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Yorodumi- PDB-3vr2: Crystal structure of nucleotide-free A3B3 complex from Enterococc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vr2 | ||||||
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Title | Crystal structure of nucleotide-free A3B3 complex from Enterococcus hirae V-ATPase [eA3B3] | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / V-ATPase / Enterococcus hirae / Rotary motor / P-loop / Na(+)-ATPase / ATP Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / sodium ion transport / phagocytic vesicle ...Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus hirae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. ...Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Rotation mechanism of Enterococcus hirae V(1)-ATPase based on asymmetric crystal structures Authors: Arai, S. / Saijo, S. / Suzuki, K. / Mizutani, K. / Kakinuma, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yamato, I. / Murata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vr2.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vr2.ent.gz | 1020 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vr2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3vr2_validation.pdf.gz | 486.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3vr2_full_validation.pdf.gz | 560.5 KB | Display | |
Data in XML | 3vr2_validation.xml.gz | 106.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3vr2_validation.cif.gz | 145.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/3vr2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vr3C 3vr4C 3vr5C 3vr6C 3gqbS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 67473.273 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpA / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: Q08636, EC: 3.6.3.15 #2: Protein | Mass: 52424.312 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpB / Production host: Cell free synthesis / References: UniProt: Q08637, EC: 3.6.3.15 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 24% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.2M Ammonium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2010 |
Radiation | Monochromator: Rotated-inclined double-crystal monochromator, Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→44.18 Å / Num. all: 91463 / Num. obs: 91463 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 77.186 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 13339 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3GQB Resolution: 2.8→44.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 30.555 / SU ML: 0.277 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.365 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.336 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→44.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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