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Structure paper

タイトルLong non‐coding subgenomic flavivirus RNAs have extended 3D structures and are flexible in solution
ジャーナル・号・ページYear 2019 Sep 10
掲載日2016年12月16日 (データ計測日)
著者Zhang Y / Liu Z / Cheng M / Ma J / Wang Y / Qin C
リンクPublisher's page / PubMedで検索
手法SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDG24:
Subgenomic flavivirus RNAs from Dengue virus 2 (DENV2-sfRNA)
手法: SAXS/SANS

SASDG34:
Subgenomic flavivirus RNAs from West nile virus (WNV-sfRNA)
手法: SAXS/SANS

SASDGF3:
Xrn1 resistance RNA1 from Zika virus (Xrn1 resistance RNA2 from Zika virus, ZIKV-xrRNA2)
手法: SAXS/SANS

SASDGG3:
Xrn1 resistance RNA1 from Dengue virus 2 (DENV2-xrRNA2)
手法: SAXS/SANS

SASDGH3:
Xrn1 resistance RNA1-2 from Zika virus (Xrn1 resistance RNA1-2 from Dengue virus 2, DENV xrRNA1-2)
手法: SAXS/SANS

SASDGJ3:
Xrn1 resistance RNA1 from West Nile virus (Xrn1 resistance RNA-1 from West Nile virus, WNV-xrRNA1)
手法: SAXS/SANS

SASDGK3:
Xrn1 resistance RNA1 from Murray Valley Encephalitis
手法: SAXS/SANS

SASDGL3:
3'SL from Dengue virus 2 (DENV 3'SL)
手法: SAXS/SANS

SASDGM3:
Xrn1 resistance RNA1-2 from Dengue virus 2 (DENV xrRNA1-2)
手法: SAXS/SANS

SASDGN3:
Xrn1 resistance RNA2 from Zika virus (ZIKV-xrRNA2)
手法: SAXS/SANS

SASDGP3:
Xrn1 resistance RNA1-2 from West Nile virus (WNV xrRNA1-2)
手法: SAXS/SANS

SASDGQ3:
SL3 from West Nile virus (WNV SL3)
手法: SAXS/SANS

SASDGR3:
Xrn1 resistance RNA2 from Dengue virus 2 (DENV2-xrRNA2)
手法: SAXS/SANS

SASDGS3:
DB12 from Dengue virus 2 (DENV DB12)
手法: SAXS/SANS

SASDGT3:
Xrn1 resistance RNA2 from West Nile virus (WNV-xrRNA2)
手法: SAXS/SANS

SASDGU3:
Xrn1 resistance RNA2 from Murray Valley Encephalitis
手法: SAXS/SANS

SASDGV3:
DB12 from Zika virus (ZK DB12)
手法: SAXS/SANS

SASDGW3:
DB12 from West Nile virus (WNV DB12)
手法: SAXS/SANS

SASDGX3:
3'SL from Zika virus (ZIKV 3'SL)
手法: SAXS/SANS

SASDGY3:
3'SL from West Nile virus (WNV 3'SL)
手法: SAXS/SANS

SASDGZ3:
Subgenomic flavivirus RNAs from Zika virus (Subgenomic flavivirus RNA from Zika virus, ZIKV-sfRNA)
手法: SAXS/SANS

由来
  • Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
  • West nile virus (西ナイルウイルス)
  • Zika virus (ジカ熱ウイルス)
  • Murray valley encephalitis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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