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万見
- EMDB-5413: CryoEM map of the mature astrovirus (HAstV-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5413
タイトルCryoEM map of the mature astrovirus (HAstV-1)
マップデータReconstruction of mature human astrovirus HAstV-1
試料
  • 試料: mature human astrovirus HAstV-1
  • ウイルス: Human astrovirus (ウイルス)
キーワードT=3 virus
生物種Human astrovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Dryden KA / Tihova M / Nowotny N / Matsui SM / Mendez E / Yeager M
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Immature and mature human astrovirus: structure, conformational changes, and similarities to hepatitis E virus.
著者: Kelly A Dryden / Mariana Tihova / Norbert Nowotny / Suzanne M Matsui / Ernesto Mendez / Mark Yeager /
要旨: Human astroviruses (HAstVs) are a major cause of gastroenteritis. HAstV assembles from the structural protein VP90 and undergoes a cascade of proteolytic cleavages. Cleavage to VP70 is required for ...Human astroviruses (HAstVs) are a major cause of gastroenteritis. HAstV assembles from the structural protein VP90 and undergoes a cascade of proteolytic cleavages. Cleavage to VP70 is required for release of immature particles from cells, and subsequent cleavage by trypsin confers infectivity. We used electron cryomicroscopy and icosahedral image analysis to determine the first experimentally derived, three-dimensional structures of an immature VP70 virion and a fully proteolyzed, infectious virion. Both particles display T=3 icosahedral symmetry and nearly identical solid capsid shells with diameters of ~350Å. Globular spikes emanate from the capsid surface, yielding an overall diameter of ~440Å. While the immature particles display 90 dimeric spikes, the mature capsid only displays 30 spikes, located on the icosahedral 2-fold axes. Loss of the 60 peripentonal spikes likely plays an important role in viral infectivity. In addition, immature HAstV bears a striking resemblance to the structure of hepatitis E virus (HEV)-like particles, as previously predicted from structural similarity of the crystal structure of the astrovirus spike domain with the HEV P-domain [Dong, J., Dong, L., Méndez, E. & Tao, Y. (2011). Crystal structure of the human astrovirus capsid spike. Proc. Natl. Acad. Sci. USA108, 12681-12686]. Similarities between their capsid shells and dimeric spikes and between the sequences of their capsid proteins suggest that these viral families are phylogenetically related and may share common assembly and activation mechanisms.
履歴
登録2012年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年6月28日-
マップ公開2012年6月28日-
更新2012年11月7日-
現状2012年11月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5413_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mature human astrovirus HAstV-1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度
表面レベル登録者による: 55.0 / ムービー #1: 55
最小 - 最大-189.825149540000012 - 244.882186890000014
平均 (標準偏差)6.81235361 (±36.431785580000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-125-125-125
サイズ251251251
Spacing251251251
セルA=B=C: 502.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z251251251
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z502.000502.000502.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-125-125-125
NC/NR/NS251251251
D min/max/mean-189.825244.8826.812

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mature human astrovirus HAstV-1

全体名称: mature human astrovirus HAstV-1
要素
  • 試料: mature human astrovirus HAstV-1
  • ウイルス: Human astrovirus (ウイルス)

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超分子 #1000: mature human astrovirus HAstV-1

超分子名称: mature human astrovirus HAstV-1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human astrovirus

超分子名称: Human astrovirus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 12702 / 生物種: Human astrovirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 440 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 50mM Tris-HCl, pH 8, 100mM NaCl, 10mM MgCl2, 10mM CaCl2
グリッド詳細: holey carbon, glow discharged with amylamine
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: watch drop spread on filter paper before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.85 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.45 µm / 倍率（公称値）: 35000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付1997年9月22日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 6

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3dem / 使用した粒子像数: 397
詳細Particles were selected with X3D, and processed with Auto3dem.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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