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Structure paper

タイトルStructural insights into Drosophila-C3PO complex assembly and 'Dynamic Side Port' model in substrate entry and release.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 46, Issue 16, Page 8590-8604, Year 2018
掲載日2018年9月19日
著者Xiaobing Mo / Xia Yang / Yuren Adam Yuan /
PubMed 要旨In Drosophila and human, component 3 promoter of RISC (C3PO), a heteromeric complex, enhances RISC assembly and promotes RISC activity. Here, we report crystal structure of full-length Drosophila ...In Drosophila and human, component 3 promoter of RISC (C3PO), a heteromeric complex, enhances RISC assembly and promotes RISC activity. Here, we report crystal structure of full-length Drosophila C3PO (E126Q), an inactive C3PO mutant displaying much weaker RNA binding ability, at 2.1 Å resolution. In addition, we also report the cryo-EM structures of full-length Drosophila C3PO (E126Q), C3PO (WT) and SUMO-C3PO (WT, sumo-TRAX + Translin) particles trapped at different conformations at 12, 19.7 and 12.8 Å resolutions, respectively. Crystal structure of C3PO (E126Q) displays a half-barrel architecture consisting of two Trax/Translin heterodimers, whereas cryo-EM structures of C3PO (E126Q), C3PO (WT) and SUMO-C3PO (WT) adopt a closed football-like shape with a hollow interior cavity. Remarkably, both cryo-EM structures of Drosophila C3PO (E126Q) and Drosophila SUMO-C3PO (WT) particles contain a wide side port (∼25 Å × ∼30 Å versus ∼15 Å × ∼20 Å) for RNA substrate entry and release, formed by a pair of anti-parallel packed long α1 helices of TRAX subunits. Notably, cryo-EM structure of SUMO-C3PO showed that four copies of extra densities belonging to N-terminal SUMO tag are located at the outside shell of SUMO-C3PO particle, which demonstrated that the stoichiometry of TRAX/Translin for the in vitro expressed and assembled full-length Drosophila-SUMO-C3PO particle is 4:4, suggesting Drosophila C3PO is composed by TRAX/translin at a ratio of 4:4. Remarkably, the comparison of the cryo-EM structures suggests that the C3PO side ports regulated by α1 helices of TRAX molecules are highly dynamic. Hence, we propose that C3PO particles could adopt a 'Dynamic Side Port' model to capture/digest nucleic acid duplex substrate and release the digested fragments through the dynamic side ports.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:29860349 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度12.0 - 19.7 Å
構造データ

EMDB-6722:
Drosophila full length cryoEM structure of C3PO complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-6723:
Drosophila full length cryo-EM structure of C3PO complex with a point mutation on TRAX subunit at E126 position.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.7 Å

EMDB-6899:
Full length cryo-EM structure of Drosophila-sumo-C3PO (sumo-TRAX + translin) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.8 Å

由来
  • Drosophila (ハエ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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