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タイトルThe cryo-EM structure of the acid activatable pore-forming immune effector Macrophage-expressed gene 1.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 4288, Year 2019
掲載日2019年9月19日
著者Siew Siew Pang / Charles Bayly-Jones / Mazdak Radjainia / Bradley A Spicer / Ruby H P Law / Adrian W Hodel / Edward S Parsons / Susan M Ekkel / Paul J Conroy / Georg Ramm / Hariprasad Venugopal / Phillip I Bird / Bart W Hoogenboom / Ilia Voskoboinik / Yann Gambin / Emma Sierecki / Michelle A Dunstone / James C Whisstock /
PubMed 要旨Macrophage-expressed gene 1 (MPEG1/Perforin-2) is a perforin-like protein that functions within the phagolysosome to damage engulfed microbes. MPEG1 is thought to form pores in target membranes, ...Macrophage-expressed gene 1 (MPEG1/Perforin-2) is a perforin-like protein that functions within the phagolysosome to damage engulfed microbes. MPEG1 is thought to form pores in target membranes, however, its mode of action remains unknown. We use cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) to determine the 2.4 Å structure of a hexadecameric assembly of MPEG1 that displays the expected features of a soluble prepore complex. We further discover that MPEG1 prepore-like assemblies can be induced to perforate membranes through acidification, such as would occur within maturing phagolysosomes. We next solve the 3.6 Å cryo-EM structure of MPEG1 in complex with liposomes. These data reveal that a multi-vesicular body of 12 kDa (MVB12)-associated β-prism (MABP) domain binds membranes such that the pore-forming machinery of MPEG1 is oriented away from the bound membrane. This unexpected mechanism of membrane interaction suggests that MPEG1 remains bound to the phagolysosome membrane while simultaneously forming pores in engulfed bacterial targets.
リンクNat Commun / PubMed:31537793 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.37 - 8.94 Å
構造データ

20616

6u23

EMDB-20616, PDB-6u23:
EM structure of MPEG-1(w.t.) soluble pre-pore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-20617:
EM map of MPEG-1 (w.t.) soluble pre-pore complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-20619:
EM map of MPEG-1(L425K, alpha conformation) soluble pre-pore complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

20620

6u2j

EMDB-20620, PDB-6u2j:
EM structure of MPEG-1 (L425K, alpha conformation) soluble pre-pore complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

20621

6u2k

EMDB-20621, PDB-6u2k:
EM structure of MPEG-1 (L425K, alpha conformation) soluble pre-pore complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-20622:
EM map of MPEG-1(w.t.) pre-pore complex bound to liposome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.94 Å

20623

6u2l

EMDB-20623, PDB-6u2l:
EM structure of MPEG-1 (L425K, beta conformation) soluble pre-pore complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

20627

6u2w

EMDB-20627, PDB-6u2w:
EM structure of MPEG-1(L425K) pre-pore complex bound to liposome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MPEG-1/Perforin-2 / MACPF / macrophage (マクロファージ) / pore forming proteins / immunity

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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