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Real space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome

単粒子再構成法による, 12.3Å分解能

ムービー

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#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 4v47
タイトルReal space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome
記述子Ribosome
キーワードRIBOSOME, EF-G.GTP-bound state, ratchet-like movement, real-space refinement
著者・登録者Gao, H., Sengupta, J., Valle, M., Korostelev, A, Eswar, N., Stagg, S.M., Van Roey, P., Agrawal, R.K., Harvey, S.T., Sali, A., Chapman, M.S., Frank, J.
日付登録: 2003-05-06, 公開: 2014-07-09
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, FSSP, SCOP
構造の表現
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#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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文献
引用 - primary
文献Cell, Vol. 113, Issue 6, Page 789-801, Year 2003
タイトルStudy of the structural dynamics of the E coli 70S ribosome using real-space refinement.
著者Haixiao Gao, Jayati Sengupta, Mikel Valle, Andrei Korostelev, Narayanan Eswar, Scott M Stagg, Patrick Van Roey, Rajendra K Agrawal, Stephen C Harvey, Andrej Sali, Michael S Chapman, Joachim Frank
キーワードBacterial Proteins (chemistry), Escherichia coli (genetics), Macromolecular Substances, Models, Molecular, Molecular Conformation, Molecular Weight, Protein Biosynthesis (physiology), Protein Structure, Quaternary (physiology), Protein Structure, Tertiary (physiology), RNA (chemistry, 63231-63-0), Ribosomal Proteins (chemistry), Ribosomes (chemistry)
リンクPubMed: 12809609, PII: S0092867403004276
引用 - 1
文献Cell(Cambridge,Mass.), Vol. 100, Page: 537 - 549, Year: 2000,
タイトルSolution structure of the E. coli 70S ribosome at 11.5 A resolution
著者・登録者Gabashvili, I.S., Agrawal, R.K., Spahn, C.M.T., Grassucci, R., Svergun, D.I., Frank, J., Penczek, P.
引用 - 2
文献Nature, Vol. 406, Page: 318 - 322, Year: 2000,
タイトルA ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation
著者・登録者Frank, J., Agrawal, R.K.
構成要素
ID 1 : 23S ribosomal RNA
画像
ID1
分子量941612.375 Da
説明23S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli


Src id: 1
: MRE 600
リンクGenBank: 2073407, Sequence view
ID 2 : 5S ribosomal RNA
画像
ID2
分子量38790.090 Da
説明5S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクGenBank: 42753, Sequence view
ID 3 : 50S ribosomal protein L2
画像
ID3
分子量29792.424 Da
説明50S ribosomal protein L2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P60422, Sequence view
ID 4 : 50S ribosomal protein L3
画像
ID4
分子量22277.535 Da
説明50S ribosomal protein L3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P60438, Sequence view
ID 5 : 50S ribosomal protein L4
画像
ID5
分子量22121.566 Da
説明50S ribosomal protein L4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P60723, Sequence view
ID 6 : 50S ribosomal protein L5
画像
ID6
分子量20202.416 Da
説明50S ribosomal protein L5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P62399, Sequence view
ID 7 : 50S ribosomal protein L6
画像
ID7
分子量18801.598 Da
説明50S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02390, Sequence view
ID 8 : 50S ribosomal protein L9
画像
ID8
分子量15789.020 Da
説明50S ribosomal protein L9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7R1, Sequence view
ID 9 : 50S ribosomal protein L11
画像
ID9
分子量14763.165 Da
説明50S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7J7, Sequence view
ID 10 : 50S ribosomal protein L13
画像
ID10
分子量16050.606 Da
説明50S ribosomal protein L13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0AA10, Sequence view
ID 11 : 50S ribosomal protein L14
画像
ID11
分子量13565.067 Da
説明50S ribosomal protein L14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02411, Sequence view
ID 12 : 50S ribosomal protein L15
画像
ID12
分子量15008.471 Da
説明50S ribosomal protein L15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02413, Sequence view
ID 13 : 50S ribosomal protein L16
画像
ID13
分子量15312.269 Da
説明50S ribosomal protein L16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02414, Sequence view
ID 14 : 50S ribosomal protein L17
画像
ID14
分子量14393.657 Da
説明50S ribosomal protein L17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02416, Sequence view
ID 15 : 50S ribosomal protein L18
画像
ID15
分子量12794.668 Da
説明50S ribosomal protein L18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0C018, Sequence view
ID 16 : 50S ribosomal protein L19
画像
ID16
分子量13028.082 Da
説明50S ribosomal protein L19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7K6, Sequence view
ID 17 : 50S ribosomal protein L20
画像
ID17
分子量13396.828 Da
説明50S ribosomal protein L20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7L3, Sequence view
ID 18 : 50S ribosomal protein L22
画像
ID18
分子量12253.359 Da
説明50S ribosomal protein L22
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P61175, Sequence view
ID 19 : 50S ribosomal protein L23
画像
ID19
分子量11222.160 Da
説明50S ribosomal protein L23
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02424, Sequence view
ID 20 : 50S ribosomal protein L24
画像
ID20
分子量11208.054 Da
説明50S ribosomal protein L24
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P60624, Sequence view
ID 21 : 50S ribosomal protein L25
画像
ID21
分子量10713.465 Da
説明50S ribosomal protein L25
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P68919, Sequence view
ID 22 : 50S ribosomal protein L27
画像
ID22
分子量9015.344 Da
説明50S ribosomal protein L27
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7L8, Sequence view
ID 23 : 50S ribosomal protein L29
画像
ID23
分子量7286.464 Da
説明50S ribosomal protein L29
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7M6, Sequence view
ID 24 : 50S ribosomal protein L30
画像
ID24
分子量6423.625 Da
説明50S ribosomal protein L30
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02430, Sequence view
ID 25 : 50S ribosomal protein L32
画像
ID25
分子量6332.249 Da
説明50S ribosomal protein L32
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7N4, Sequence view
ID 26 : 50S ribosomal protein L33
画像
ID26
分子量6257.436 Da
説明50S ribosomal protein L33
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7N9, Sequence view
ID 27 : 50S ribosomal protein L36
画像
ID27
分子量4377.390 Da
説明50S ribosomal protein L36
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7Q6, Sequence view
ID 28 : 16S RIBOSOMAL RNA
画像
ID28
分子量499690.031 Da
説明16S RIBOSOMAL RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクGenBank: V00348, Sequence view
ID 29 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
画像
ID29
分子量25900.117 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7V3, Sequence view
ID 30 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
画像
ID30
分子量23383.002 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7V8, Sequence view
ID 31 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
画像
ID31
分子量17498.203 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7W1, Sequence view
ID 32 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
画像
ID32
分子量15727.512 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02358, Sequence view
ID 33 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
画像
ID33
分子量19923.959 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02359, Sequence view
ID 34 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
画像
ID34
分子量14015.361 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7W7, Sequence view
ID 35 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
画像
ID35
分子量14755.074 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7X3, Sequence view
ID 36 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
画像
ID36
分子量11755.597 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7R5, Sequence view
ID 37 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
画像
ID37
分子量13739.778 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7R9, Sequence view
ID 38 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
画像
ID38
分子量13636.961 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7S3, Sequence view
ID 39 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
画像
ID39
分子量12997.271 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7S9, Sequence view
ID 40 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
画像
ID40
分子量11475.364 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02370, Sequence view
ID 41 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
画像
ID41
分子量10159.621 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02371, Sequence view
ID 42 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
画像
ID42
分子量9207.572 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7T3, Sequence view
ID 43 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
画像
ID43
分子量9593.296 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P02373, Sequence view
ID 44 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
画像
ID44
分子量8874.276 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7T7, Sequence view
ID 45 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
画像
ID45
分子量10324.160 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7U3, Sequence view
ID 46 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
画像
ID46
分子量9577.268 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
Src id: 1
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7U7, Sequence view
試料
集合体
試料の集合状態PARTICLE
名称E. coli 70S ribosome -EF-G.GTP complex
緩衝液
名称Tris
実験
3次元再構成法SINGLE PARTICLE
電子顕微鏡試料のタイプVITREOUS ICE (CRYO EM)
試料調製
pH7.5
試料の濃度32 mg/ml
急速凍結
詳細Rapid-freezing in liquid ethane
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
撮影
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
日付2001-01-15
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧200 kV
電子線照射量2000 e/A**2
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
モードBRIGHT FIELD
倍率実測値: 49696 X, 公称値: 50000 X
Cs公称値: 2.0 mm
デフォーカス(公称値)最大値: 4000 nm, 最小値: 2000 nm
試料ホルダ
傾斜角最小値: 0 degrees, 最大値: 0 degrees
温度93 Kelvin
ディテクター
タイプKODAK SO163 FILM
解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
ソフトウェアRSRef, TNT
単粒子
対称性のタイプASYMMETRIC
3次元再構成
ピクセルサイズ(実際の値)2.82 A/pix
CTF補正方法CTF correction of 3D-maps
詳細SPIDER package
倍率補正TMV
手法Reference based alignment
ピクセルサイズ(公称値)2.80 A/pix
分解能12.3 A
3次元あてはめ
手法auto
精密化のプロトコルMulti-rigid body, real-space refinement
精密化に使用した空間REAL
ソフトウェアRSRef, TNT
当てはまり具合の基準cross-correlation coefficient, real space R factor
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID1IBL, 1FJG, 1FFK, 1JJ2, 1LNR, 1GIY
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計5261
核酸原子2644
タンパク質原子2617
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb4v47.ent.gz
pdb4v47.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb4v47.ent.gz
mmcif形式
mmCIF4v47.cif.gz
XML形式
すべて4v47.xml.gz
No-atom4v47-noatom.xml.gz
Ext-atom4v47-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 3.8 MB