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タイトルConformational transitions and ligand-binding to a muscle-type nicotinic acetylcholine receptor.
ジャーナル・号・ページNeuron, Vol. 110, Issue 8, Page 1358-11370.e5, Year 2022
掲載日2022年4月20日
著者Eleftherios Zarkadas / Eva Pebay-Peyroula / Mackenzie John Thompson / Guy Schoehn / Tomasz Uchański / Jan Steyaert / Christophe Chipot / Francois Dehez / John Edward Baenziger / Hugues Nury /
PubMed 要旨Fast synaptic communication requires receptors that respond to the presence of neurotransmitter by opening an ion channel across the post-synaptic membrane. The muscle-type nicotinic acetylcholine ...Fast synaptic communication requires receptors that respond to the presence of neurotransmitter by opening an ion channel across the post-synaptic membrane. The muscle-type nicotinic acetylcholine receptor from the electric fish, Torpedo, is the prototypic ligand-gated ion channel, yet the structural changes underlying channel activation remain undefined. Here we use cryo-EM to solve apo and agonist-bound structures of the Torpedo nicotinic receptor embedded in a lipid nanodisc. Using both a direct biochemical assay to define the conformational landscape and molecular dynamics simulations to assay flux through the pore, we correlate structures with functional states and elucidate the motions that lead to pore activation of a heteromeric nicotinic receptor. We highlight an underappreciated role for the complementary subunit in channel gating, establish the structural basis for the differential agonist affinities of α/δ versus α /γ sites, and explain why nicotine is less potent at muscle nicotinic receptors compared to neuronal ones.
リンクNeuron / PubMed:35139364
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.23 Å
構造データ

14048

7qko

EMDB-14048, PDB-7qko:
Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor - Resting conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

14064

7ql5

EMDB-14064, PDB-7ql5:
Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor - nicotine-bound conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

14065

7ql6

EMDB-14065, PDB-7ql6:
Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor - carbamylcholine-bound conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM / POホスファチジルコリン

ChemComp-NCT:
(S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / ニコチン / alkaloid*YM / ニコチン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-CCE:
2-[(AMINOCARBONYL)OXY]-N,N,N-TRIMETHYLETHANAMINIUM / カルバミルコリン

由来
  • tetronarce californica (ゴマフシビレエイ)
  • Pacific electric ray (ゴマフシビレエイ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / pentameric ligand-gated ion channel / nicotinic receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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