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PDBj>EM Navigator>詳細ページ - EMDB-1998

ATP-triggered molecular mechanics of the chaperonin GroEL

単粒子再構成法による, 8Å分解能

ムービー

方向:

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(円筒半径に従い着色), 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

#3: あてはめたモデルとの重ね合わせ, 原子モデル: PDB-4aaq, 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDEM DATA BANK (EMDB) / 1998
タイトルATP-triggered molecular mechanics of the chaperonin GroEL
マップデータThe GroEL-ATP7 Rs1 map is one of seven maps calculated from a heterogenous sample
試料GroEL-ATP7 Rs1
キーワードTetradecamer of GroEL with ATP bound in one ring
著者・登録者Clare DK, Vasishtan D, Stagg S, Quispe J, Farr GW, Topf M, Horwich AL, Saibil HR
日付登録: 2011-12-01, 付随情報の公開: 2011-12-16, マップデータの公開日: 2012-04-17, 更新日: 2012-10-24
EMDBのサイトEMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(円筒半径に従い着色), 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

#3: あてはめたモデルとの重ね合わせ, 原子モデル: PDB-4aaq, 表面レベル: 0.2, UCSF CHIMERAによる画像

添付画像
構造ビューア万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
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関連するエントリ

PDB-4aaq

CiteFit

Cite: 同じ文献を引用しているデータ

Fit: あてはめた結果として得られたモデル

類似構造
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文献
引用 - Primary
文献Cell, Vol. 149, Issue 1, Page 113-23, Year 2012
タイトルATP-triggered conformational changes delineate substrate-binding and -folding mechanics of the GroEL chaperonin.
著者Daniel K Clare, Daven Vasishtan, Scott Stagg, Joel Quispe, George W Farr, Maya Topf, Arthur L Horwich, Helen R Saibil
Crystallography and Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College, University of London, Malet Street, London WC1E 7HX, UK.
キーワードAdenosine Triphosphate (metabolism), Bacteria (chemistry), Chaperonin 10 (metabolism), Chaperonin 60 (chemistry), Cryoelectron Microscopy, Escherichia coli (chemistry), Escherichia coli Proteins (chemistry), GroE protein, E coli, Heat-Shock Proteins (chemistry), Hydrophobic and Hydrophilic Interactions, Protein Conformation, Protein Folding
リンクPII: S0092-8674(12)00287-5, DOI: 10.1016/j.cell.2012.02.047, PubMed: 22445172, PMC: PMC3326522
マップデータ
ファイルemd_1998.map.gz ( map file in CCP4 format, 27649 KB )
投影像・断面図画像のサイズ:
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
192 pix
2.02 A/pix
= 387.84 A
192 pix
2.02 A/pix
= 387.84 A
192 pix
2.02 A/pix
= 387.84 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

密度
表面のレベル:0.2 (by author), 0.2 (ムービー #1)
最小 - 最大: -2.73170733 - 3.48780489
平均 (標準偏差): 0.00911437 (0.13511574)
データのタイプImage stored as Reals
空間群1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions192192192
Origin-96-96-96
Limit959595
Spacing192192192
単位格子A= B= C: 387.84 A
Alpha=beta=gamma: 90 degrees
ピクセルのサイズX= Y= Z: 2.02 A
CCP4マップヘッダ情報
modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z2.022.022.02
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z387.840387.840387.840
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
start NC,NX/NR,NY/NS,NZ
NC,NX/NR,NY/NS,NZ
D min/max/mean-2.7323.4880.009
注釈・詳細The GroEL-ATP7 Rs1 map is one of seven maps calculated from a heterogenous sample
添付情報
画像
画像
試料
構成要素の数2
名称GroEL-ATP7 Rs1
オリゴマーの状態tetradecamer of GroEL with 7 ATP molecules bound
分子量(理論値)0.8MDa
分子量(実験値)0.8MDa
構成要素 #1: タンパク質 - GroEL
科学的な名称hsp60
別名GroEL
分子量(理論値)0.056 MDa
分子量(実験値)0.056 MDa
オリゴマー状態の詳細tetradecamer
コピー数14
生物種の科学的名称Escherichia coli

NCBI taxonomy562
詳細ATPase Mutant, D398A
組み替え発現Yes
由来(天然)Cell Location: cytoplasm
由来(合成)NCBI taxonomy: 562
Expression system: Escherichia coli
リンク遺伝子オントロジー: GO:0042026, Inter Pro: IPR:002423
構成要素 #2: リガンド - ATP
科学的な名称ATP
分子量(理論値)0.00055 MDa
分子量(実験値)0.00055 MDa
生物種の科学的名称synthetic construct
NCBI taxonomy32630
詳細ATP is bound to seven subunits of one ring
組み替え発現No
実験
試料調製
試料濃度4 mg/ml
試料・支持膜の詳細cflat grids r2/2
試料の状態particle
緩衝液詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.4, 50 mM KCl and 10 mM MgCl2, 200uM ATP
pH: 7.4
急速凍結
手法Grids were blotted for 2-3 seconds
凍結剤ETHANE
タイミング・詳細Vitrified within 30 seconds
詳細Vitrification instrument: Vitrobot
湿度100
装置FEI VITROBOT
温度95 Kelvin
撮影
顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細The data were collected with Leginon at SCRIPPS
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧120 kV
電子線照射量15 e/A**2
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
倍率実測値: 148500
球面収差(Cs・公称値)2 mm
撮影モードBRIGHT FIELD
デフォーカス700 nm - 3500 nm
試料ホルダ
ホルダEucentric
モデルGATAN LIQUID NITROGEN
温度95 K ( 95 - 95 K)
カメラ
ディテクターGATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
解析
手法単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズムProjection matching
オイラー方位角・詳細theta 80-100, phi 0-51.42
ソフトウェアSPIDER, IMAGIC
CTF補正Each particle was phase flipped
詳細SIRT was used to reconstruct the final map
分解能8 A
分解能の評価方法FSC 0.5
単粒子
投影像の数5500
詳細The particles were automatically picked using FindEM
仮定した対称性C7 (7回回転対称)
原子モデルのあてはめ
モデル #0
当てはまり具合の基準Cross-correlation coefficient
詳細Protocol: Flexible fitting
ソフトウェアChimera, Flex-EM, NAMD2.6
精密化のプロトコルflexible
精密化に使用した空間REAL
PDB-ID1OEL
あてはめた原子座標
PDB-ID
ダウンロード
EMDBの登録データ
ヘッダ(付随情報, XML型式)emd-1998.xml (9 KB)
マップデータemd_1998.map.gz (481.6 KB)
画像EMD1998.jpeg (27.6 KB)
FTPディレクトリftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1998
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.5 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.4 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 26 KB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.3 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.9 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 26.5 KB
ムービー #3
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.8 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.8 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 5.5 MB