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Structure paper

タイトルTranslational termination without a stop codon.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 354, Issue 6318, Page 1437-1440, Year 2016
掲載日2016年12月16日
著者Nathan R James / Alan Brown / Yuliya Gordiyenko / V Ramakrishnan /
PubMed 要旨Ribosomes stall when they encounter the end of messenger RNA (mRNA) without an in-frame stop codon. In bacteria, these "nonstop" complexes can be rescued by alternative ribosome-rescue factor A (ArfA) ...Ribosomes stall when they encounter the end of messenger RNA (mRNA) without an in-frame stop codon. In bacteria, these "nonstop" complexes can be rescued by alternative ribosome-rescue factor A (ArfA). We used electron cryomicroscopy to determine structures of ArfA bound to the ribosome with 3'-truncated mRNA, at resolutions ranging from 3.0 to 3.4 angstroms. ArfA binds within the ribosomal mRNA channel and substitutes for the absent stop codon in the A site by specifically recruiting release factor 2 (RF2), initially in a compact preaccommodated state. A similar conformation of RF2 may occur on stop codons, suggesting a general mechanism for release-factor-mediated translational termination in which a conformational switch leads to peptide release only when the appropriate signal is present in the A site.
リンクScience / PubMed:27934701 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.97 - 3.35 Å
構造データ

3489

5mdv

EMDB-3489, PDB-5mdv:
Structure of ArfA and RF2 bound to the 70S ribosome (accommodated state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

3490

5mdw

EMDB-3490, PDB-5mdw:
Structure of ArfA(A18T) and RF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

3492

5mdy

EMDB-3492, PDB-5mdy:
Structure of ArfA and TtRF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

3493

5mdz

EMDB-3493, PDB-5mdz:
Structure of the 70S ribosome (empty A site)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (サーマス・サーモフィルス)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome ArfA RF2 trans-translation 70S 50S 30S rescue termination cryo-EM / ArfA RF2 trans-translation / 70S / 50S / 30S / rescue termination / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / ArfA / RF2 / trans-translation (TmRNA)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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