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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5562 | |||||||||
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タイトル | tetracycline resistance protein Tet(O) bound to the ribosome | |||||||||
マップデータ | 70S ribosome from E. coli | |||||||||
試料 |
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キーワード | 70S ribosome / antibiotic resistance / cryo-electron microscopy | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Li W / Atkinson GC / Thakor NS / Allas U / Lu C / Chan KY / Tenson T / Schulten K / Wilson KS / Hauryliuk V / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013 タイトル: Mechanism of tetracycline resistance by ribosomal protection protein Tet(O). 著者: Wen Li / Gemma C Atkinson / Nehal S Thakor / Ular Allas / Chuao-chao Lu / Kwok-Yan Chan / Tanel Tenson / Klaus Schulten / Kevin S Wilson / Vasili Hauryliuk / Joachim Frank / 要旨: Tetracycline resistance protein Tet(O), which protects the bacterial ribosome from binding the antibiotic tetracycline, is a translational GTPase with significant similarity in both sequence and ...Tetracycline resistance protein Tet(O), which protects the bacterial ribosome from binding the antibiotic tetracycline, is a translational GTPase with significant similarity in both sequence and structure to the elongation factor EF-G. Here, we present an atomic model of the Tet(O)-bound 70S ribosome based on our cryo-electron microscopic reconstruction at 9.6-Å resolution. This atomic model allowed us to identify the Tet(O)-ribosome binding sites, which involve three characteristic loops in domain 4 of Tet(O). Replacements of the three amino-acid tips of these loops by a single glycine residue result in loss of Tet(O)-mediated tetracycline resistance. On the basis of these findings, the mechanism of Tet(O)-mediated tetracycline resistance can be explained in molecular detail. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5562.map.gz | 8.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5562-v30.xml emd-5562.xml | 7.7 KB 7.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5562_1.jpg | 94.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5562 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5562_validation.pdf.gz | 343.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5562_full_validation.pdf.gz | 343.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5562_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5562 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 70S ribosome from E. coli | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.71 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 70S-Tet(O)
全体 | 名称: 70S-Tet(O) |
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要素 |
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-超分子 #1000: 70S-Tet(O)
超分子 | 名称: 70S-Tet(O) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2010年10月18日 |
撮影 | 実像数: 98000 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: group defocus |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 98000 |