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Structure paper

タイトルThe complete structure of the human TFIIH core complex.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年3月12日
著者Basil J Greber / Daniel B Toso / Jie Fang / Eva Nogales /
PubMed 要旨Transcription factor IIH (TFIIH) is a heterodecameric protein complex critical for transcription initiation by RNA polymerase II and nucleotide excision DNA repair. The TFIIH core complex is ...Transcription factor IIH (TFIIH) is a heterodecameric protein complex critical for transcription initiation by RNA polymerase II and nucleotide excision DNA repair. The TFIIH core complex is sufficient for its repair functions and harbors the XPB and XPD DNA-dependent ATPase/helicase subunits, which are affected by human disease mutations. Transcription initiation additionally requires the CdK activating kinase subcomplex. Previous structural work has provided only partial insight into the architecture of TFIIH and its interactions within transcription pre-initiation complexes. Here, we present the complete structure of the human TFIIH core complex, determined by phase-plate cryo-electron microscopy at 3.7 Å resolution. The structure uncovers the molecular basis of TFIIH assembly, revealing how the recruitment of XPB by p52 depends on a pseudo-symmetric dimer of homologous domains in these two proteins. The structure also suggests a function for p62 in the regulation of XPD, and allows the mapping of previously unresolved human disease mutations.
リンクElife / PubMed:30860024 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.3 Å
構造データ

EMDB-0452, PDB-6nmi:
Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-0587:
Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex: Map sorted for the MAT1 RING domain.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-0588:
Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex: Map classified for absence of the p62 BSD2 domain.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-0589:
Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex: Map classified for presence of the p62 BSD2 domain.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-0602:
Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex: Multibody-refined map, body 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-0603:
Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex: Multibody-refined map, body 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-0604:
Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex: Multibody-refined map, body 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA repair (DNA修復) / helicase (ヘリカーゼ) / multiprotein complex (タンパク質複合体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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