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万見
- PDB-4a8c: Symmetrized cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 12-mer in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a8c
タイトルSymmetrized cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 12-mer in complex with a binding peptide
要素PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CHAPERONE (シャペロン)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ペリプラズム / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, Do / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic pH-dependent serine endoprotease DegQ
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
データ登録者Malet, H. / Canellas, F. / Sawa, J. / Yan, J. / Thalassinos, K. / Ehrmann, M. / Clausen, T. / Saibil, H.R.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Newly folded substrates inside the molecular cage of the HtrA chaperone DegQ.
著者: Hélène Malet / Flavia Canellas / Justyna Sawa / Jun Yan / Konstantinos Thalassinos / Michael Ehrmann / Tim Clausen / Helen R Saibil /
要旨: The HtrA protein family combines chaperone and protease activities and is essential for protein quality control in many organisms. Whereas the mechanisms underlying the proteolytic function of HtrA ...The HtrA protein family combines chaperone and protease activities and is essential for protein quality control in many organisms. Whereas the mechanisms underlying the proteolytic function of HtrA proteins are well characterized, their chaperone activity remains poorly understood. Here we describe cryo-EM structures of Escherichia coli DegQ in its 12- and 24-mer states in complex with model substrates, providing a structural model of HtrA chaperone action. Up to six lysozyme substrates bind inside the DegQ 12-mer cage and are visualized in a close-to-native state. An asymmetric reconstruction reveals the binding of a well-ordered lysozyme to four DegQ protomers. DegQ PDZ domains are located adjacent to substrate density and their presence is required for chaperone activity. The substrate-interacting regions appear conserved in 12- and 24-mer cages, suggesting a common mechanism of chaperone function.
履歴
登録2011年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Other
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1983
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
B: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
C: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
D: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
E: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
F: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
G: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
H: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
I: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
J: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
K: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ
L: PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)546,51212
ポリマ－546,51212
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
PERIPLASMIC PH-DEPENDENT SERINE ENDOPROTEASE DEGQ / PROTEASE DO / DEGQ / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 45542.664 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39099, peptidase Do
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 214 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, SER 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN L, SER 214 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ESCHERICHIA COLI DEGQ 12- MER IN COMPLEX WITH A BINDING PEPTIDE
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20 MM HEPES/NAOH, 150 MM NACL / pH: 7.5 / 詳細: 20 MM HEPES/NAOH, 150 MM NACL
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- MANUAL PLUNGER, METHOD- BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 詳細: LOW DOSE MODE
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 91 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: -0.1 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 110
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Flex-EMモデルフィッティング
2MODELLERモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4IMAGIC5３次元再構成
5SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE FLIPPING, FULL CTF CORRECTION
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成手法: COMMON LINE, PROJECTION MATCHING / 解像度: 7.5 Å / 粒子像の数: 29432 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.4 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.4 Å
詳細: DEGQ 12-MER WERE OBTAINED IN PRESENCE OF A PEPTIDE. THE PEPTIDE SEQUENCE IS SPMFKGVLDMMYGGMRGYQV THE NUMBER OF PEPTIDES BOUND TO DEGQ 12-MER IS UNKNOWN. THE PEPTIDES ARE NOT MODELLED DUE TO ...詳細: DEGQ 12-MER WERE OBTAINED IN PRESENCE OF A PEPTIDE. THE PEPTIDE SEQUENCE IS SPMFKGVLDMMYGGMRGYQV THE NUMBER OF PEPTIDES BOUND TO DEGQ 12-MER IS UNKNOWN. THE PEPTIDES ARE NOT MODELLED DUE TO THE RESOLUTION OF THE MAP. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1983. (DEPOSITION ID: 10374).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--RIGID BODY AND FLEXIBLE FITTING REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 3STJ

3stj

精密化最高解像度: 7.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4740 0 0 0 4740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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