3次元電子顕微鏡データナビゲーター [English / 日本語]
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EM Navigatorとは?
  • 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイトです。
  • EMDBPDB のデータを利用しています (統計情報)
  • 分子・構造生物学の専門家にも、初心者や専門外のかたにも利用していただけるサイトを目指しています。
  • PDBjが運営しています。
  • FAQ

    3D-EMとデータベース

    Q: EMDBとPDBは何が違うのですか?

    A: EMDBは3D-EMで得られる3次元マップのデータバンク、PDBは原子モデルのデータバンクです。

  • 異なる点:
    EMDBPDB
    主データ3次元密度マップ原子座標
    実験手法3D-EM問わない(純粋な理論解析を除く)
  • 似ている点:
  • 主データは生体分子やその集合体、組織などの3次元構造
  • 文献情報や実験手法などの豊富なメタデータを持つ
  • 一般に公開されている
  • いくつかのデータは、両方に登録されています。
  • 用語集: 3次元電子顕微鏡

    Q: 3D-EMとは、低温電子顕微鏡法(クライオ電顕、cryo-EM)のことですか?

    A: 「3D-EM」と「クライオ電顕」は厳密には別の用語です。

  • しかし、「3D-EM」と「クライオ電顕」は深い関係にあり、しばしば同じ意味の用語として使用されます。
  • 多くの3D-EMデータはクライオ電顕によるものですが、すべてがそうではありません。
  • 用語集: 3次元電子顕微鏡 用語集: 低温電子顕微鏡 Cryo-electron microscopy - Wikipedia

    Q: 「EMD」とは何ですか?

    A: EMD (またはemd)は、EMDBのID番号の「接頭語」です。

  • 設立当初は、EMDBはEMDとも呼ばれていました。
  • EM NavigaotrではPDBとEMDBのデータを利用しているため、IDの表記は、[データベースの名称-ID]とし、接頭語は省略しています。例: EMDB-1001, PDB-1brd
  • EMDBのマップデータについて

    Q: FTPサーバーのURLは?

    Q: マップデータとは電子密度マップのことですか?

    A: ほぼ同じです。

  • 厳密には、3D-EMで得られるマップは、電子密度ではなくクーロンポテンシャル(静電ポテンシャル)に関係しています。
  • Q: マップデータのフォーマットは何ですか?

    A: CCP4マップ型式です。

  • 詳細はこちら: EMDB_mapFormat_v1.0.pdf
  • Q: マップデータを見るにはどのソフトを使えばよいでしょうか?

    A: このページで紹介されているソフトウェアが相応しいでしょう。
    Software Tools For Molecular Microscopy/Visualization and modeling tools - Wikibooks

  • EM Navigatorでは、EMDBエントリのムービー作成にUCSF-Chimeraを使用しています。
  • EM Navigatorについて

    Q: EM Navigator上のムービーやムービーのスナップショットを、プレゼンテーションや論文などに利用できますか?

    A: はい。引用元は”EM Navigator, PDBj”としていただければ幸いです。

    PDBjの利用規約

    Q: ムービーはどうやって作っているのですか?

    A: UCSF-ChimeraかJmolで連続画像を作成し、FFmpegでムービーにエンコードしています。

  • Chimeraのスクリプトの例です。
    system mkdir img1
    movie reset
    movie record fformat png directory ./img1/ pattern img*
    roll y 2 180; wait
    wait 15
    roll x 2 180; wait
    reset pos1; wait
    reset pos2 180; wait
    reset pos1 180; wait
    reset
    movie stop
    
    「pos1」と「pos2」は、断面を表示するモーションの開始点と終了点で保存したpositionです。
  • ムービーと併せてChimeraのセッションファイルを公開しています。参考になるかもしれません。
  • Q: このFAQや、EM Navigatorのページやムービーを作っているのは誰ですか?

    A: 大阪大学蛋白質研究所・PDBjの鈴木博文です。


    この欄は書きかけです。随時追加していきます。


  • PDBjのFAQページ
  • EMDataBank.org内のFAQページ