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タイトルMechanism for the disassembly of the posttermination complex inferred from cryo-EM studies.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 18, Issue 6, Page 663-674, Year 2005
掲載日2005年6月10日
著者Ning Gao / Andrey V Zavialov / Wen Li / Jayati Sengupta / Mikel Valle / Richard P Gursky / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
PubMed 要旨Ribosome recycling, the disassembly of the posttermination complex after each round of protein synthesis, is an essential step in mRNA translation, but its mechanism has remained obscure. In ...Ribosome recycling, the disassembly of the posttermination complex after each round of protein synthesis, is an essential step in mRNA translation, but its mechanism has remained obscure. In eubacteria, recycling is catalyzed by RRF (ribosome recycling factor) and EF-G (elongation factor G). By using cryo-electron microscopy, we have obtained two density maps, one of the RRF bound posttermination complex and one of the 50S subunit bound with both EF-G and RRF. Comparing the two maps, we found domain I of RRF to be in the same orientation, while domain II in the EF-G-containing 50S subunit is extensively rotated (approximately 60 degrees) compared to its orientation in the 70S complex. Mapping the 50S conformation of RRF onto the 70S posttermination complex suggests that it can disrupt the intersubunit bridges B2a and B3, and thus effect a separation of the two subunits. These observations provide the structural basis for the mechanism by which the posttermination complex is split into subunits by the joint action of RRF and EF-G.
リンクMol Cell / PubMed:15949441
手法EM (単粒子)
解像度14.1 - 15.5 Å
構造データ

1127

1zn0

1zn1

EMDB-1127: Mechanism for the disassembly of the posttermination complex inferred from cryo-EM studies.
PDB-1zn0: Coordinates of RRF and EF-G fitted into Cryo-EM map of the 50S subunit bound with both EF-G (GDPNP) and RRF
PDB-1zn1: Coordinates of RRF fitted into Cryo-EM map of the 70S post-termination complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.5 Å

1128

1zn0

1zn1

EMDB-1128: Mechanism for the disassembly of the posttermination complex inferred from cryo-EM studies.
PDB-1zn0: Coordinates of RRF and EF-G fitted into Cryo-EM map of the 50S subunit bound with both EF-G (GDPNP) and RRF
PDB-1zn1: Coordinates of RRF fitted into Cryo-EM map of the 70S post-termination complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.1 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSLATION/BIOSYNTHETIC PROTEIN/RNA / ribosome recycling factor / elongation factor G (EF-G) / 50S subunit / TRANSLATION-BIOSYNTHETIC PROTEIN-RNA COMPLEX / BIOSYNTHETIC/structural protein/RNA / 70S / post-termination complex / BIOSYNTHETIC-structural protein-RNA COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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