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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1637 | |||||||||
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タイトル | Proteome organization in a genome-reduced bacterium -Topoisomerase of Mycoplasma pneumoniae - | |||||||||
マップデータ | Map of topoisomerase | |||||||||
試料 |
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キーワード | Topoisomerase (DNAトポイソメラーゼ) / Mycoplasma pneumoniae / single particle (単粒子解析法) | |||||||||
生物種 | Mycoplasma pneumoniae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kuhner S / vanNoort V / Betts MJ / Leo-Macias A / Batisse C / Rode M / Yamada T / Maier T / Bader S / Beltran-Alvarez P ...Kuhner S / vanNoort V / Betts MJ / Leo-Macias A / Batisse C / Rode M / Yamada T / Maier T / Bader S / Beltran-Alvarez P / Castano-Diez D / Chen W-H / Devos D / Guell Cargol M / Norambuena T / Racke I / Rybin V / Schmidt A / Yus E / Aebersold R / Herrmann R / Bottcher B / Frangakis AS / Russell RB / Serrano L / Bork P / Gavin A-C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Proteome organization in a genome-reduced bacterium. 著者: Sebastian Kühner / Vera van Noort / Matthew J Betts / Alejandra Leo-Macias / Claire Batisse / Michaela Rode / Takuji Yamada / Tobias Maier / Samuel Bader / Pedro Beltran-Alvarez / Daniel ...著者: Sebastian Kühner / Vera van Noort / Matthew J Betts / Alejandra Leo-Macias / Claire Batisse / Michaela Rode / Takuji Yamada / Tobias Maier / Samuel Bader / Pedro Beltran-Alvarez / Daniel Castaño-Diez / Wei-Hua Chen / Damien Devos / Marc Güell / Tomas Norambuena / Ines Racke / Vladimir Rybin / Alexander Schmidt / Eva Yus / Ruedi Aebersold / Richard Herrmann / Bettina Böttcher / Achilleas S Frangakis / Robert B Russell / Luis Serrano / Peer Bork / Anne-Claude Gavin / 要旨: The genome of Mycoplasma pneumoniae is among the smallest found in self-replicating organisms. To study the basic principles of bacterial proteome organization, we used tandem affinity purification- ...The genome of Mycoplasma pneumoniae is among the smallest found in self-replicating organisms. To study the basic principles of bacterial proteome organization, we used tandem affinity purification-mass spectrometry (TAP-MS) in a proteome-wide screen. The analysis revealed 62 homomultimeric and 116 heteromultimeric soluble protein complexes, of which the majority are novel. About a third of the heteromultimeric complexes show higher levels of proteome organization, including assembly into larger, multiprotein complex entities, suggesting sequential steps in biological processes, and extensive sharing of components, implying protein multifunctionality. Incorporation of structural models for 484 proteins, single-particle electron microscopy, and cellular electron tomograms provided supporting structural details for this proteome organization. The data set provides a blueprint of the minimal cellular machinery required for life. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1637.map.gz | 19.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1637-v30.xml emd-1637.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1637.png | 200.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1637 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1637 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of topoisomerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniae
全体 | 名称: Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniaeDNAトポイソメラーゼ |
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要素 |
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-超分子 #1000: Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniae
超分子 | 名称: Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniae / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was fixed following the GRAFIX protocol / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Topoisomerase
分子 | 名称: Topoisomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Topoisomerase / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mycoplasma pneumoniae (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Mycoplasma pneumoniae (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50mM Hepes, 20% glycerol, 0.075% glutaraldehyde, 100mM NaCl, 1.5 mM MgCl2 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids were prepared by sandwich negative stain the sample was adsorbed to carbon on mica and floated on 1 % uranyl acetate the carbon was picked up with an uncoated grid then a second piece ...詳細: Grids were prepared by sandwich negative stain the sample was adsorbed to carbon on mica and floated on 1 % uranyl acetate the carbon was picked up with an uncoated grid then a second piece of carbon, which was also floated on 1% uranyl acetate, was picked up with the same grid sandwiching the sample between the two layers of carbon |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 倍率(公称値): 27500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Corrected at 200000 times magnification on graininess of carbon |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.22 µm / 実像数: 70 詳細: Images were recorded on CCD, no scanning sampling step size was adjusted to calibrated image size ビット/ピクセル: 12 |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER, EMAN 詳細: Spider option BP 32F Back Projection - 3D, Sampled, Interpolated in Fourier space 使用した粒子像数: 4767 |
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