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万見
- EMDB-1661: The three-dimensional structure of a hepatitis C virus p7 ion cha... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1661
タイトルThe three-dimensional structure of a hepatitis C virus p7 ion channel by electron microscopy
マップデータTop view of the EM density map of the HCV p7 channel
試料
  • 試料: HCV p7 hexamer, JFH-1 strain, genotype 2a
  • タンパク質・ペプチド: p7
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Luik P / Chew C / Aittoniemi J / Chang J / Wentworth P / Dwek RA / Biggin PC / Venien-Bryan C / Zitzmann N
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: The 3-dimensional structure of a hepatitis C virus p7 ion channel by electron microscopy.
著者: Philipp Luik / Chee Chew / Jussi Aittoniemi / Jason Chang / Paul Wentworth / Raymond A Dwek / Philip C Biggin / Catherine Vénien-Bryan / Nicole Zitzmann /
要旨: Infection with the hepatitis C virus (HCV) has a huge impact on global health putting more than 170 million people at risk of developing severe liver disease. The HCV encoded p7 ion channel is ...Infection with the hepatitis C virus (HCV) has a huge impact on global health putting more than 170 million people at risk of developing severe liver disease. The HCV encoded p7 ion channel is essential for the production of infectious viruses. Despite a growing body of functional data, little is known about the 3-dimensional (3D) structure of the channel. Here, we present the 3D structure of a full-length viroporin, the detergent-solubilized hexameric 42 kDa form of the HCV p7 ion channel, as determined by single-particle electron microscopy using the random conical tilting approach. The reconstruction of such a small protein complex was made possible by a combination of high-contrast staining, the symmetry, and the distinct structural features of the channel. The orientation of the p7 monomers within the density was established using immunolabeling with N and C termini specific F(ab) fragments. The density map at a resolution of approximately 16 A reveals a flower-shaped protein architecture with protruding petals oriented toward the ER lumen. This broadest part of the channel presents a comparatively large surface area providing potential interaction sites for cellular and virally encoded ER resident proteins.
履歴
登録2009年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年11月17日-
マップ公開2009年11月17日-
更新2009年11月17日-
現状2009年11月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

Preview_EMD-...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1661.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Top view of the EM density map of the HCV p7 channel
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.77 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.0164729 - 0.0843588
平均 (標準偏差)0.00149795 (±0.00843059)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 177.28 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.772.772.77
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z177.280177.280177.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-147
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.0160.0840.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HCV p7 hexamer, JFH-1 strain, genotype 2a

全体名称: HCV p7 hexamer, JFH-1 strain, genotype 2a
要素
  • 試料: HCV p7 hexamer, JFH-1 strain, genotype 2a
  • タンパク質・ペプチド: p7

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超分子 #1000: HCV p7 hexamer, JFH-1 strain, genotype 2a

超分子名称: HCV p7 hexamer, JFH-1 strain, genotype 2a / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hexameric / Number unique components: 1

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分子 #1: p7

分子名称: p7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: p7 / 詳細: p7 solubilzed with DHPC / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Hepatitis C virus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 100 mM NaCl, 50 mM DHPC, 25 mM Hepes, pH 7.0
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% (w/v) phosphotungstic acid (PTA)
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: PHILIPS ROTATION HOLDER
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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