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Structure paper

タイトルStructural basis of transcriptional activation by the Mycobacterium tuberculosis intrinsic antibiotic-resistance transcription factor WhiB7.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 14, Page 2875-22886.e5, Year 2021
掲載日2021年7月15日
著者Mirjana Lilic / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell /
PubMed 要旨In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription ...In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription factors and plays a crucial role in inducible antibiotic resistance in mycobacteria. Here, we present cryoelectron microscopy structures of Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulatory complexes comprising RNA polymerase σ-holoenzyme, global regulators CarD and RbpA, and WhiB7, bound to a WhiB7-regulated promoter. The structures reveal how WhiB7 interacts with σ-holoenzyme while simultaneously interacting with an AT-rich sequence element via its AT-hook. Evidently, AT-hooks, rare elements in bacteria yet prevalent in eukaryotes, bind to target AT-rich DNA sequences similarly to the nuclear chromosome binding proteins. Unexpectedly, a subset of particles contained a WhiB7-stabilized closed promoter complex, revealing this intermediate's structure, and we apply kinetic modeling and biochemical assays to rationalize how WhiB7 activates transcription. Altogether, our work presents a comprehensive view of how WhiB7 serves to activate gene expression leading to antibiotic resistance.
リンクMol Cell / PubMed:34171296 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.74 - 3.38 Å
構造データ

22886

7kif

EMDB-22886, PDB-7kif:
Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

22887

7kim

EMDB-22887, PDB-7kim:
Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

22888

7kin

EMDB-22888, PDB-7kin:
Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE/DNA / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Transcription factor (転写因子) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Iron cluster (鉄・硫黄クラスター) / TRANSFERASE-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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