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タイトルModular Assembly of the Bacterial Large Ribosomal Subunit.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 167, Issue 6, Page 1610-1622.e15, Year 2016
掲載日2016年12月1日
著者Joseph H Davis / Yong Zi Tan / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Dmitry Lyumkis / James R Williamson /
PubMed 要旨The ribosome is a complex macromolecular machine and serves as an ideal system for understanding biological macromolecular assembly. Direct observation of ribosome assembly in vivo is difficult, as ...The ribosome is a complex macromolecular machine and serves as an ideal system for understanding biological macromolecular assembly. Direct observation of ribosome assembly in vivo is difficult, as few intermediates have been isolated and thoroughly characterized. Herein, we deploy a genetic system to starve cells of an essential ribosomal protein, which results in the accumulation of assembly intermediates that are competent for maturation. Quantitative mass spectrometry and single-particle cryo-electron microscopy reveal 13 distinct intermediates, which were each resolved to ∼4-5 Å resolution and could be placed in an assembly pathway. We find that ribosome biogenesis is a parallel process, that blocks of structured rRNA and proteins assemble cooperatively, and that the entire process is dynamic and can be "re-routed" through different pathways as needed. This work reveals the complex landscape of ribosome assembly in vivo and provides the requisite tools to characterize additional assembly pathways for ribosomes and other macromolecular machines.
リンクCell / PubMed:27912064 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 7.9 Å
構造データ

EMDB-8434:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-8440:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8441:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-8442:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8443:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class C2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-8444:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class C3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-8445:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-8446:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-8447:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-8448:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-8449:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-8450:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-8451:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class E1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-8452:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8453:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class E3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-8455:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class E4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8456:
Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class E5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-8457:
Structure of 30S Ribosome - Class F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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