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Structure paper

タイトルStructure and architecture of immature and mature murine leukemia virus capsids.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 115, Issue 50, Page E11751-E11760, Year 2018
掲載日2018年12月11日
著者Kun Qu / Bärbel Glass / Michal Doležal / Florian K M Schur / Brice Murciano / Alan Rein / Michaela Rumlová / Tomáš Ruml / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
PubMed 要旨Retroviruses assemble and bud from infected cells in an immature form and require proteolytic maturation for infectivity. The CA (capsid) domains of the Gag polyproteins assemble a protein lattice as ...Retroviruses assemble and bud from infected cells in an immature form and require proteolytic maturation for infectivity. The CA (capsid) domains of the Gag polyproteins assemble a protein lattice as a truncated sphere in the immature virion. Proteolytic cleavage of Gag induces dramatic structural rearrangements; a subset of cleaved CA subsequently assembles into the mature core, whose architecture varies among retroviruses. Murine leukemia virus (MLV) is the prototypical γ-retrovirus and serves as the basis of retroviral vectors, but the structure of the MLV CA layer is unknown. Here we have combined X-ray crystallography with cryoelectron tomography to determine the structures of immature and mature MLV CA layers within authentic viral particles. This reveals the structural changes associated with maturation, and, by comparison with HIV-1, uncovers conserved and variable features. In contrast to HIV-1, most MLV CA is used for assembly of the mature core, which adopts variable, multilayered morphologies and does not form a closed structure. Unlike in HIV-1, there is similarity between protein-protein interfaces in the immature MLV CA layer and those in the mature CA layer, and structural maturation of MLV could be achieved through domain rotations that largely maintain hexameric interactions. Nevertheless, the dramatic architectural change on maturation indicates that extensive disassembly and reassembly are required for mature core growth. The core morphology suggests that wrapping of the genome in CA sheets may be sufficient to protect the MLV ribonucleoprotein during cell entry.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:30478053 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー) / X線回折
解像度1.89 - 8.6 Å
構造データ

0290

6hwi

EMDB-0290, PDB-6hwi:
Immature M-PMV capsid hexamer structure in intact virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.2 Å

0291

6hww

EMDB-0291, PDB-6hww:
Immature MLV capsid hexamer structure in intact virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.6 Å

0292

6hwx

EMDB-0292, PDB-6hwx:
Mature MLV capsid hexamer structure in intact virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.2 Å

0293

6hwy

EMDB-0293, PDB-6hwy:
Mature MLV capsid pentamer structure in intact virus particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-4419:
Representative tomogram of mature MLV particles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4421:
Representative tomogram of immature M-PMV particles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-4422:
Representative tomogram of immature MLV particles
手法: EM (トモグラフィー)

PDB-6gza:
Structure of murine leukemia virus capsid C-terminal domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

化合物

ChemComp-CO:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • mason-pfizer monkey virus (ウイルス)
  • murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / capsid (カプシド) / dimer / cobalt (コバルト) / M-PMV / hexamer (オリゴマー) / MLV / pentamer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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