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タイトルCryo-electron Microscopy Structures of Expanded Poliovirus with VHHs Sample the Conformational Repertoire of the Expanded State.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 91, Issue 3, Year 2017
掲載日2017年2月1日
著者Mike Strauss / Lise Schotte / Krishanthi S Karunatilaka / David J Filman / James M Hogle /
PubMed 要旨By using cryo-electron microscopy, expanded 80S-like poliovirus virions (poliovirions) were visualized in complexes with four 80S-specific camelid VHHs (Nanobodies). In all four complexes, the VHHs ...By using cryo-electron microscopy, expanded 80S-like poliovirus virions (poliovirions) were visualized in complexes with four 80S-specific camelid VHHs (Nanobodies). In all four complexes, the VHHs bind to a site on the top surface of the capsid protein VP3, which is hidden in the native virus. Interestingly, although the four VHHs bind to the same site, the structures of the expanded virus differ in detail in each complex, suggesting that each of the Nanobodies has sampled a range of low-energy structures available to the expanded virion. By stabilizing unique structures of expanded virions, VHH binding permitted a more detailed view of the virus structure than was previously possible, leading to a better understanding of the expansion process that is a critical step in infection. It is now clear which polypeptide chains become disordered and which become rearranged. The higher resolution of these structures also revealed well-ordered conformations for the EF loop of VP2, the GH loop of VP3, and the N-terminal extensions of VP1 and VP2, which, in retrospect, were present in lower-resolution structures but not recognized. These structural observations help to explain preexisting mutational data and provide insights into several other stages of the poliovirus life cycle, including the mechanism of receptor-triggered virus expansion.
IMPORTANCE: When poliovirus infects a cell, it undergoes a change in its structure in order to pass RNA through its protein coat, but this altered state is short-lived and thus poorly understood. The structures of poliovirus bound to single-domain antibodies presented here capture the altered virus in what appear to be intermediate states. A careful analysis of these structures lets us better understand the molecular mechanism of infection and how these changes in the virus lead to productive-infection events.
リンクJ Virol / PubMed:27852863 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.3 - 6.9 Å
構造データ

8277

5kwl

EMDB-8277: expanded poliovirus bound to VHH 10E
PDB-5kwl: expanded poliovirus in complex with VHH 10E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

8284

5ktz

EMDB-8284, PDB-5ktz:
expanded poliovirus in complex with VHH 12B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

8285

5ku0

EMDB-8285, PDB-5ku0:
expanded poliovirus in complex with VHH 17B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

8286

5ku2

EMDB-8286, PDB-5ku2:
expanded poliovirus in complex with VHH 7A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-8292:
expanded poliovirus in complex with VHH 12B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

由来
  • Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
  • poliovirus type 1 (strain mahoney) (ポリオウイルス)
  • poliovirus type 1 (ポリオウイルス)
  • camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
キーワードVIRUS/immune system / poliovirus (ポリオウイルス) / VHH / nanobody (ナノボディ) / 80S / expanded / single domain antibody (ナノボディ) / VIRUS-immune system complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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