EMDB-1640: Saccharomyces cerevisiae（パン酵母）由来 V-ATPase（液胞型ATPアーゼ）の2...

エントリ情報
概要
データベース名・ID	EM DATA BANK (EMDB) / 1640
タイトル	Structure of the V-ATPase of Saccharomyces cerevisiae at 2.5 nm resolution Saccharomyces cerevisiae（パン酵母）由来 V-ATPase（液胞型ATPアーゼ）の2.5 nm分解能の構造
マップデータ	V-ATPase of Sacharomyces cerevisiae
試料	V-ATPase
キーワード	V-ATPase, single particle, Stator
著者・データ登録者	Diepholz M, Venzke D, Prinz S, Batisse C, Florchinger B, Rossle M, Svergun D, Bottcher B, Fethiere J
日付	Deposition: 2009-08-03, Header release: 2010-06-11, Map release: 2010-06-11, Last update: 2010-06-11
EMDBのサイト	EMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービー	ムービーページ #1: 表面図（断面を密度値に従い着色）, 表面レベル: 0.05, UCSF CHIMERAにより作成 #2: 表面図（円筒半径に従い着色）, 表面レベル: 0.05, UCSF CHIMERAにより作成
添付画像	vatpase_emdb...
構造ビューア	万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
類似構造 (beta)	分布図 EMDB-1590 EMDB-1991 EMDB-1054 類似構造データの一覧 Omokageシステムについて

文献
引用 - Primary
文献	Structure, Vol. 16, Issue 12, Page 1789-98, Year 2008
タイトル	A different conformation for EGC stator subcomplex in solution and in the assembled yeast V-ATPase: possible implications for regulatory disassembly.
著者	Meikel Diepholz, David Venzke, Simone Prinz, Claire Batisse, Beate Flörchinger, Manfred Rössle, Dmitri I Svergun, Bettina Böttcher, James Féthière EMBL, Structural and Computational Biology Unit, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
キーワード	Image Processing, Computer-Assisted, Light, Models, Molecular, Molecular Conformation, Protein Structure, Quaternary, Protein Structure, Tertiary, Protein Subunits (chemistry), Recombinant Proteins (isolation & purification), Saccharomyces cerevisiae (enzymology), Saccharomyces cerevisiae Proteins (genetics), Scattering, Radiation, Solubility, Solutions (chemistry), Structure-Activity Relationship, Vacuolar Proton-Translocating ATPases (genetics, 3.6.1.-), X-Ray Diffraction
リンク	PII: S0969-2126(08)00381-X, DOI: 10.1016/j.str.2008.09.010, PubMed: 19081055

マップデータ

ファイル

EMD-1640.map ( map file in CCP4 format, 4002 KB )

投影像・断面図

画像のサイズ:

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面のレベル:	0.05 (by author), 0.05 (ムービー #1)
最小 - 最大:	-0.493566 - 0.977651
平均 (標準偏差):	0.00408422 (0.0519208)

データのタイプ

Image stored as Reals

空間群

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Dimensions	100	100	100
Origin	0	0	0
Limit	99	99	99
Spacing	100	100	100

単位格子

A= B= C: 517 A
Alpha=beta=gamma: 90 degrees

ピクセルのサイズ

X= Y= Z: 5.17 A

CCP4マップヘッダ情報

mode	Image stored as Reals
A/pix X/Y/Z	5.17	5.17	5.17
M x/y/z	100	100	100
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	517.000	517.000	517.000
alpha/beta/gamma	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	-64	-64	-64
NX/NY/NZ	128	128	128
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	100	100	100
start NC,NX/NR,NY/NS,NZ
NC,NX/NR,NY/NS,NZ
D min/max/mean	-0.494	0.978	0.004

注釈・詳細

V-ATPase of Sacharomyces cerevisiae

添付情報
画像
画像	vatpase_emdb...

試料
名称	V-ATPase
構成要素の数	1
オリゴマーの状態	A3B3CDE3FG3Hac'c''c(5-8)d
分子量（理論値）	0.98MDa
構成要素 #1: タンパク質 - V-ATPase
科学的な名称	V-ATPase
生物種の科学的名称	Saccharomyces cerevisiae
生物種の別名	Baker's Yeast
NCBI taxonomy	4932
組み替え発現	Yes
由来（天然）	Cell: SBY119 Organ Or Tissue: Inner membranes Organelle: Vacuoles Cell Location: Vacuolar membranes
由来（合成）	NCBI taxonomy: 4932 Expression system: Saccharomyces cerevisiae

実験
試料調製
染色	The sandwich technique (Golas et al., 2003) was used to prepare negatively stained V-ATPase samples. Briefly, purified V-ATPase at a concentration of 0.03 mg/ml was adsorbed on a carbon film layered on a mica support at the carbon/mica interface. Subsequently, the carbon film with adsorbed particles was floated over the staining solution (2% uranyl acetate). After attachment of a copper grid to the dry surface of the carbon, a second carbon film was floated over the same staining solution. The protein/carbon/grid assembly was picked up with a piece of newspaper, turned upside down, and immersed in the solution. A sandwich of two carbon layers with the protein particles trapped in between is created by picking up the second carbon layer with the grid.
試料・支持膜の詳細	400 mesh copper grid
試料の状態	particle
緩衝液	Details: Phosphate buffered Saline containing 0.1% Digitonin, 8% sucrose, 2% sorbitol, 2% glucose, Pefabloc SC (Roche), 13 tablets/l of complete EDTA-free Protease inhibitors pH: 7.1
急速凍結
凍結剤	NONE
装置	NONE
撮影
顕微鏡	FEI/PHILIPS CM200FEG
電子銃
電子線源	FIELD EMISSION GUN
加速電圧	200 kV
照射モード	FLOOD BEAM
レンズ
倍率	Nominal: 27500
非点収差（補正）	Corrected at 200000 times magnification on graininess of carbon
球面収差（Cs・公称値）	2 mm
撮影モード	BRIGHT FIELD
試料ホルダ
ホルダ	Eucentric
モデル	SIDE ENTRY, EUCENTRIC
傾斜角	0 degrees - 0 degrees
カメラ
ディテクター	CCD
画像の取得
画像の枚数	400
サンプリングサイズ	14.22
ビット数	12
詳細	Images were recorded on CCD, no scanning, sampling step size was adjusted to calibrated image size

解析
手法	単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズム	Projection matching
ソフトウェア	IMAGIC, SPIDER, EMAN
詳細	Spider option BP 32F Back Projection - 3D, Sampled, Interpolated in Fourier space
分解能	25 A
分解能の評価方法	FSC at 0.5
単粒子
投影像の数	16300

ダウンロード

EMDBの登録データ

ヘッダ（付随情報, XML型式）

emd-1640.xml (7.9 KB)

マップデータ

emd_1640.map.gz (271.6 KB)

画像

vatpase_emdb.tif (137.4 KB)

FTPディレクトリ

ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1640

ムービー関連ファイル

ムービー #1

	.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.5 MB .webm (WebM/VP8 形式), 5.4 MB UCSF-Chimera用セッションファイル, 26.3 KB

ムービー #2

	.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.3 MB .webm (WebM/VP8 形式), 5.1 MB UCSF-Chimera用セッションファイル, 26.3 KB