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Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes)

単粒子再構成法による, 12.1Å分解能

ムービー

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#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-5361 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: PDB-3j0u との合成表示, Jmolによる画像

#4: EMマップデータ( EMDB-5361 )との重ね合わせ (+ PDB-3j0u), UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 3j0t
タイトルStructural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes)
記述子Protein/RNA complex (ribosomal)
キーワードRIBOSOME, cryoelectron microscopy, molecular dynamics flexible fitting, ratchet-like rotation
著者・登録者Agirrezabala, X., Liao, H., Schreiner, E., Fu, J., Ortiz-Meoz, R.F., Schulten, K., Green, R., Frank, J.
日付登録: 2011-12-07, 公開: 2012-03-21
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-5361 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: PDB-3j0u との合成表示, Jmolによる画像

#4: EMマップデータ( EMDB-5361 )との重ね合わせ (+ PDB-3j0u), UCSF CHIMERAによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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EMDB-5361

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PDB-3j0u

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類似構造
類似構造データの一覧 Omokage searchOmokageシステムについて
文献
引用 - primary
文献Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 109, Issue 16, Page 6094-9, Year 2012
タイトルStructural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates.
著者Xabier Agirrezabala, Hstau Y Liao, Eduard Schreiner, Jie Fu, Rodrigo F Ortiz-Meoz, Klaus Schulten, Rachel Green, Joachim Frank
Structural Biology Unit, CIC-bioGUNE, Bizkaia Technology Park, Derio 48160, Basque Country, Spain.
キーワードBinding Sites, Cryoelectron Microscopy, Crystallography, X-Ray, Escherichia coli (genetics), Macromolecular Substances (chemistry), Models, Molecular, Molecular Conformation, Protein Biosynthesis, RNA, Messenger (genetics), RNA, Transfer (genetics, 9014-25-9), Ribosomes (metabolism), Thermodynamics
リンクDOI: 10.1073/pnas.1201288109, PubMed: 22467828, PMC: PMC3340995
構成要素
ID 1 : 5S ribosomal RNA
画像
ID1
分子量38790.309 Da
説明5S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli

リンクGenBank: 33357928, Sequence view
ID 2 : 23S ribosomal RNA
画像
ID2
分子量941814.875 Da
説明23S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクGenBank: 33357927, Sequence view
ID 3 : 50S ribosomal protein L1
画像
ID3
分子量24765.834 Da
説明50S ribosomal protein L1
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:2285
名称: Sulfolobus acidocaldarius
リンクUniProt: P0A7L0, Sequence view
ID 4 : 50S ribosomal protein L2
画像
ID4
分子量29792.650 Da
説明50S ribosomal protein L2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60422, Sequence view
ID 5 : 50S ribosomal protein L3
画像
ID5
分子量22277.709 Da
説明50S ribosomal protein L3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60438, Sequence view
ID 6 : 50S ribosomal protein L4
画像
ID6
分子量22121.723 Da
説明50S ribosomal protein L4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60723, Sequence view
ID 7 : 50S ribosomal protein L5
画像
ID7
分子量20202.566 Da
説明50S ribosomal protein L5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P62399, Sequence view
ID 8 : 50S ribosomal protein L6
画像
ID8
分子量18801.766 Da
説明50S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG55, Sequence view
ID 9 : 50S ribosomal protein L9
画像
ID9
分子量15789.174 Da
説明50S ribosomal protein L9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7R1, Sequence view
ID 10 : 50S ribosomal protein L10
画像
ID10
分子量17605.537 Da
説明50S ribosomal protein L10
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:2285
名称: Sulfolobus acidocaldarius
リンクUniProt: P0A7J3, Sequence view
ID 11 : 50S ribosomal protein L11
画像
ID11
分子量14763.286 Da
説明50S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7J7, Sequence view
ID 12 : 50S ribosomal protein L13
画像
ID12
分子量16050.749 Da
説明50S ribosomal protein L13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AA10, Sequence view
ID 13 : 50S ribosomal protein L14
画像
ID13
分子量13565.172 Da
説明50S ribosomal protein L14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADY3, Sequence view
ID 14 : 50S ribosomal protein L15
画像
ID14
分子量15008.598 Da
説明50S ribosomal protein L15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P02413, Sequence view
ID 15 : 50S ribosomal protein L16
画像
ID15
分子量15312.394 Da
説明50S ribosomal protein L16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADY7, Sequence view
ID 16 : 50S ribosomal protein L17
画像
ID16
分子量14393.774 Da
説明50S ribosomal protein L17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG44, Sequence view
ID 17 : 50S ribosomal protein L18
画像
ID17
分子量12794.793 Da
説明50S ribosomal protein L18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0C018, Sequence view
ID 18 : 50S ribosomal protein L19
画像
ID18
分子量13028.207 Da
説明50S ribosomal protein L19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7K6, Sequence view
ID 19 : 50S ribosomal protein L20
画像
ID19
分子量13396.962 Da
説明50S ribosomal protein L20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7L3, Sequence view
ID 20 : 50S ribosomal protein L21
画像
ID20
分子量11586.485 Da
説明50S ribosomal protein L21
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG48, Sequence view
ID 21 : 50S ribosomal protein L22
画像
ID21
分子量12253.464 Da
説明50S ribosomal protein L22
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P61175, Sequence view
ID 22 : 50S ribosomal protein L23
画像
ID22
分子量11222.270 Da
説明50S ribosomal protein L23
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADZ0, Sequence view
ID 23 : 50S ribosomal protein L24
画像
ID23
分子量11208.169 Da
説明50S ribosomal protein L24
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60624, Sequence view
ID 24 : 50S ribosomal protein L25
画像
ID24
分子量10713.566 Da
説明50S ribosomal protein L25
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P68919, Sequence view
ID 25 : 50S ribosomal protein L27
画像
ID25
分子量9015.426 Da
説明50S ribosomal protein L27
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7L8, Sequence view
ID 26 : 50S ribosomal protein L28
画像
ID26
分子量8896.435 Da
説明50S ribosomal protein L28
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M2, Sequence view
ID 27 : 50S ribosomal protein L29
画像
ID27
分子量7286.531 Da
説明50S ribosomal protein L29
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M6, Sequence view
ID 28 : 50S ribosomal protein L30
画像
ID28
分子量6423.682 Da
説明50S ribosomal protein L30
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG51, Sequence view
ID 29 : 50S ribosomal protein L31
画像
ID29
分子量7887.165 Da
説明50S ribosomal protein L31
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M9, Sequence view
ID 30 : 50S ribosomal protein L32
画像
ID30
分子量6332.307 Da
説明50S ribosomal protein L32
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7N4, Sequence view
ID 31 : 50S ribosomal protein L33
画像
ID31
分子量6257.510 Da
説明50S ribosomal protein L33
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7N9, Sequence view
ID 32 : 50S ribosomal protein L34
画像
ID32
分子量5397.506 Da
説明50S ribosomal protein L34
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7P5, Sequence view
ID 33 : 50S ribosomal protein L35
画像
ID33
分子量7181.907 Da
説明50S ribosomal protein L35
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7Q1, Sequence view
ID 34 : 50S ribosomal protein L36
画像
ID34
分子量4377.415 Da
説明50S ribosomal protein L36
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7Q6, Sequence view
試料
集合体
試料の集合状態PARTICLE
分子量測定の手法2.8
分子量(理論値)2.8
名称Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome
要素の数3
構成単位・集合体
集合体のID1
詳細with A and P site tRNAs
名称70S ribosome
タイプRIBOSOME
緩衝液
名称HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
実験
3次元再構成法SINGLE PARTICLE
電子顕微鏡試料のタイプVITREOUS ICE (CRYO EM)
試料調製
pH7.5
試料の濃度0.03 mg/ml
試料・支持膜
詳細200 mesh
Grid mesh size200
急速凍結
凍結剤NITROGEN
詳細Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
湿度90
装置Vitrobot
手法blot for 3 seconds
温度80 Kelvin
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
撮影
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
日付2011-05-01
詳細automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x)
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧300 kV
電子線照射量25 e/A**2
照射モードFLOODBEAM
レンズ
モードBRIGHTFIELD
倍率実測値: 58269 X, 公称値: 59000 X
Cs公称値: 2.26 mm
デフォーカス(公称値)最大値: 4000 nm, 最小値: 1200 nm
エネルギーフィルタnone
試料ホルダ
試料ホルダモデル: OTHER, タイプ: cartridge
温度80.7 Kelvin
撮影時の温度最大値: 80.7, 最小値: 80.7
ディテクター
タイプTVIPS TemCam-F415 (CCD)
解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
粒子像の数36000
ソフトウェアMDFF
単粒子
対称性のタイプASYMMETRIC
3次元再構成
ピクセルサイズ(実際の値)1.5 A/pix
CTF補正方法Volumes were CTF-corrected in defocus groups
倍率補正50000
粒子像の数36204
分解能12.1 A
分解能の評価方法FSC at 0.5 cut-off
ソフトウェアSPIDER
3次元あてはめ
精密化のプロトコルMolecular Dynamics based flexible fitting
精密化に使用した空間REAL
ソフトウェアMDFF
当てはまり具合の基準RMSD, cross correlation
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID2I2V
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID1MZP
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID1ZAV
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計94789
核酸原子64917
タンパク質原子29872
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb3j0t.ent.gz
pdb3j0t.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb3j0t.ent.gz
mmcif形式
mmCIF3j0t.cif.gz
XML形式
すべて3j0t.xml.gz
No-atom3j0t-noatom.xml.gz
Ext-atom3j0t-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 2.9 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 3.8 MB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.3 MB
ムービー #3
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.1 MB
ムービー #4
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.8 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.4 MB