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Structure paper

タイトルCharacterization of the kinetic cycle of an ABC transporter by single-molecule and cryo-EM analyses.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年5月27日
著者Ling Wang / Zachary Lee Johnson / Michael R Wasserman / Jesper Levring / Jue Chen / Shixin Liu /
PubMed 要旨ATP-binding cassette (ABC) transporters are molecular pumps ubiquitous across all kingdoms of life. While their structures have been widely reported, the kinetics governing their transport cycles ...ATP-binding cassette (ABC) transporters are molecular pumps ubiquitous across all kingdoms of life. While their structures have been widely reported, the kinetics governing their transport cycles remain largely unexplored. Multidrug resistance protein 1 (MRP1) is an ABC exporter that extrudes a variety of chemotherapeutic agents and native substrates. Previously, the structures of MRP1 were determined in an inward-facing (IF) or outward-facing (OF) conformation. Here, we used single-molecule fluorescence spectroscopy to track the conformational changes of bovine MRP1 (bMRP1) in real time. We also determined the structure of bMRP1 under active turnover conditions. Our results show that substrate stimulates ATP hydrolysis by accelerating the IF-to-OF transition. The rate-limiting step of the transport cycle is the dissociation of the nucleotide-binding-domain dimer, while ATP hydrolysis per se does not reset MRP1 to the resting state. The combination of structural and kinetic data illustrates how different conformations of MRP1 are temporally linked and how substrate and ATP alter protein dynamics to achieve active transport.
リンクElife / PubMed:32458799 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.23 Å
構造データ

20945

6uy0

EMDB-20945, PDB-6uy0:
Cryo-EM structure of wild-type bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) under active turnover conditions
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / multidrug resistance (多剤耐性) / outward facing / MRP1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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