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万見
- EMDB-5295: 3D reconstruction of negatively stained PCSK9 in complex with a Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5295
タイトル3D reconstruction of negatively stained PCSK9 in complex with a Fab
マップデータ3D reconstruction of negatively stained PCSK9-Fab complex
試料
  • 試料: human PCSK9 in complex with a Fab
  • タンパク質・ペプチド: PCSK9
キーワードPCSK9-Fab complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Wu S / Avila-Sakar A / Kim J / Booth DS / Greenberg CH / Rossi A / Liao M / Alian A / Griner SL / Juge N ...Wu S / Avila-Sakar A / Kim J / Booth DS / Greenberg CH / Rossi A / Liao M / Alian A / Griner SL / Juge N / Mergel CM / Chaparro-Riggers J / Strop P / Tampe R / Edwards RH / Stroud RM / Craik CS / Cheng Y
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Fabs enable single particle cryoEM studies of small proteins.
著者: Shenping Wu / Agustin Avila-Sakar / JungMin Kim / David S Booth / Charles H Greenberg / Andrea Rossi / Maofu Liao / Xueming Li / Akram Alian / Sarah L Griner / Narinobu Juge / Yadong Yu / ...著者: Shenping Wu / Agustin Avila-Sakar / JungMin Kim / David S Booth / Charles H Greenberg / Andrea Rossi / Maofu Liao / Xueming Li / Akram Alian / Sarah L Griner / Narinobu Juge / Yadong Yu / Claudia M Mergel / Javier Chaparro-Riggers / Pavel Strop / Robert Tampé / Robert H Edwards / Robert M Stroud / Charles S Craik / Yifan Cheng /
要旨: In spite of its recent achievements, the technique of single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) has not been widely used to study proteins smaller than 100 kDa, although it is a highly ...In spite of its recent achievements, the technique of single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) has not been widely used to study proteins smaller than 100 kDa, although it is a highly desirable application of this technique. One fundamental limitation is that images of small proteins embedded in vitreous ice do not contain adequate features for accurate image alignment. We describe a general strategy to overcome this limitation by selecting a fragment antigen binding (Fab) to form a stable and rigid complex with a target protein, thus providing a defined feature for accurate image alignment. Using this approach, we determined a three-dimensional structure of an ∼65 kDa protein by single particle cryoEM. Because Fabs can be readily generated against a wide range of proteins by phage display, this approach is generally applicable to study many small proteins by single particle cryoEM.
履歴
登録2011年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年10月26日-
マップ公開2012年5月29日-
更新2012年5月29日-
現状2012年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5295_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of negatively stained PCSK9-Fab complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.26 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.82391357 - 3.13429093
平均 (標準偏差)0.00072357 (±0.1562008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 255.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.264.264.26
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z255.600255.600255.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-0.8243.1340.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human PCSK9 in complex with a Fab

全体名称: human PCSK9 in complex with a Fab
要素
  • 試料: human PCSK9 in complex with a Fab
  • タンパク質・ペプチド: PCSK9

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超分子 #1000: human PCSK9 in complex with a Fab

超分子名称: human PCSK9 in complex with a Fab / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 2
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa

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分子 #1: PCSK9

分子名称: PCSK9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: uranyl formate
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: single tilt / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 60
アライメント法Legacy - 非点収差: each particle
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 30 e/Å2
Tilt angle min0

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 3876

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2pmw

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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