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タイトルMechanism of exon ligation by human spliceosome.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 82, Issue 15, Page 2769-22778.e4, Year 2022
掲載日2022年8月4日
著者Xiechao Zhan / Yichen Lu / Xiaofeng Zhang / Chuangye Yan / Yigong Shi /
PubMed 要旨Pre-mRNA splicing involves two sequential reactions: branching and exon ligation. The C complex after branching undergoes remodeling to become the C complex, which executes exon ligation. Here, we ...Pre-mRNA splicing involves two sequential reactions: branching and exon ligation. The C complex after branching undergoes remodeling to become the C complex, which executes exon ligation. Here, we report cryo-EM structures of two intermediate human spliceosomal complexes, pre-C-I and pre-C-II, both at 3.6 Å. In both structures, the 3' splice site is already docked into the active site, the ensuing 3' exon sequences are anchored on PRP8, and the step II factor FAM192A contacts the duplex between U2 snRNA and the branch site. In the transition of pre-C-I to pre-C-II, the step II factors Cactin, FAM32A, PRKRIP1, and SLU7 are recruited. Notably, the RNA helicase PRP22 is positioned quite differently in the pre-C-I, pre-C-II, and C complexes, suggesting a role in 3' exon binding and proofreading. Together with information on human C and C complexes, our studies recapitulate a molecular choreography of the C-to-C transition, revealing mechanistic insights into exon ligation.
リンクMol Cell / PubMed:35705093
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.3 Å
構造データ

32317

7w59

EMDB-32317, PDB-7w59:
The cryo-EM structure of human pre-C*-I complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-32318: The cryo-EM map of PRP22 region of human pre-C*-I complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

32319

7w5a

EMDB-32319, PDB-7w5a:
The cryo-EM structure of human pre-C*-II complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-32320: The cryo-EM map of PRP22 region of human pre-C*-II complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

32321

7w5b

EMDB-32321, PDB-7w5b:
The cryo-EM structure of human C* complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
  • unidentified adenovirus (ウイルス)
キーワードSPLICING / spliceosome (スプライセオソーム) / C* complex / RNA splicing / PRP22 / exon ligation / FAM192A / human spliceosome (スプライセオソーム)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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