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Models of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners

単粒子再構成法による, 7.2Å分解能

ムービー

方向:

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-2010 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-2010 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

#4: EMマップデータ( EMDB-2010 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 3j16
タイトルModels of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners
記述子Dom34p
Rli1p
(60S ribosomal protein ...) x 3
(40S ribosomal protein ...) x 3
キーワードRIBOSOME, ribosome recycling, translation, eukarya
著者・登録者Becker, T., Franckenberg, S., Wickles, S., Shoemaker, C.J., Anger, A.M., Armache, J.-P., Sieber, H., Ungewickell, C., Berninghausen, O., Daberkow, I., Karcher, A., Thomm, M., Hopfner, K.-P., Green, R., Beckmann, R.
日付登録: 2011-12-12, 公開: 2012-02-22
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-2010 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-2010 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

#4: EMマップデータ( EMDB-2010 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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文献
引用 - primary
文献Nature, Vol. 482, Issue 7386, Page 501-6, Year 2012
タイトルStructural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea.
著者Thomas Becker, Sibylle Franckenberg, Stephan Wickles, Christopher J Shoemaker, Andreas M Anger, Jean-Paul Armache, Heidemarie Sieber, Charlotte Ungewickell, Otto Berninghausen, Ingo Daberkow, Annette Karcher, Michael Thomm, Karl-Peter Hopfner, Rachel Green, Roland Beckmann
Gene Center and Center for integrated Protein Science Munich, Department of Biochemistry, University of Munich, Feodor-Lynen-Straße 25, 81377 Munich, Germany.
キーワードATP-Binding Cassette Transporters (chemistry), Cell Cycle Proteins (chemistry), Cryoelectron Microscopy, Dom34 protein, S cerevisiae (3.1.-), Endoribonucleases (chemistry, 3.1.-), Evolution, Molecular, Iron-Sulfur Proteins (chemistry), Models, Molecular, Movement, Multiprotein Complexes (chemistry), Nuclear Proteins (chemistry), Peptide Termination Factors (chemistry), Protein Binding, Protein Stability, Protein Structure, Tertiary, Pyrococcus furiosus (chemistry), RLI1 protein, S cerevisiae, Ribosomes (chemistry), Saccharomyces cerevisiae (chemistry), Saccharomyces cerevisiae Proteins (chemistry)
リンクDOI: 10.1038/nature10829, PubMed: 22358840
構成要素
ID 1 : Dom34p
画像
ID1
分子量44120.262 Da
説明Dom34p
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae

リンクUniProt: P33309, Sequence view
ID 2 : Rli1p
画像
ID2
分子量68433.945 Da
説明Rli1p
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: Q03195, Sequence view
ID 3 : 28S ribosomal RNA
画像
ID3
分子量75107.094 Da
説明28S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクSequence view
ID 4 : 18S ribosomal RNA
画像
ID4
分子量49863.914 Da
説明18S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクSequence view
ID 5 : P-site tRNA
画像
ID5
分子量24135.418 Da
説明P-site tRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクSequence view
ID 6 : 60S ribosomal protein L6
画像
ID6
分子量21605.229 Da
説明60S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P05738, Sequence view
ID 7 : 40S ribosomal protein S30E
画像
ID7
分子量7137.609 Da
説明40S ribosomal protein S30E
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX33, Sequence view
ID 8 : 60S ribosomal protein L10
画像
ID8
分子量33749.387 Da
説明60S ribosomal protein L10
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P05317, Sequence view
ID 9 : 40S ribosomal protein S6E
画像
ID9
分子量27054.719 Da
説明40S ribosomal protein S6E
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX37, Sequence view
ID 10 : 60S ribosomal protein L11
画像
ID10
分子量17850.779 Da
説明60S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX53, Sequence view
ID 11 : 40S ribosomal protein S24E
画像
ID11
分子量14494.048 Da
説明40S ribosomal protein S24E
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX41, Sequence view
ID 12 : 40S ribosomal protein S24-A
画像
ID12
分子量15362.992 Da
説明40S ribosomal protein S24-A
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX31, Sequence view
ID 13 : MAGNESIUM ION
画像
ID13
分子量24.305 Da
説明MAGNESIUM ION
分子の数1
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 14 : ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
画像
ID14
分子量507.183 Da
説明ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子の数1
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 15 : IRON/SULFUR CLUSTER
画像
ID15
分子量351.628 Da
説明IRON/SULFUR CLUSTER
分子の数2
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 16 : water
画像
ID16
分子量18.015 Da
説明water
分子の数1
タイプwater
由来手法: Isolated from a natural source
試料
集合体
試料の集合状態PARTICLE
名称Dom34p-Rli1p complex
実験
3次元再構成法SINGLE PARTICLE
電子顕微鏡試料のタイプVITREOUS ICE (CRYO EM)
急速凍結
凍結剤ETHANE
詳細ethane (Vitrobot)
湿度95
装置Vitrobot
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
解析
単粒子
対称性のタイプASYMMETRIC
3次元再構成
手法Single particle
分解能7.2 A
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
溶媒原子1
合計26208
リガンド原子48
核酸原子9823
タンパク質原子16336
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb3j16.ent.gz
pdb3j16.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb3j16.ent.gz
mmcif形式
mmCIF3j16.cif.gz
XML形式
すべて3j16.xml.gz
No-atom3j16-noatom.xml.gz
Ext-atom3j16-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 2.5 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 3.4 MB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.6 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.1 MB
ムービー #3
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.3 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.8 MB
ムービー #4
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.6 MB