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タイトルStructure and function of outer dynein arm intermediate and light chain complex.
ジャーナル・号・ページMol Biol Cell, Vol. 27, Issue 7, Page 1051-1059, Year 2016
掲載日2016年4月1日
著者Toshiyuki Oda / Tatsuki Abe / Haruaki Yanagisawa / Masahide Kikkawa /
PubMed 要旨The outer dynein arm (ODA) is a molecular complex that drives the beating motion of cilia/flagella. Chlamydomonas ODA is composed of three heavy chains (HCs), two ICs, and 11 light chains (LCs). ...The outer dynein arm (ODA) is a molecular complex that drives the beating motion of cilia/flagella. Chlamydomonas ODA is composed of three heavy chains (HCs), two ICs, and 11 light chains (LCs). Although the three-dimensional (3D) structure of the whole ODA complex has been investigated, the 3D configurations of the ICs and LCs are largely unknown. Here we identified the 3D positions of the two ICs and three LCs using cryo-electron tomography and structural labeling. We found that these ICs and LCs were all localized at the root of the outer-inner dynein (OID) linker, designated the ODA-Beak complex. Of interest, the coiled-coil domain of IC2 extended from the ODA-Beak to the outer surface of ODA. Furthermore, we investigated the molecular mechanisms of how the OID linker transmits signals to the ODA-Beak, by manipulating the interaction within the OID linker using a chemically induced dimerization system. We showed that the cross-linking of the OID linker strongly suppresses flagellar motility in vivo. These results suggest that the ICs and LCs of the ODA form the ODA-Beak, which may be involved in mechanosignaling from the OID linker to the HCs.
リンクMol Biol Cell / PubMed:26864626 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度46.0 - 48.0 Å
構造データ

EMDB-6515:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-6516:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 46.0 Å

EMDB-6517:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 48.0 Å

EMDB-6518:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 48.0 Å

EMDB-6519:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-6520:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 48.0 Å

EMDB-6521:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 46.0 Å

EMDB-6522:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 46.0 Å

EMDB-6523:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

EMDB-6524:
Structure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 47.0 Å

由来
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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