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Structure paper

タイトルThe structure of a hibernating ribosome in a Lyme disease pathogen.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 6961, Year 2023
掲載日2023年10月31日
著者Manjuli R Sharma / Swati R Manjari / Ekansh K Agrawal / Pooja Keshavan / Ravi K Koripella / Soneya Majumdar / Ashley L Marcinkiewicz / Yi-Pin Lin / Rajendra K Agrawal / Nilesh K Banavali /
PubMed 要旨The spirochete bacterial pathogen Borrelia (Borreliella) burgdorferi (Bbu) affects more than 10% of the world population and causes Lyme disease in about half a million people in the US annually. ...The spirochete bacterial pathogen Borrelia (Borreliella) burgdorferi (Bbu) affects more than 10% of the world population and causes Lyme disease in about half a million people in the US annually. Therapy for Lyme disease includes antibiotics that target the Bbu ribosome. Here we present the structure of the Bbu 70S ribosome obtained by single particle cryo-electron microscopy at 2.9 Å resolution, revealing a bound hibernation promotion factor protein and two genetically non-annotated ribosomal proteins bS22 and bL38. The ribosomal protein uL30 in Bbu has an N-terminal α-helical extension, partly resembling the mycobacterial bL37 protein, suggesting evolution of bL37 and a shorter uL30 from a longer uL30 protein. Its analogy to proteins uL30m and mL63 in mammalian mitochondrial ribosomes also suggests a plausible evolutionary pathway for expansion of protein content in mammalian mitochondrial ribosomes. Computational binding free energy predictions for antibiotics reflect subtle distinctions in antibiotic-binding sites in the Bbu ribosome. Discovery of these features in the Bbu ribosome may enable better ribosome-targeted antibiotic design for Lyme disease treatment.
リンクNat Commun / PubMed:37907464 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.86 - 3.4 Å
構造データ

29298

8fmw

EMDB-29298, PDB-8fmw:
The structure of a hibernating ribosome in the Lyme disease pathogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

29304

8fmw

8fn2

EMDB-29304, PDB-8fn2:
The structure of a 50S ribosomal subunit in the Lyme disease pathogen Borreliella burgdorferi
PDB-8fmw: The structure of a hibernating ribosome in the Lyme disease pathogen
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Borreliella burgdorferi (バクテリア)
  • borreliella burgdorferi b31 (バクテリア)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / hibernating ribosome / bacterial (細菌) / pathogen (病原体) / 70S / translation (翻訳 (生物学)) / 50S

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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