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タイトルStructural Basis of Transcription: RNA Polymerase Backtracking and Its Reactivation.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 75, Issue 2, Page 298-309.e4, Year 2019
掲載日2019年7月25日
著者Mo'men Abdelkareem / Charlotte Saint-André / Maria Takacs / Gabor Papai / Corinne Crucifix / Xieyang Guo / Julio Ortiz / Albert Weixlbaumer /
PubMed 要旨Regulatory sequences or erroneous incorporations during DNA transcription cause RNA polymerase backtracking and inactivation in all kingdoms of life. Reactivation requires RNA transcript cleavage. ...Regulatory sequences or erroneous incorporations during DNA transcription cause RNA polymerase backtracking and inactivation in all kingdoms of life. Reactivation requires RNA transcript cleavage. Essential transcription factors (GreA and GreB, or TFIIS) accelerate this reaction. We report four cryo-EM reconstructions of Escherichia coli RNA polymerase representing the entire reaction pathway: (1) a backtracked complex; a backtracked complex with GreB (2) before and (3) after RNA cleavage; and (4) a reactivated, substrate-bound complex with GreB before RNA extension. Compared with eukaryotes, the backtracked RNA adopts a different conformation. RNA polymerase conformational changes cause distinct GreB states: a fully engaged GreB before cleavage; a disengaged GreB after cleavage; and a dislodged, loosely bound GreB removed from the active site to allow RNA extension. These reconstructions provide insight into the catalytic mechanism and dynamics of RNA cleavage and extension and suggest how GreB targets backtracked complexes without interfering with canonical transcription.
リンクMol Cell / PubMed:31103420 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 3.9 Å
構造データ

4882

6rh3

EMDB-4882, PDB-6rh3:
Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bound to CTP substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

4885

6ri7

EMDB-4885, PDB-6ri7:
Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bound to GreB transcription factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

4886

6ri9

EMDB-4886, PDB-6ri9:
Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex in non-swiveled state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

4892

6rin

EMDB-4892, PDB-6rin:
Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex bound to GreB transcription factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

4893

6rip

EMDB-4893, PDB-6rip:
Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex in swiveled state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CTP:
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP / シチジン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • escherichia coli k12 (大腸菌)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / E. coli RNA polymerase / CTP / GreB / Elongation complex / backtracking (バックトラッキング)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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