+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2099 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of ER membrane associated ribosomes in situ | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of ER membrane associated ribosome from canine pancreatic microsomes | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | 80S ribosome / translocon / mammalian / ER membrane | |||||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Pfeffer S / Brandt F / Hrabe T / Lang S / Eibauer M / Zimmermann R / Foerster F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Structure and 3D arrangement of endoplasmic reticulum membrane-associated ribosomes. 著者: Stefan Pfeffer / Florian Brandt / Thomas Hrabe / Sven Lang / Matthias Eibauer / Richard Zimmermann / Friedrich Förster / 要旨: In eukaryotic cells, cotranslational protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane requires an elaborate macromolecular machinery. While structural details of ribosomes bound ...In eukaryotic cells, cotranslational protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane requires an elaborate macromolecular machinery. While structural details of ribosomes bound to purified and solubilized constituents of the translocon have been elucidated in recent years, little structural knowledge of ribosomes bound to the complete ER protein translocation machinery in a native membrane environment exists. Here, we used cryoelectron tomography to provide a three-dimensional reconstruction of 80S ribosomes attached to functional canine pancreatic ER microsomes in situ. In the resulting subtomogram average at 31 Å resolution, we observe direct contact of ribosomal expansion segment ES27L and the membrane and distinguish several membrane-embedded and lumenal complexes, including Sec61, the TRAP complex and another large complex protruding 90 Å into the lumen. Membrane-associated ribosomes adopt a preferred three-dimensional arrangement that is likely specific for ER-associated polyribosomes and may explain the high translation efficiency of ER-associated ribosomes compared to their cytosolic counterparts. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2099.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2099-v30.xml emd-2099.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2099-pic.tif | 145.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2099 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2099_validation.pdf.gz | 229.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_2099_full_validation.pdf.gz | 228.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2099_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2099 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of ER membrane associated ribosome from canine pancreatic microsomes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ER membrane associated ribosome
全体 | 名称: ER membrane associated ribosome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: ER membrane associated ribosome
超分子 | 名称: ER membrane associated ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample is embedded into its native membrane / 集合状態: ER membrane associated ribosome / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 4.5 MDa |
-超分子 #1: Membrane-bound 80S ribosome
超分子 | 名称: Membrane-bound 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog / 組織: Pancreas / Organelle: Endoplasmic reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum |
分子量 | 理論値: 4.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 5 mM MgCl2, 140 mM KCl, 10 mM Hepes pH 7.4, 1 mM DTT, protease inhibitor |
グリッド | 詳細: lacy carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
温度 | 最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan GIF 2002 エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV |
日付 | 2011年1月1日 |
撮影 | 実像数: 328 / 平均電子線量: 50 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using PyTom and classified by constrained principal component analysis. Average number of projections used in the 3D reconstructions: 1000. Average number of class averages: 1. |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PyTom |
CTF補正 | 詳細: each particle |