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タイトルEngineering the PP7 Virus Capsid as a Peptide Display Platform.
ジャーナル・号・ページACS Nano, Vol. 13, Issue 4, Page 4443-4454, Year 2019
掲載日2019年4月23日
著者Liangjun Zhao / Mykhailo Kopylov / Clinton S Potter / Bridget Carragher / M G Finn /
PubMed 要旨As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the ...As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the genetic modification and structural characterization of the Leviviridae PP7 capsid protein as a platform for the presentation of functional polypeptides. This particle was shown to tolerate the display of sequences from 1 kDa (a cell penetrating peptide) to 14 kDa (the Fc-binding double Z-domain) on its exterior surface as C-terminal genetic fusions to the coat protein. In addition, a dimeric construct allowed the presentation of exogenous loops between capsid monomers and the simultaneous presentation of two different peptides at different positions on the icosahedral structure. The PP7 particle is thereby significantly more tolerant of these types of polypeptide additions than Qβ and MS2, the other Leviviridae-derived VLPs in common use.
リンクACS Nano / PubMed:30912918 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.43 Å
構造データ

0344

6n4v

EMDB-0344, PDB-6n4v:
CryoEM structure of Leviviridae PP7 WT coat protein dimer capsid (PP7PP7-WT)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-0351:
CryoEM structure of Leviviridae PP7 WT coat protein dimer capsid (PP7PP7-WT)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-0352:
CryoEM structure of Leviviridae PP7 WT coat protein dimer capsid (PP7PP7-WT)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-0353:
CryoEM structure of Leviviridae PP7 coat protein dimer capsid with a loop insertion (PP7-aloop-PP7)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-0354:
CryoEM structure of Leviviridae PP7 coat protein dimer capsid with a loop insertion and a C-terminal extension (PP7-aloop-PP7-150loop)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

由来
  • pseudomonas phage pp7 (ファージ)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / T4 / icosahedral (二十面体) / PP7 / biotechnology / vaccine (ワクチン) / drug delivery (ドラッグデリバリーシステム)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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