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PDBj>EM Navigator>詳細ページ - PDB-4v47

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Real space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome

単粒子再構成法による, 12.3Å分解能

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#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 4v47
タイトルReal space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome
記述子Ribosome
キーワードRIBOSOME, EF-G.GTP-bound state, ratchet-like movement, real-space refinement
著者・登録者Gao, H., Sengupta, J., Valle, M., Korostelev, A, Eswar, N., Stagg, S.M., Van Roey, P., Agrawal, R.K., Harvey, S.T., Sali, A., Chapman, M.S., Frank, J.
日付登録: 2003-05-06, 公開: 2014-07-09
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, FSSP, SCOP
構造の表現
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#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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文献
引用 - primary
文献Cell, Vol. 113, Issue 6, Page 789-801, Year 2003
タイトルStudy of the structural dynamics of the E coli 70S ribosome using real-space refinement.
著者Haixiao Gao, Jayati Sengupta, Mikel Valle, Andrei Korostelev, Narayanan Eswar, Scott M Stagg, Patrick Van Roey, Rajendra K Agrawal, Stephen C Harvey, Andrej Sali, Michael S Chapman, Joachim Frank
Howard Hughes Medical Institute, Health Research, Inc, Empire State Plaza, Albany, NY 12201, USA.
キーワードBacterial Proteins (chemistry), Escherichia coli (genetics), Macromolecular Substances, Models, Molecular, Molecular Conformation, Molecular Weight, Protein Biosynthesis (physiology), Protein Structure, Quaternary (physiology), Protein Structure, Tertiary (physiology), RNA (chemistry, 63231-63-0), Ribosomal Proteins (chemistry), Ribosomes (chemistry)
リンクPubMed: 12809609, PII: S0092867403004276
引用 - 1
文献Cell(Cambridge,Mass.), Vol. 100, Page: 537 - 549, Year: 2000,
タイトルSolution structure of the E. coli 70S ribosome at 11.5 A resolution
著者・登録者Gabashvili, I.S., Agrawal, R.K., Spahn, C.M.T., Grassucci, R., Svergun, D.I., Frank, J., Penczek, P.
引用 - 2
文献Nature, Vol. 406, Page: 318 - 322, Year: 2000,
タイトルA ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation
著者・登録者Frank, J., Agrawal, R.K.
構成要素
ID 1 : 23S ribosomal RNA
画像
ID1
分子量941612.375 Da
説明23S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli


: MRE 600
リンクGenBank: 2073407, Sequence view
ID 2 : 5S ribosomal RNA
画像
ID2
分子量38790.090 Da
説明5S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクGenBank: 42753, Sequence view
ID 3 : 50S ribosomal protein L2
画像
ID3
分子量29792.424 Da
説明50S ribosomal protein L2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P60422, Sequence view
ID 4 : 50S ribosomal protein L3
画像
ID4
分子量22277.535 Da
説明50S ribosomal protein L3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P60438, Sequence view
ID 5 : 50S ribosomal protein L4
画像
ID5
分子量22121.566 Da
説明50S ribosomal protein L4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P60723, Sequence view
ID 6 : 50S ribosomal protein L5
画像
ID6
分子量20202.416 Da
説明50S ribosomal protein L5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P62399, Sequence view
ID 7 : 50S ribosomal protein L6
画像
ID7
分子量18801.598 Da
説明50S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02390, Sequence view
ID 8 : 50S ribosomal protein L9
画像
ID8
分子量15789.020 Da
説明50S ribosomal protein L9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7R1, Sequence view
ID 9 : 50S ribosomal protein L11
画像
ID9
分子量14763.165 Da
説明50S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7J7, Sequence view
ID 10 : 50S ribosomal protein L13
画像
ID10
分子量16050.606 Da
説明50S ribosomal protein L13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0AA10, Sequence view
ID 11 : 50S ribosomal protein L14
画像
ID11
分子量13565.067 Da
説明50S ribosomal protein L14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02411, Sequence view
ID 12 : 50S ribosomal protein L15
画像
ID12
分子量15008.471 Da
説明50S ribosomal protein L15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02413, Sequence view
ID 13 : 50S ribosomal protein L16
画像
ID13
分子量15312.269 Da
説明50S ribosomal protein L16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02414, Sequence view
ID 14 : 50S ribosomal protein L17
画像
ID14
分子量14393.657 Da
説明50S ribosomal protein L17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02416, Sequence view
ID 15 : 50S ribosomal protein L18
画像
ID15
分子量12794.668 Da
説明50S ribosomal protein L18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0C018, Sequence view
ID 16 : 50S ribosomal protein L19
画像
ID16
分子量13028.082 Da
説明50S ribosomal protein L19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7K6, Sequence view
ID 17 : 50S ribosomal protein L20
画像
ID17
分子量13396.828 Da
説明50S ribosomal protein L20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7L3, Sequence view
ID 18 : 50S ribosomal protein L22
画像
ID18
分子量12253.359 Da
説明50S ribosomal protein L22
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P61175, Sequence view
ID 19 : 50S ribosomal protein L23
画像
ID19
分子量11222.160 Da
説明50S ribosomal protein L23
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02424, Sequence view
ID 20 : 50S ribosomal protein L24
画像
ID20
分子量11208.054 Da
説明50S ribosomal protein L24
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P60624, Sequence view
ID 21 : 50S ribosomal protein L25
画像
ID21
分子量10713.465 Da
説明50S ribosomal protein L25
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P68919, Sequence view
ID 22 : 50S ribosomal protein L27
画像
ID22
分子量9015.344 Da
説明50S ribosomal protein L27
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7L8, Sequence view
ID 23 : 50S ribosomal protein L29
画像
ID23
分子量7286.464 Da
説明50S ribosomal protein L29
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7M6, Sequence view
ID 24 : 50S ribosomal protein L30
画像
ID24
分子量6423.625 Da
説明50S ribosomal protein L30
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02430, Sequence view
ID 25 : 50S ribosomal protein L32
画像
ID25
分子量6332.249 Da
説明50S ribosomal protein L32
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7N4, Sequence view
ID 26 : 50S ribosomal protein L33
画像
ID26
分子量6257.436 Da
説明50S ribosomal protein L33
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7N9, Sequence view
ID 27 : 50S ribosomal protein L36
画像
ID27
分子量4377.390 Da
説明50S ribosomal protein L36
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7Q6, Sequence view
ID 28 : 16S RIBOSOMAL RNA
画像
ID28
分子量499690.031 Da
説明16S RIBOSOMAL RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクGenBank: V00348, Sequence view
ID 29 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
画像
ID29
分子量25900.117 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7V3, Sequence view
ID 30 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
画像
ID30
分子量23383.002 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7V8, Sequence view
ID 31 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
画像
ID31
分子量17498.203 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7W1, Sequence view
ID 32 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
画像
ID32
分子量15727.512 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02358, Sequence view
ID 33 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
画像
ID33
分子量19923.959 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02359, Sequence view
ID 34 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
画像
ID34
分子量14015.361 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7W7, Sequence view
ID 35 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
画像
ID35
分子量14755.074 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7X3, Sequence view
ID 36 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
画像
ID36
分子量11755.597 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7R5, Sequence view
ID 37 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
画像
ID37
分子量13739.778 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7R9, Sequence view
ID 38 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
画像
ID38
分子量13636.961 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7S3, Sequence view
ID 39 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
画像
ID39
分子量12997.271 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7S9, Sequence view
ID 40 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
画像
ID40
分子量11475.364 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02370, Sequence view
ID 41 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
画像
ID41
分子量10159.621 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02371, Sequence view
ID 42 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
画像
ID42
分子量9207.572 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7T3, Sequence view
ID 43 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
画像
ID43
分子量9593.296 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02373, Sequence view
ID 44 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
画像
ID44
分子量8874.276 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7T7, Sequence view
ID 45 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
画像
ID45
分子量10324.160 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7U3, Sequence view
ID 46 : 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
画像
ID46
分子量9577.268 Da
説明30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7U7, Sequence view
試料
集合体
試料の集合状態PARTICLE
名称E. coli 70S ribosome -EF-G.GTP complex
緩衝液
名称Tris
実験
3次元再構成法SINGLE PARTICLE
電子顕微鏡試料のタイプVITREOUS ICE (CRYO EM)
試料調製
pH7.5
試料の濃度32 mg/ml
急速凍結
詳細Rapid-freezing in liquid ethane
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
撮影
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
日付2001-01-15
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧200 kV
電子線照射量2000 e/A**2
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
モードBRIGHT FIELD
倍率実測値: 49696 X, 公称値: 50000 X
Cs公称値: 2.0 mm
デフォーカス(公称値)最大値: 4000 nm, 最小値: 2000 nm
試料ホルダ
傾斜角最小値: 0 degrees, 最大値: 0 degrees
温度93 Kelvin
ディテクター
タイプKODAK SO163 FILM
解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
ソフトウェアRSRef, TNT
単粒子
対称性のタイプASYMMETRIC
3次元再構成
ピクセルサイズ(実際の値)2.82 A/pix
CTF補正方法CTF correction of 3D-maps
詳細SPIDER package
倍率補正TMV
手法Reference based alignment
ピクセルサイズ(公称値)2.80 A/pix
分解能12.3 A
3次元あてはめ
手法auto
精密化のプロトコルMulti-rigid body, real-space refinement
精密化に使用した空間REAL
ソフトウェアRSRef, TNT
当てはまり具合の基準cross-correlation coefficient, real space R factor
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID1IBL, 1FJG, 1FFK, 1JJ2, 1LNR, 1GIY
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計5261
核酸原子2644
タンパク質原子2617
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb4v47.ent.gz
pdb4v47.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb4v47.ent.gz
mmcif形式
mmCIF4v47.cif.gz
XML形式
すべて4v47.xml.gz
No-atom4v47-noatom.xml.gz
Ext-atom4v47-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 3.8 MB