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PDBj>EM Navigator>詳細ページ - PDB-1p85

Real space refined coordinates of the 50S subunit fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome

単粒子再構成法による, 12.3Å分解能

ムービー

方向:

#1: 登録構造単位, Jmolにより作成

#2: PDB-1p6g との合成表示, Jmolにより作成

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 1p85
タイトルReal space refined coordinates of the 50S subunit fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome
リボソーム50Sサブユニット - E. coli(大腸菌)由来 70SリボソームのEF-G(伸長因子G)(伸長因子G)・GTP状態の低分解能の低温電子顕微鏡マップへ当てはめ、実空間精密化処理したもの
記述子50S Ribosomal Subunit
キーワードRIBOSOME, EF-G.GTP-bound state, ratchet-like movement, real-space refinement
著者・データ登録者Gao, H., Sengupta, J., Valle, M., Korostelev, A, Eswar, N., Stagg, S.M., Van Roey, P., Agrawal, R.K., Harvey, S.T., Sali, A., Chapman, M.S., Frank, J.
日付登録: 2003-05-06, 公開: 2003-06-17
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolにより作成

#2: PDB-1p6g との合成表示, Jmolにより作成

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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PDB-1p6g

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文献
引用 - primary
文献Cell, Vol. 113, Issue 6, Page 789-801, Year 2003
タイトルStudy of the structural dynamics of the E coli 70S ribosome using real-space refinement.
著者Haixiao Gao, Jayati Sengupta, Mikel Valle, Andrei Korostelev, Narayanan Eswar, Scott M Stagg, Patrick Van Roey, Rajendra K Agrawal, Stephen C Harvey, Andrej Sali, Michael S Chapman, Joachim Frank
Howard Hughes Medical Institute, Health Research, Inc, Empire State Plaza, Albany, NY 12201, USA.
キーワードBacterial Proteins (chemistry), Escherichia coli (genetics), Macromolecular Substances, Models, Molecular, Molecular Conformation, Molecular Weight, Protein Biosynthesis (physiology), Protein Structure, Quaternary (physiology), Protein Structure, Tertiary (physiology), RNA (chemistry, 63231-63-0), Ribosomal Proteins (chemistry), Ribosomes (chemistry)
リンクPubMed: 12809609, PII: S0092867403004276
引用 - 1
文献Cell(Cambridge,Mass.), Vol. 100, Page: 537 - 549, Year: 2000,
タイトルSolution structure of the E. coli 70S ribosome at 11.5 A resolution
著者・データ登録者Gabashvili, I.S., Agrawal, R.K., Spahn, C.M.T., Grassucci, R., Svergun, D.I., Frank, J., Penczek, P.
引用 - 2
文献Nature, Vol. 406, Page: 318 - 322, Year: 2000,
タイトルA ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation
著者・データ登録者Frank, J., Agrawal, R.K.
構成要素
ID 1 : 23S ribosomal RNA
画像
ID1
分子量941613.688 Da
説明23S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli


: MRE 600
リンクGenBank: 2073407, Sequence view
ID 2 : 5S ribosomal RNA
画像
ID2
分子量38790.309 Da
説明5S ribosomal RNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクGenBank: 42753, Sequence view
ID 3 : 50S ribosomal protein L2
画像
ID3
分子量29792.650 Da
説明50S ribosomal protein L2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P60422, Sequence view
ID 4 : 50S ribosomal protein L3
画像
ID4
分子量22277.709 Da
説明50S ribosomal protein L3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P60438, Sequence view
ID 5 : 50S ribosomal protein L4
画像
ID5
分子量22121.723 Da
説明50S ribosomal protein L4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P60723, Sequence view
ID 6 : 50S ribosomal protein L5
画像
ID6
分子量20202.566 Da
説明50S ribosomal protein L5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P62399, Sequence view
ID 7 : 50S ribosomal protein L6
画像
ID7
分子量18801.766 Da
説明50S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02390, Sequence view
ID 8 : 50S ribosomal protein L9
画像
ID8
分子量15789.174 Da
説明50S ribosomal protein L9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7R1, Sequence view
ID 9 : 50S ribosomal protein L11
画像
ID9
分子量14763.286 Da
説明50S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7J7, Sequence view
ID 10 : 50S ribosomal protein L13
画像
ID10
分子量16050.749 Da
説明50S ribosomal protein L13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0AA10, Sequence view
ID 11 : 50S ribosomal protein L14
画像
ID11
分子量13565.172 Da
説明50S ribosomal protein L14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02411, Sequence view
ID 12 : 50S ribosomal protein L15
画像
ID12
分子量15008.598 Da
説明50S ribosomal protein L15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02413, Sequence view
ID 13 : 50S ribosomal protein L16
画像
ID13
分子量15312.394 Da
説明50S ribosomal protein L16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02414, Sequence view
ID 14 : 50S ribosomal protein L17
画像
ID14
分子量14393.774 Da
説明50S ribosomal protein L17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02416, Sequence view
ID 15 : 50S ribosomal protein L18
画像
ID15
分子量12794.793 Da
説明50S ribosomal protein L18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0C018, Sequence view
ID 16 : 50S ribosomal protein L19
画像
ID16
分子量13028.207 Da
説明50S ribosomal protein L19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7K6, Sequence view
ID 17 : 50S ribosomal protein L20
画像
ID17
分子量13396.962 Da
説明50S ribosomal protein L20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7L3, Sequence view
ID 18 : 50S ribosomal protein L22
画像
ID18
分子量12253.464 Da
説明50S ribosomal protein L22
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P61175, Sequence view
ID 19 : 50S ribosomal protein L23
画像
ID19
分子量11222.270 Da
説明50S ribosomal protein L23
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02424, Sequence view
ID 20 : 50S ribosomal protein L24
画像
ID20
分子量11208.169 Da
説明50S ribosomal protein L24
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P60624, Sequence view
ID 21 : 50S ribosomal protein L25
画像
ID21
分子量10713.566 Da
説明50S ribosomal protein L25
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P68919, Sequence view
ID 22 : 50S ribosomal protein L27
画像
ID22
分子量9015.426 Da
説明50S ribosomal protein L27
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7L8, Sequence view
ID 23 : 50S ribosomal protein L29
画像
ID23
分子量7286.531 Da
説明50S ribosomal protein L29
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7M6, Sequence view
ID 24 : 50S ribosomal protein L30
画像
ID24
分子量6423.682 Da
説明50S ribosomal protein L30
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P02430, Sequence view
ID 25 : 50S ribosomal protein L32
画像
ID25
分子量6332.307 Da
説明50S ribosomal protein L32
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7N4, Sequence view
ID 26 : 50S ribosomal protein L33
画像
ID26
分子量6257.510 Da
説明50S ribosomal protein L33
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7N9, Sequence view
ID 27 : 50S ribosomal protein L36
画像
ID27
分子量4377.415 Da
説明50S ribosomal protein L36
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
: Escherichia
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
: MRE 600
リンクUniProt: P0A7Q6, Sequence view
試料
集合体
試料の集合状態PARTICLE
名称E. coli 70S ribosome -EF-G.GTP complex
緩衝液
名称Tris
実験
3次元再構成法SINGLE PARTICLE
電子顕微鏡試料のタイプVITREOUS ICE (CRYO EM)
試料調製
pH7.5
試料の濃度32 mg/ml
急速凍結
詳細Rapid-freezing in liquid ethane
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
撮影
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
日付2001-01-15
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧200 kV
電子線照射量2000 e/A**2
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
モードBRIGHT FIELD
倍率実測値: 49696 X, 公称値: 50000 X
Cs公称値: 2.0 mm
デフォーカス(公称値)最大値: 4000 nm, 最小値: 2000 nm
試料ホルダ
傾斜角最小値: 0 degrees, 最大値: 0 degrees
温度93 Kelvin
ディテクター
タイプKODAK SO163 FILM
解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
ソフトウェアRSRef, TNT
単粒子
対称性のタイプASYMMETRIC
3次元再構成
ピクセルサイズ(実際の値)2.82 A/pix
CTF補正方法CTF correction of 3D-maps
詳細SPIDER package
倍率補正TMV
手法Reference based alignment
ピクセルサイズ(公称値)2.80 A/pix
分解能12.3 A
3次元あてはめ
手法auto
精密化のプロトコルMulti-rigid body, real-space refinement
精密化に使用した空間REAL
ソフトウェアRSRef, TNT
当てはまり具合の基準cross-correlation coefficient, real space R factor
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID1IBL, 1FJG, 1FFK, 1JJ2, 1LNR, 1GIY
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計5261
核酸原子2644
タンパク質原子2617
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb1p85.ent.gz
pdb1p85.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb1p85.ent.gz
mmcif形式
mmCIF1p85.cif.gz
XML形式
すべて1p85.xml.gz
No-atom1p85-noatom.xml.gz
Ext-atom1p85-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.2 MB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.1 MB