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Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes)

単粒子再構成法による, 12.1Å分解能

ムービー

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#2: EMマップデータ( EMDB-5361 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-5361 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 4v6n
タイトルStructural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes)
記述子Protein/RNA complex (ribosomal)
キーワードRIBOSOME, cryoelectron microscopy, molecular dynamics flexible fitting, ratchet-like rotation
著者・登録者Agirrezabala, X., Liao, H., Schreiner, E., Fu, J., Ortiz-Meoz, R.F., Schulten, K., Green, R., Frank, J.
日付登録: 2011-12-07, 公開: 2014-07-09
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, FSSP, SCOP
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-5361 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-5361 )との重ね合わせ, UCSF CHIMERAによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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文献
引用 - primary
文献Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 109, Issue 16, Page 6094-9, Year 2012
タイトルStructural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates.
著者Xabier Agirrezabala, Hstau Y Liao, Eduard Schreiner, Jie Fu, Rodrigo F Ortiz-Meoz, Klaus Schulten, Rachel Green, Joachim Frank
Structural Biology Unit, CIC-bioGUNE, Bizkaia Technology Park, Derio 48160, Basque Country, Spain.
キーワードBinding Sites, Cryoelectron Microscopy, Crystallography, X-Ray, Escherichia coli (genetics), Macromolecular Substances (chemistry), Models, Molecular, Molecular Conformation, Protein Biosynthesis, RNA, Messenger (genetics), RNA, Transfer (genetics, 9014-25-9), Ribosomes (metabolism), Thermodynamics
リンクDOI: 10.1073/pnas.1201288109, PubMed: 22467828, PMC: PMC3340995
構成要素
ID 1 : 5S ribosomal RNA
ID1
分子量38790.090 Da
説明5S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli

リンクGenBank: 33357928, Sequence view
ID 2 : 23S ribosomal RNA
ID2
分子量941813.562 Da
説明23S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクGenBank: 33357927, Sequence view
ID 3 : 50S ribosomal protein L1
ID3
分子量24765.660 Da
説明50S ribosomal protein L1
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:2285
名称: Sulfolobus acidocaldarius
リンクUniProt: P0A7L0, Sequence view
ID 4 : 50S ribosomal protein L2
ID4
分子量29792.424 Da
説明50S ribosomal protein L2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60422, Sequence view
ID 5 : 50S ribosomal protein L3
ID5
分子量22277.535 Da
説明50S ribosomal protein L3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60438, Sequence view
ID 6 : 50S ribosomal protein L4
ID6
分子量22121.566 Da
説明50S ribosomal protein L4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60723, Sequence view
ID 7 : 50S ribosomal protein L5
ID7
分子量20202.416 Da
説明50S ribosomal protein L5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P62399, Sequence view
ID 8 : 50S ribosomal protein L6
ID8
分子量18801.598 Da
説明50S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG55, Sequence view
ID 9 : 50S ribosomal protein L9
ID9
分子量15789.020 Da
説明50S ribosomal protein L9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7R1, Sequence view
ID 10 : 50S ribosomal protein L10
ID10
分子量17605.396 Da
説明50S ribosomal protein L10
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:2285
名称: Sulfolobus acidocaldarius
リンクUniProt: P0A7J3, Sequence view
ID 11 : 50S ribosomal protein L11
ID11
分子量14763.165 Da
説明50S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7J7, Sequence view
ID 12 : 50S ribosomal protein L13
ID12
分子量16050.606 Da
説明50S ribosomal protein L13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AA10, Sequence view
ID 13 : 50S ribosomal protein L14
ID13
分子量13565.067 Da
説明50S ribosomal protein L14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADY3, Sequence view
ID 14 : 50S ribosomal protein L15
ID14
分子量15008.471 Da
説明50S ribosomal protein L15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P02413, Sequence view
ID 15 : 50S ribosomal protein L16
ID15
分子量15312.269 Da
説明50S ribosomal protein L16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADY7, Sequence view
ID 16 : 50S ribosomal protein L17
ID16
分子量14393.657 Da
説明50S ribosomal protein L17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG44, Sequence view
ID 17 : 50S ribosomal protein L18
ID17
分子量12794.668 Da
説明50S ribosomal protein L18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0C018, Sequence view
ID 18 : 50S ribosomal protein L19
ID18
分子量13028.082 Da
説明50S ribosomal protein L19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7K6, Sequence view
ID 19 : 50S ribosomal protein L20
ID19
分子量13396.828 Da
説明50S ribosomal protein L20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7L3, Sequence view
ID 20 : 50S ribosomal protein L21
ID20
分子量11586.374 Da
説明50S ribosomal protein L21
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG48, Sequence view
ID 21 : 50S ribosomal protein L22
ID21
分子量12253.359 Da
説明50S ribosomal protein L22
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P61175, Sequence view
ID 22 : 50S ribosomal protein L23
ID22
分子量11222.160 Da
説明50S ribosomal protein L23
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADZ0, Sequence view
ID 23 : 50S ribosomal protein L24
ID23
分子量11208.054 Da
説明50S ribosomal protein L24
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60624, Sequence view
ID 24 : 50S ribosomal protein L25
ID24
分子量10713.465 Da
説明50S ribosomal protein L25
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P68919, Sequence view
ID 25 : 50S ribosomal protein L27
ID25
分子量9015.344 Da
説明50S ribosomal protein L27
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7L8, Sequence view
ID 26 : 50S ribosomal protein L28
ID26
分子量8896.354 Da
説明50S ribosomal protein L28
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M2, Sequence view
ID 27 : 50S ribosomal protein L29
ID27
分子量7286.464 Da
説明50S ribosomal protein L29
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M6, Sequence view
ID 28 : 50S ribosomal protein L30
ID28
分子量6423.625 Da
説明50S ribosomal protein L30
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG51, Sequence view
ID 29 : 50S ribosomal protein L31
ID29
分子量7887.117 Da
説明50S ribosomal protein L31
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M9, Sequence view
ID 30 : 50S ribosomal protein L32
ID30
分子量6332.249 Da
説明50S ribosomal protein L32
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7N4, Sequence view
ID 31 : 50S ribosomal protein L33
ID31
分子量6257.436 Da
説明50S ribosomal protein L33
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7N9, Sequence view
ID 32 : 50S ribosomal protein L34
ID32
分子量5397.463 Da
説明50S ribosomal protein L34
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7P5, Sequence view
ID 33 : 50S ribosomal protein L35
ID33
分子量7181.835 Da
説明50S ribosomal protein L35
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7Q1, Sequence view
ID 34 : 50S ribosomal protein L36
ID34
分子量4377.390 Da
説明50S ribosomal protein L36
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7Q6, Sequence view
ID 35 : 16S ribosomal RNA
ID35
分子量499874.406 Da
説明16S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクGenBank: 83754040, Sequence view
ID 36 : A site tRNA
ID36
分子量24644.932 Da
説明A site tRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクSequence view
ID 37 : mRNA
ID37
分子量15036.825 Da
説明mRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクSequence view
ID 38 : P site tRNA
ID38
分子量24832.918 Da
説明P site tRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクSequence view
ID 39 : 30S ribosomal protein S2
ID39
分子量26650.475 Da
説明30S ribosomal protein S2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7V0, Sequence view
ID 40 : 30S ribosomal protein S3
ID40
分子量25900.117 Da
説明30S ribosomal protein S3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7V3, Sequence view
ID 41 : 30S ribosomal protein S4
ID41
分子量23383.002 Da
説明30S ribosomal protein S4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7V8, Sequence view
ID 42 : 30S ribosomal protein S5
ID42
分子量17498.203 Da
説明30S ribosomal protein S5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7W1, Sequence view
ID 43 : 30S ribosomal protein S6
ID43
分子量15727.512 Da
説明30S ribosomal protein S6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P02358, Sequence view
ID 44 : 30S ribosomal protein S7
ID44
分子量19923.959 Da
説明30S ribosomal protein S7
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P02359, Sequence view
ID 45 : 30S ribosomal protein S8
ID45
分子量14015.361 Da
説明30S ribosomal protein S8
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7W7, Sequence view
ID 46 : 30S ribosomal protein S9
ID46
分子量14755.074 Da
説明30S ribosomal protein S9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7X3, Sequence view
ID 47 : 30S ribosomal protein S10
ID47
分子量11755.597 Da
説明30S ribosomal protein S10
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7R5, Sequence view
ID 48 : 30S ribosomal protein S11
ID48
分子量13739.778 Da
説明30S ribosomal protein S11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7R9, Sequence view
ID 49 : 30S ribosomal protein S12
ID49
分子量13636.961 Da
説明30S ribosomal protein S12
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7S3, Sequence view
ID 50 : 30S ribosomal protein S13
ID50
分子量12997.271 Da
説明30S ribosomal protein S13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7S9, Sequence view
ID 51 : 30S ribosomal protein S14
ID51
分子量11475.364 Da
説明30S ribosomal protein S14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG59, Sequence view
ID 52 : 30S ribosomal protein S15
ID52
分子量10188.687 Da
説明30S ribosomal protein S15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: Q8X9M2, Sequence view
ID 53 : 30S ribosomal protein S16
ID53
分子量9207.572 Da
説明30S ribosomal protein S16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7T3, Sequence view
ID 54 : 30S ribosomal protein S17
ID54
分子量9593.296 Da
説明30S ribosomal protein S17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG63, Sequence view
ID 55 : 30S ribosomal protein S18
ID55
分子量8874.276 Da
説明30S ribosomal protein S18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7T7, Sequence view
ID 56 : 30S ribosomal protein S19
ID56
分子量10324.160 Da
説明30S ribosomal protein S19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7U3, Sequence view
ID 57 : 30S ribosomal protein S20
ID57
分子量9577.268 Da
説明30S ribosomal protein S20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7U7, Sequence view
ID 58 : 30S ribosomal protein S21
ID58
分子量8392.844 Da
説明30S ribosomal protein S21
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P68679, Sequence view
ID 59 : N-FORMYLMETHIONINE
ID59
分子量177.221 Da
説明N-FORMYLMETHIONINE
分子の数1
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 60 : TRYPTOPHAN
ID60
分子量204.225 Da
説明TRYPTOPHAN
分子の数1
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
試料
集合体
試料の集合状態PARTICLE
分子量測定の手法2.8
分子量(理論値)2.8
名称Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome
要素の数3
構成単位・集合体
集合体のID1
詳細with A and P site tRNAs
名称70S ribosome
タイプRIBOSOME
緩衝液
名称HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
実験
3次元再構成法SINGLE PARTICLE
電子顕微鏡試料のタイプVITREOUS ICE (CRYO EM)
試料調製
pH7.5
試料の濃度0.03 mg/ml
試料・支持膜
詳細200 mesh
Grid mesh size200
急速凍結
凍結剤NITROGEN
詳細Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
湿度90
装置Vitrobot
手法blot for 3 seconds
温度80 Kelvin
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
撮影
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
日付2011-05-01
詳細automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x)
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧300 kV
電子線照射量25 e/A**2
照射モードFLOODBEAM
レンズ
モードBRIGHTFIELD
倍率実測値: 58269 X, 公称値: 59000 X
Cs公称値: 2.26 mm
デフォーカス(公称値)最大値: 4000 nm, 最小値: 1200 nm
エネルギーフィルタnone
試料ホルダ
試料ホルダモデル: OTHER, タイプ: cartridge
温度80.7 Kelvin
撮影時の温度最大値: 80.7, 最小値: 80.7
ディテクター
タイプTVIPS TemCam-F415 (CCD)
解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
粒子像の数36000
ソフトウェアMDFF
単粒子
対称性のタイプASYMMETRIC
3次元再構成
ピクセルサイズ(実際の値)1.5 A/pix
CTF補正方法Volumes were CTF-corrected in defocus groups
倍率補正50000
粒子像の数36204
分解能12.1 A
分解能の評価方法FSC at 0.5 cut-off
ソフトウェアSPIDER
3次元あてはめ
精密化のプロトコルMolecular Dynamics based flexible fitting
精密化に使用した空間REAL
ソフトウェアMDFF
当てはまり具合の基準RMSD, cross correlation
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID2I2V
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID1MZP
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID1ZAV
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計94789
核酸原子64917
タンパク質原子29872
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ムービー関連ファイル
ムービー #1
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ムービー #2
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ムービー #3
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