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タイトルProtein Synthesis in the Developing Neocortex at Near-Atomic Resolution Reveals Ebp1-Mediated Neuronal Proteostasis at the 60S Tunnel Exit.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 2, Page 304-322.e16, Year 2021
掲載日2021年1月21日
著者Matthew L Kraushar / Ferdinand Krupp / Dermot Harnett / Paul Turko / Mateusz C Ambrozkiewicz / Thiemo Sprink / Koshi Imami / Manuel Günnigmann / Ulrike Zinnall / Carlos H Vieira-Vieira / Theres Schaub / Agnieszka Münster-Wandowski / Jörg Bürger / Ekaterina Borisova / Hiroshi Yamamoto / Mladen-Roko Rasin / Uwe Ohler / Dieter Beule / Thorsten Mielke / Victor Tarabykin / Markus Landthaler / Günter Kramer / Imre Vida / Matthias Selbach / Christian M T Spahn /
PubMed 要旨Protein synthesis must be finely tuned in the developing nervous system as the final essential step of gene expression. This study investigates the architecture of ribosomes from the neocortex during ...Protein synthesis must be finely tuned in the developing nervous system as the final essential step of gene expression. This study investigates the architecture of ribosomes from the neocortex during neurogenesis, revealing Ebp1 as a high-occupancy 60S peptide tunnel exit (TE) factor during protein synthesis at near-atomic resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Ribosome profiling demonstrated Ebp1-60S binding is highest during start codon initiation and N-terminal peptide elongation, regulating ribosome occupancy of these codons. Membrane-targeting domains emerging from the 60S tunnel, which recruit SRP/Sec61 to the shared binding site, displace Ebp1. Ebp1 is particularly abundant in the early-born neural stem cell (NSC) lineage and regulates neuronal morphology. Ebp1 especially impacts the synthesis of membrane-targeted cell adhesion molecules (CAMs), measured by pulsed stable isotope labeling by amino acids in cell culture (pSILAC)/bioorthogonal noncanonical amino acid tagging (BONCAT) mass spectrometry (MS). Therefore, Ebp1 is a central component of protein synthesis, and the ribosome TE is a focal point of gene expression control in the molecular specification of neuronal morphology during development.
リンクMol Cell / PubMed:33357414 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.3 Å
構造データ

10321

6swa

EMDB-10321, PDB-6swa:
Mus musculus brain neocortex ribosome 60S bound to Ebp1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10602:
Map of the 80S Mouse ribosome with A- and P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-10604:
Map of the 80S Mouse ribosome with eEF2 and EBP1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10605:
Map of the 80S Mouse ribosome with A- and P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-10606:
Map of the 80S Mouse ribosome with eEF2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Mouse (ネズミ)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 60S / EBP1 / neurodevelopment / neocortex / 80S / peptide tunnel exit

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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