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PDBj>EM Navigator>詳細ページ - EMDB-1998

ATP-triggered molecular mechanics of the chaperonin GroEL

単粒子再構成法による, 8Å分解能

ムービー

方向:

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(円筒半径に従い着色), 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

#3: あてはめたモデルとの重ね合わせ, 原子モデル: PDB-4aaq, 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDEM DATA BANK (EMDB) / 1998
タイトルATP-triggered molecular mechanics of the chaperonin GroEL
マップデータThe GroEL-ATP7 Rs1 map is one of seven maps calculated from a heterogenous sample
試料GroEL-ATP7 Rs1
キーワードTetradecamer of GroEL with ATP bound in one ring
著者・登録者Clare DK, Vasishtan D, Stagg S, Quispe J, Farr GW, Topf M, Horwich AL, Saibil HR
日付登録: 2011-12-01, 付随情報の公開: 2011-12-16, マップデータの公開日: 2012-04-17, 更新日: 2012-10-24
EMDBのサイトEMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(円筒半径に従い着色), 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

#3: あてはめたモデルとの重ね合わせ, 原子モデル: PDB-4aaq, 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

添付画像
構造ビューア万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
関連するエントリ

PDB-4aaq

CiteFit

Cite: 同じ文献を引用しているデータ

Fit: あてはめた結果として得られたモデル

類似形状データ
類似形状データの検索:
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文献
引用 - Primary
文献Cell, Vol. 149, Issue 1, Page 113-23, Year 2012
タイトルATP-triggered conformational changes delineate substrate-binding and -folding mechanics of the GroEL chaperonin.
著者Daniel K Clare, Daven Vasishtan, Scott Stagg, Joel Quispe, George W Farr, Maya Topf, Arthur L Horwich, Helen R Saibil
キーワードAdenosine Triphosphate (metabolism), Bacteria (chemistry), Chaperonin 10 (metabolism), Chaperonin 60 (chemistry), Cryoelectron Microscopy, Escherichia coli (chemistry), Escherichia coli Proteins (chemistry), GroE protein, E coli, Heat-Shock Proteins (chemistry), Hydrophobic and Hydrophilic Interactions, Protein Conformation, Protein Folding
リンクPII: S0092-8674(12)00287-5, DOI: 10.1016/j.cell.2012.02.047, PubMed: 22445172, PMC: PMC3326522
マップデータ
ファイルemd_1998.map.gz ( map file in CCP4 format, 27649 KB )
投影像・断面図画像のサイズ:
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
192 pix
2.02 A/pix
= 387.84 A
192 pix
2.02 A/pix
= 387.84 A
192 pix
2.02 A/pix
= 387.84 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

密度
表面のレベル:0.2 (by author), 0.2 (ムービー #1)
最小 - 最大: -2.73170733 - 3.48780489
平均 (標準偏差): 0.00911437 (0.13511574)
データのタイプImage stored as Reals
空間群1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions192192192
Origin-96-96-96
Limit959595
Spacing192192192
単位格子A= B= C: 387.84 A
Alpha=beta=gamma: 90 degrees
ピクセルのサイズX= Y= Z: 2.02 A
CCP4マップヘッダ情報
modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z2.022.022.02
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z387.840387.840387.840
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
start NC,NX/NR,NY/NS,NZ
NC,NX/NR,NY/NS,NZ
D min/max/mean-2.7323.4880.009
注釈・詳細The GroEL-ATP7 Rs1 map is one of seven maps calculated from a heterogenous sample
添付情報
画像
画像
試料
構成要素の数2
名称GroEL-ATP7 Rs1
オリゴマーの状態tetradecamer of GroEL with 7 ATP molecules bound
分子量(理論値)0.8MDa
分子量(実験値)0.8MDa
構成要素 #1: タンパク質 - GroEL
科学的な名称hsp60
別名GroEL
分子量(理論値)0.056 MDa
分子量(実験値)0.056 MDa
オリゴマー状態の詳細tetradecamer
コピー数14
生物種の科学的名称Escherichia coli

NCBI taxonomy562
詳細ATPase Mutant, D398A
組み替え発現Yes
由来(天然)Cell Location: cytoplasm
由来(合成)NCBI taxonomy: 562
Expression system: Escherichia coli
リンク遺伝子オントロジー: GO:0042026, Inter Pro: IPR:002423
構成要素 #2: リガンド - ATP
科学的な名称ATP
分子量(理論値)0.00055 MDa
分子量(実験値)0.00055 MDa
生物種の科学的名称synthetic construct
NCBI taxonomy32630
詳細ATP is bound to seven subunits of one ring
組み替え発現No
実験
試料調製
試料濃度4 mg/ml
試料・支持膜の詳細cflat grids r2/2
試料の状態particle
緩衝液詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.4, 50 mM KCl and 10 mM MgCl2, 200uM ATP
pH: 7.4
急速凍結
手法Grids were blotted for 2-3 seconds
凍結剤ETHANE
タイミング・詳細Vitrified within 30 seconds
詳細Vitrification instrument: Vitrobot
湿度100
装置FEI VITROBOT
温度95 Kelvin
撮影
顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細The data were collected with Leginon at SCRIPPS
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧120 kV
電子線照射量15 e/A**2
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
倍率実測値: 148500
球面収差(Cs・公称値)2 mm
撮影モードBRIGHT FIELD
デフォーカス700 nm - 3500 nm
試料ホルダ
ホルダEucentric
モデルGATAN LIQUID NITROGEN
温度95 K ( 95 - 95 K)
カメラ
ディテクターGATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
解析
手法単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズムProjection matching
オイラー方位角・詳細theta 80-100, phi 0-51.42
ソフトウェアSPIDER, IMAGIC
CTF補正Each particle was phase flipped
詳細SIRT was used to reconstruct the final map
分解能8 A
分解能の評価方法FSC 0.5
単粒子
投影像の数5500
詳細The particles were automatically picked using FindEM
仮定した対称性C7 (7回回転対称)
原子モデルのあてはめ
モデル #0
当てはまり具合の基準Cross-correlation coefficient
詳細Protocol: Flexible fitting
ソフトウェアChimera, Flex-EM, NAMD2.6
精密化のプロトコルflexible
精密化に使用した空間REAL
PDB-ID1OEL
あてはめた原子座標
PDB-ID
ダウンロード
EMDBの登録データ
ヘッダ(付随情報, XML型式)emd-1998.xml (9 KB)
マップデータemd_1998.map.gz (481.6 KB)
画像EMD1998.jpeg (27.6 KB)
FTPディレクトリftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1998
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.5 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.4 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 26 KB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.3 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.9 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 26.5 KB
ムービー #3
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.8 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.8 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 5.5 MB