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Structure paper

タイトルStructural reorganization of the chromatin remodeling enzyme Chd1 upon engagement with nucleosomes.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 6, Year 2017
掲載日2017年3月23日
著者Ramasubramanian Sundaramoorthy / Amanda L Hughes / Vijender Singh / Nicola Wiechens / Daniel P Ryan / Hassane El-Mkami / Maxim Petoukhov / Dmitri I Svergun / Barbara Treutlein / Salina Quack / Monika Fischer / Jens Michaelis / Bettina Böttcher / David G Norman / Tom Owen-Hughes /
PubMed 要旨The yeast Chd1 protein acts to position nucleosomes across genomes. Here, we model the structure of the Chd1 protein in solution and when bound to nucleosomes. In the apo state, the DNA-binding ...The yeast Chd1 protein acts to position nucleosomes across genomes. Here, we model the structure of the Chd1 protein in solution and when bound to nucleosomes. In the apo state, the DNA-binding domain contacts the edge of the nucleosome while in the presence of the non-hydrolyzable ATP analog, ADP-beryllium fluoride, we observe additional interactions between the ATPase domain and the adjacent DNA gyre 1.5 helical turns from the dyad axis of symmetry. Binding in this conformation involves unravelling the outer turn of nucleosomal DNA and requires substantial reorientation of the DNA-binding domain with respect to the ATPase domains. The orientation of the DNA-binding domain is mediated by sequences in the N-terminus and mutations to this part of the protein have positive and negative effects on Chd1 activity. These observations indicate that the unfavorable alignment of C-terminal DNA-binding region in solution contributes to an auto-inhibited state.
リンクElife / PubMed:28332978 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron) / EM (単粒子)
解像度15.0 - 20.0 Å
構造データ

SASDBU7:
DNA binding domain (DBD) of chromo domain-containing protein 1 (Chd1: 1009-1274)
手法: SAXS/SANS

SASDBV7:
Chromo-ATPase-DBD domains of chromo domain-containing protein 1 (Chd1: 133-1305)
手法: SAXS/SANS

SASDBW7:
N-terminal and chromo-ATPase-DBD domains of chromo domain-containing protein 1 (Chd1: 1-1305)
手法: SAXS/SANS

SASDBX7:
Chromo-ATPase domains of chromo domain-containing protein 1 (Chd1: 133-1010)
手法: SAXS/SANS

SASDBY7:
N-terminal and chromo-ATPase domains of chromo domain-containing protein 1 (Chd1: 1-1010)
手法: SAXS/SANS

EMDB-3502:
Structural reorganization of the chromatin remodeling enzyme Chd1 upon engagement with nucleosomes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-3517:
Structural reorganization of the chromatin remodeling enzyme Chd1 upon engagement with nucleosomes.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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