3次元電子顕微鏡データナビゲーター [English / 日本語]
トップ ギャラリー リスト 分布図 統計情報 ビューア 解説
ムービーページ万見 (構造ビューア)
PDBj>EM Navigator>詳細ページ - EMDB-1640

Structure of the V-ATPase of Saccharomyces cerevisiae at 2.5 nm resolution

単粒子再構成法による, 25Å分解能

ムービー

方向:

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 0.05, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(円筒半径に従い着色), 表面レベル: 0.05, UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDEM DATA BANK (EMDB) / 1640
タイトルStructure of the V-ATPase of Saccharomyces cerevisiae at 2.5 nm resolution
Saccharomyces cerevisiae(パン酵母)由来 V-ATPase(液胞型ATPアーゼ)の2.5 nm分解能の構造
マップデータV-ATPase of Sacharomyces cerevisiae
試料V-ATPase
キーワードV-ATPase, single particle, Stator
著者・登録者Diepholz M, Venzke D, Prinz S, Batisse C, Florchinger B, Rossle M, Svergun D, Bottcher B, Fethiere J
日付登録: 2009-08-03, 付随情報の公開: 2010-06-11, マップデータの公開日: 2010-06-11, 更新日: 2010-06-11
EMDBのサイトEMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 0.05, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(円筒半径に従い着色), 表面レベル: 0.05, UCSF CHIMERAによる画像

添付画像
構造ビューア万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
類似形状データ
類似形状データの検索:
EMDB + PDBの電子顕微鏡エントリ
EMDB + PDBすべて (Omokage検索)
文献
引用 - Primary
文献Structure, Vol. 16, Issue 12, Page 1789-98, Year 2008
タイトルA different conformation for EGC stator subcomplex in solution and in the assembled yeast V-ATPase: possible implications for regulatory disassembly.
著者Meikel Diepholz, David Venzke, Simone Prinz, Claire Batisse, Beate Flörchinger, Manfred Rössle, Dmitri I Svergun, Bettina Böttcher, James Féthière
EMBL, Structural and Computational Biology Unit, Meyerhofstrasse 1, 69117 Heidelberg, Germany.
キーワードImage Processing, Computer-Assisted, Light, Models, Molecular, Molecular Conformation, Protein Structure, Quaternary, Protein Structure, Tertiary, Protein Subunits (chemistry), Recombinant Proteins (isolation & purification), Saccharomyces cerevisiae (enzymology), Saccharomyces cerevisiae Proteins (genetics), Scattering, Radiation, Solubility, Solutions (chemistry), Structure-Activity Relationship, Vacuolar Proton-Translocating ATPases (genetics, 3.6.1.-), X-Ray Diffraction
リンクPII: S0969-2126(08)00381-X, DOI: 10.1016/j.str.2008.09.010, PubMed: 19081055
マップデータ
ファイルemd_1640.map.gz ( map file in CCP4 format, 3908 KB )
投影像・断面図画像のサイズ:
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
100 pix
5.17 A/pix
= 517. A
100 pix
5.17 A/pix
= 517. A
100 pix
5.17 A/pix
= 517. A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

密度
表面のレベル:0.05 (by author), 0.05 (ムービー #1)
最小 - 最大: -0.493566 - 0.977651
平均 (標準偏差): 0.00408422 (0.0519208)
データのタイプImage stored as Reals
空間群1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions100100100
Origin000
Limit999999
Spacing100100100
単位格子A= B= C: 517 A
Alpha=beta=gamma: 90 degrees
ピクセルのサイズX= Y= Z: 5.17 A
CCP4マップヘッダ情報
modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z5.175.175.17
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z517.000517.000517.000
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
start NC,NX/NR,NY/NS,NZ
NC,NX/NR,NY/NS,NZ
D min/max/mean-0.4940.9780.004
注釈・詳細V-ATPase of Sacharomyces cerevisiae
添付情報
画像
画像
試料
構成要素の数1
名称V-ATPase
オリゴマーの状態A3B3CDE3FG3Hac'c''c(5-8)d
分子量(理論値)0.98MDa
構成要素 #1: タンパク質 - V-ATPase
科学的な名称V-ATPase
生物種の科学的名称Saccharomyces cerevisiae

生物種の別名Baker's Yeast
NCBI taxonomy4932
組み替え発現Yes
由来(天然)セル: SBY119
Organ Or Tissue: Inner membranes
細胞器官: Vacuoles
Cell Location: Vacuolar membranes
由来(合成)NCBI taxonomy: 4932
Expression system: Saccharomyces cerevisiae
実験
試料調製
染色The sandwich technique (Golas et al., 2003) was used to prepare negatively stained V-ATPase samples. Briefly, purified V-ATPase at a concentration of 0.03 mg/ml was adsorbed on a carbon film layered on a mica support at the carbon/mica interface. Subsequently, the carbon film with adsorbed particles was floated over the staining solution (2% uranyl acetate). After attachment of a copper grid to the dry surface of the carbon, a second carbon film was floated over the same staining solution. The protein/carbon/grid assembly was picked up with a piece of newspaper, turned upside down, and immersed in the solution. A sandwich of two carbon layers with the protein particles trapped in between is created by picking up the second carbon layer with the grid.
試料・支持膜の詳細400 mesh copper grid
試料の状態particle
緩衝液詳細: Phosphate buffered Saline containing 0.1% Digitonin, 8% sucrose, 2% sorbitol, 2% glucose, Pefabloc SC (Roche), 13 tablets/l of complete EDTA-free Protease inhibitors
pH: 7.1
急速凍結
凍結剤NONE
装置NONE
撮影
顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧200 kV
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
倍率公称値: 27500
非点収差(補正)Corrected at 200000 times magnification on graininess of carbon
球面収差(Cs・公称値)2 mm
撮影モードBRIGHT FIELD
試料ホルダ
ホルダEucentric
モデルSIDE ENTRY, EUCENTRIC
傾斜角0 degrees - 0 degrees
カメラ
ディテクターGENERIC CCD
画像の取得
#1
画像の枚数400
サンプリングサイズ14.22
ビット数12
詳細Images were recorded on CCD, no scanning, sampling step size was adjusted to calibrated image size
解析
手法単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズムProjection matching
ソフトウェアIMAGIC, SPIDER, EMAN
詳細Spider option BP 32F Back Projection - 3D, Sampled, Interpolated in Fourier space
分解能25 A
分解能の評価方法FSC 0.5
単粒子
投影像の数16300
仮定した対称性C1 (非対称)
ダウンロード
EMDBの登録データ
ヘッダ(付随情報, XML型式)emd-1640.xml (7.9 KB)
マップデータemd_1640.map.gz (271.6 KB)
画像vatpase_emdb.tif (137.4 KB)
FTPディレクトリftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1640
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.5 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.4 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 26.3 KB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.3 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.1 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 26.3 KB