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Yorodumi- PDB-3vr5: Crystal structure of nucleotide-free Enterococcus hirae V1-ATPase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vr5 | ||||||
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Title | Crystal structure of nucleotide-free Enterococcus hirae V1-ATPase [eV1(L)] | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / V-ATPase / Enterococcus hirae / Rotary motor / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus hirae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.9 Å | ||||||
Authors | Saijo, S. / Arai, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...Saijo, S. / Arai, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Rotation mechanism of Enterococcus hirae V(1)-ATPase based on asymmetric crystal structures Authors: Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vr5.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vr5.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vr5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3vr2C 3vr3C 3vr4SC 3vr6C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 67473.273 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpA / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15 #2: Protein | Mass: 52424.312 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpB / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: Q08637, EC: 3.6.3.15 #3: Protein | | Mass: 25587.996 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpD / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: P43435*PLUS, EC: 3.6.3.15 #4: Protein | | Mass: 12783.129 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpG, ntpQ / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: P43455, EC: 3.6.3.15 Sequence details | CURRENTLY THE SEQUENCE OF CHAIN G HAS NOT BEEN SUBMITTED TO THE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES (-6)-0 ...CURRENTLY THE SEQUENCE OF CHAIN G HAS NOT BEEN SUBMITTED TO THE SEQUENCE DATABASE. RESIDUES (-6)-0 IN CHAIN G ARE EXPRESSION | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 19.2% PEG3350, 0.2M NaF, 0.1M Bis-Tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2010 | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 3.9→50 Å / Num. all: 36120 / Num. obs: 36120 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 75.839 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 11.43 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.9→4.14 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 5663 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VR4 Resolution: 3.9→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 87.514 / SU ML: 0.548 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.177 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 100.468 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.9→49.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.901→4.001 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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