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タイトルIgG-like bispecific antibodies with potent and synergistic neutralization against circulating SARS-CoV-2 variants of concern.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 5814, Year 2022
掲載日2022年10月3日
著者Matthew R Chang / Luke Tomasovic / Natalia A Kuzmina / Adam J Ronk / Patrick O Byrne / Rebecca Johnson / Nadia Storm / Eduardo Olmedillas / Yixuan J Hou / Alexandra Schäfer / Sarah R Leist / Longping V Tse / Hanzhong Ke / Christian Coherd / Katrina Nguyen / Maliwan Kamkaew / Anna Honko / Quan Zhu / Galit Alter / Erica Ollmann Saphire / Jason S McLellan / Anthony Griffiths / Ralph S Baric / Alexander Bukreyev / Wayne A Marasco /
PubMed 要旨Monoclonal antibodies are a promising approach to treat COVID-19, however the emergence of SARS-CoV-2 variants has challenged the efficacy and future of these therapies. Antibody cocktails are being ...Monoclonal antibodies are a promising approach to treat COVID-19, however the emergence of SARS-CoV-2 variants has challenged the efficacy and future of these therapies. Antibody cocktails are being employed to mitigate these challenges, but neutralization escape remains a major challenge and alternative strategies are needed. Here we present two anti-SARS-CoV-2 spike binding antibodies, one Class 1 and one Class 4, selected from our non-immune human single-chain variable fragment (scFv) phage library, that are engineered into four, fully-human IgG-like bispecific antibodies (BsAb). Prophylaxis of hACE2 mice and post-infection treatment of golden hamsters demonstrates the efficacy of the monospecific antibodies against the original Wuhan strain, while promising in vitro results with the BsAbs demonstrate enhanced binding and distinct synergistic effects on neutralizing activity against circulating variants of concern. In particular, one BsAb engineered in a tandem scFv-Fc configuration shows synergistic neutralization activity against several variants of concern including B.1.617.2. This work provides evidence that synergistic neutralization can be achieved using a BsAb scaffold, and serves as a foundation for the future development of broadly reactive BsAbs against emerging variants of concern.
リンクNat Commun / PubMed:36192374 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 4.6 Å
構造データ

EMDB-25618: SARS-CoV-2 VFLIP spike boung to 2 Ab12 Fab fragments
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

25663

7t3m

EMDB-25663, PDB-7t3m:
SARS-CoV-2 S (Spike Glycoprotein) D614G with Three (3) RBDs Up, Bound to Antibody 2-7 scFv, composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-25689: SARS-CoV-2 S (Spike Glycoprotein) D614G with Three (3) RBDs Up, Bound to Antibody 2-7 scFv, global map with poorly-resolved RBDs and scFvs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-25690: SARS-CoV-2 S (Spike Glycoprotein) D614G with Three (3) RBDs Up, Bound to Antibody 2-7 scFv, local refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

25711

7t67

EMDB-25711, PDB-7t67:
SARS-CoV-2 S (Spike Glycoprotein) D614G with One(1) RBD Up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • Cell-free gateway cloning vector C-term 8xHis pCellFree_G02 (その他)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / virus (ウイルス) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / SARS CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / spike / 2-7 / D614G (SARSコロナウイルス2の変異株) / RBD / 3 RBDs up / three RBDs up / scFv (単鎖可変領域フラグメント) / complex / phage display / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / local refinement / focused refinement / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / 1 RBD up / one RBD up

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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