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Structure paper

タイトルA test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 163, Issue 1, Page 29-39, Year 2008
掲載日2008年5月6日
著者Scott M Stagg / Gabriel C Lander / Joel Quispe / Neil R Voss / Anchi Cheng / Henry Bradlow / Steven Bradlow / Bridget Carragher / Clinton S Potter /
PubMed 要旨It is becoming routine for cryoEM single particle reconstructions to result in 3D electron density maps with resolutions of approximately 10A, but maps with resolutions of 5A or better are still ...It is becoming routine for cryoEM single particle reconstructions to result in 3D electron density maps with resolutions of approximately 10A, but maps with resolutions of 5A or better are still celebrated events. The electron microscope has a resolving power to better than 2A, and thus should not be a limiting factor; instead the practical limitations in resolution most likely arise from a combination of specimen preparation methods, data collection parameters, and data analysis procedures. With the aid of a highly automated system for acquiring images, coupled to a relational database to keep track of all processing parameters, we have taken a systematic approach to optimizing parameters affecting the resolution of single particle reconstructions. Using GroEL as a test-bed, we performed a series of 3D reconstructions where we systematically varied the number of particles used in computing the map, the accelerating voltage of the microscope, and the electron dose used to acquire the images. We also investigated methods for excluding unacceptable or "bad" particles from contributing to the final 3D map. Using relatively standard instrumentation (Tecnai F20, 4K x 4K CCD, side entry cold stage) and a completely automated approach, these approaches resulted in a map with a nominal resolution of 5.4A (FSC(0.5)) in which secondary structure is clearly discernable and the handedness of some of the alpha-helices in the GroEL structure can be determined.
リンクJ Struct Biol / PubMed:18534866 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.4 Å
構造データ

EMDB-1457:
A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-1458:
A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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