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タイトルVESICULAR TRANSPORT. A structure of the COPI coat and the role of coat proteins in membrane vesicle assembly.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 349, Issue 6244, Page 195-198, Year 2015
掲載日2015年7月10日
著者S O Dodonova / P Diestelkoetter-Bachert / A von Appen / W J H Hagen / R Beck / M Beck / F Wieland / J A G Briggs /
PubMed 要旨Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats ...Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats that localize cargo and polymerize into cages to bend the membrane. Although extensive structural information is available for components of these coats, the heterogeneity of trafficking vesicles has prevented an understanding of how complete membrane coats assemble on the membrane. We combined cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and cross-linking mass spectrometry to derive a complete model of the assembled coat protein complex I (COPI) coat involved in traffic between the Golgi and the endoplasmic reticulum. The highly interconnected COPI coat structure contradicted the current "adaptor-and-cage" understanding of coated vesicle formation.
リンクScience / PubMed:26160949
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度13.0 - 23.0 Å
構造データ

2985

5a1u

EMDB-2985, PDB-5a1u:
The structure of the COPI coat triad
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.0 Å

2986

5a1v

EMDB-2986, PDB-5a1v:
The structure of the COPI coat linkage I
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 21.0 Å

2987

5a1w

EMDB-2987, PDB-5a1w:
The structure of the COPI coat linkage II
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

2988

5a1x

EMDB-2988, PDB-5a1x:
The structure of the COPI coat linkage III
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.0 Å

2989

5a1y

EMDB-2989, PDB-5a1y:
The structure of the COPI coat linkage IV
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 21.0 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / COPI (COPI) / COATOMER (コートマー) / COATED VESICLES

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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