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Models of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners

単粒子再構成法による, 7.2Å分解能

ムービー

方向:

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-2010 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-2010 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

#4: EMマップデータ( EMDB-2010 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 3j16
タイトルModels of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners
記述子Dom34p
Rli1p
60S ribosomal protein L6
40S ribosomal protein S30E
60S ribosomal protein L10
40S ribosomal protein S6E
60S ribosomal protein L11
40S ribosomal protein S24E
キーワードRIBOSOME, ribosome recycling, translation, eukarya
著者・データ登録者Becker, T., Franckenberg, S., Wickles, S., Shoemaker, C.J., Anger, A.M., Armache, J.-P., Sieber, H., Ungewickell, C., Berninghausen, O., Daberkow, I., Karcher, A., Thomm, M., Hopfner, K.-P., Green, R., Beckmann, R.
日付登録: 2011-12-12, 公開: 2012-02-22
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-2010 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-2010 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

#4: EMマップデータ( EMDB-2010 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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Fit: あてはめのターゲットとして利用したマップ

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文献
引用 - primary
文献Nature, Vol. 482, Issue 7386, Page 501-6, Year 2012
タイトルStructural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea.
著者Thomas Becker, Sibylle Franckenberg, Stephan Wickles, Christopher J Shoemaker, Andreas M Anger, Jean-Paul Armache, Heidemarie Sieber, Charlotte Ungewickell, Otto Berninghausen, Ingo Daberkow, Annette Karcher, Michael Thomm, Karl-Peter Hopfner, Rachel Green, Roland Beckmann
Gene Center and Center for integrated Protein Science Munich, Department of Biochemistry, University of Munich, Feodor-Lynen-Straße 25, 81377 Munich, Germany.
キーワードATP-Binding Cassette Transporters (chemistry), Cell Cycle Proteins (chemistry), Cryoelectron Microscopy, Dom34 protein, S cerevisiae (3.1.-), Endoribonucleases (chemistry, 3.1.-), Evolution, Molecular, Iron-Sulfur Proteins (chemistry), Models, Molecular, Movement, Multiprotein Complexes (chemistry), Nuclear Proteins (chemistry), Peptide Termination Factors (chemistry), Protein Binding, Protein Stability, Protein Structure, Tertiary, Pyrococcus furiosus (chemistry), RLI1 protein, S cerevisiae, Ribosomes (chemistry), Saccharomyces cerevisiae (chemistry), Saccharomyces cerevisiae Proteins (chemistry)
リンクDOI: 10.1038/nature10829, PubMed: 22358840
構成要素
ID 1 : Dom34p
画像
ID1
分子量44120.262 Da
説明Dom34p
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae

リンクUniProt: P33309, Sequence view
ID 2 : Rli1p
画像
ID2
分子量68433.945 Da
説明Rli1p
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: Q03195, Sequence view
ID 3 : 28S ribosomal RNA
画像
ID3
分子量75107.094 Da
説明28S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクSequence view
ID 4 : 18S ribosomal RNA
画像
ID4
分子量49863.914 Da
説明18S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクSequence view
ID 5 : P-site tRNA
画像
ID5
分子量24135.418 Da
説明P-site tRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクSequence view
ID 6 : 60S ribosomal protein L6
画像
ID6
分子量21605.229 Da
説明60S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P05738, Sequence view
ID 7 : 40S ribosomal protein S30E
画像
ID7
分子量7137.609 Da
説明40S ribosomal protein S30E
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX33, Sequence view
ID 8 : 60S ribosomal protein L10
画像
ID8
分子量33749.387 Da
説明60S ribosomal protein L10
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P05317, Sequence view
ID 9 : 40S ribosomal protein S6E
画像
ID9
分子量27054.719 Da
説明40S ribosomal protein S6E
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX37, Sequence view
ID 10 : 60S ribosomal protein L11
画像
ID10
分子量17850.779 Da
説明60S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX53, Sequence view
ID 11 : 40S ribosomal protein S24E
画像
ID11
分子量14494.048 Da
説明40S ribosomal protein S24E
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX41, Sequence view
ID 12 : 40S ribosomal protein S24-A
画像
ID12
分子量15362.992 Da
説明40S ribosomal protein S24-A
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae
リンクUniProt: P0CX31, Sequence view
ID 13 : MAGNESIUM ION
画像
ID13
分子量24.305 Da
説明MAGNESIUM ION
分子の数1
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 14 : ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
画像
ID14
分子量507.183 Da
説明ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子の数1
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 15 : IRON/SULFUR CLUSTER
画像
ID15
分子量351.628 Da
説明IRON/SULFUR CLUSTER
分子の数2
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 16 : water
画像
ID16
分子量18.015 Da
説明water
分子の数1
タイプwater
由来手法: Isolated from a natural source
試料
集合体
試料の集合状態PARTICLE
名称Dom34p-Rli1p complex
実験
3次元再構成法SINGLE PARTICLE
電子顕微鏡試料のタイプVITREOUS ICE (CRYO EM)
急速凍結
凍結剤ETHANE
詳細ethane (Vitrobot)
湿度95
装置Vitrobot
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
解析
単粒子
対称性のタイプASYMMETRIC
3次元再構成
手法Single particle
分解能7.2 A
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
溶媒原子1
合計26208
リガンド原子48
核酸原子9823
タンパク質原子16336
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb3j16.ent.gz
pdb3j16.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb3j16.ent.gz
mmcif形式
mmCIF3j16.cif.gz
XML形式
すべて3j16.xml.gz
No-atom3j16-noatom.xml.gz
Ext-atom3j16-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 2.5 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 3.4 MB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.6 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.1 MB
ムービー #3
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.3 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.8 MB
ムービー #4
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.6 MB