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タイトルPromiscuous behaviour of archaeal ribosomal proteins: implications for eukaryotic ribosome evolution.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 41, Issue 2, Page 1284-1293, Year 2013
掲載日2012年12月6日
著者Jean-Paul Armache / Andreas M Anger / Viter Márquez / Sibylle Franckenberg / Thomas Fröhlich / Elizabeth Villa / Otto Berninghausen / Michael Thomm / Georg J Arnold / Roland Beckmann / Daniel N Wilson /
PubMed 要旨In all living cells, protein synthesis occurs on ribonucleoprotein particles called ribosomes. Molecular models have been reported for complete bacterial 70S and eukaryotic 80S ribosomes; however, ...In all living cells, protein synthesis occurs on ribonucleoprotein particles called ribosomes. Molecular models have been reported for complete bacterial 70S and eukaryotic 80S ribosomes; however, only molecular models of large 50S subunits have been reported for archaea. Here, we present a complete molecular model for the Pyrococcus furiosus 70S ribosome based on a 6.6 Å cryo-electron microscopy map. Moreover, we have determined cryo-electron microscopy reconstructions of the Euryarchaeota Methanococcus igneus and Thermococcus kodakaraensis 70S ribosomes and Crenarchaeota Staphylothermus marinus 50S subunit. Examination of these structures reveals a surprising promiscuous behavior of archaeal ribosomal proteins: We observe intersubunit promiscuity of S24e and L8e (L7ae), the latter binding to the head of the small subunit, analogous to S12e in eukaryotes. Moreover, L8e and L14e exhibit intrasubunit promiscuity, being present in two copies per archaeal 50S subunit, with the additional binding site of L14e analogous to the related eukaryotic r-protein L27e. Collectively, these findings suggest insights into the evolution of eukaryotic ribosomal proteins through increased copy number and binding site promiscuity.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:23222135 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.6 - 24.0 Å
構造データ

EMDB-2170:
Thermococcus kodakaraensis 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-2171:
Staphylothermus marinus 50S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-2172:
Methanococcus igneus 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

PDB-4v6u:
Promiscuous behavior of proteins in archaeal ribosomes revealed by cryo-EM: implications for evolution of eukaryotic ribosomes
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 6.6 Å

由来
  • Thermococcus kodakarensis (古細菌)
  • Staphylothermus marinus (古細菌)
  • Methanotorris igneus (古細菌)
  • pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / archaea (古細菌) / archaeal (古細菌) / ribosomal (リボソーム) / 70S / kink-turn / protein synthesis (タンパク質生合成) / RNA (リボ核酸)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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