamate transporters are cation-coupled secondary active membrane transporters that clear the neurotransmitter L-glutamate from the synaptic cleft. These transporters are homotrimers, with each ...Glutamate transporters are cation-coupled secondary active membrane transporters that clear the neurotransmitter L-glutamate from the synaptic cleft. These transporters are homotrimers, with each protomer functioning independently by an elevator-type mechanism, in which a mobile transport domain alternates between inward- and outward-oriented states. Using single-particle cryo-EM we have determined five structures of the glutamate transporter homologue Glt, a Na- L-aspartate symporter, embedded in lipid nanodiscs. Dependent on the substrate concentrations used, the protomers of the trimer adopt a variety of asymmetrical conformations, consistent with the independent movement. Six of the 15 resolved protomers are in a hitherto elusive state of the transport cycle in which the inward-facing transporters are loaded with Na ions. These structures explain how substrate-leakage is prevented - a strict requirement for coupled transport. The belt protein of the lipid nanodiscs bends around the inward oriented protomers, suggesting that membrane deformations occur during transport.
リンクNat Commun / PubMed:32081874 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.22 - 3.47 Å
構造データ

10632

6xwn

EMDB-10632, PDB-6xwn:
Structure of glutamate transporter homologue GltTk in the presence of TBOA inhibitor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

10633

6xwo

EMDB-10633, PDB-6xwo:
Structure of glutamate transporter homologue GltTk in the unsaturated conditions - inward-inward-outward configuration
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

10634

6xwp

EMDB-10634, PDB-6xwp:
Structure of glutamate transporter homologue GltTk in unsaturated conditions - outward-outward-inward configuration
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

10635

6xwq

EMDB-10635, PDB-6xwq:
Structure of glutamate transporter homologue GltTk in the saturated conditions
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

10636

6xwr

EMDB-10636, PDB-6xwr:
Structure of glutamate transporter homologue GltTk in sodium only condition
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

化合物

ChemComp-TB1:
(3S)-3-(BENZYLOXY)-L-ASPARTIC ACID / TBOA

ChemComp-ASP:
ASPARTIC ACID / アスパラギン酸 / アスパラギン酸

由来
  • Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
  • thermococcus kodakarensis (strain atcc baa-918 / jcm 12380 / kod1) (古細菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / AMINO ACID TRANSPORTER / ASPARTATE TRANSPORT / GLUTAMATE TRANSPORTER HOMOLOGUE / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る