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- EMDB-1637: Proteome organization in a genome-reduced bacterium -Topoisomeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1637
タイトルProteome organization in a genome-reduced bacterium -Topoisomerase of Mycoplasma pneumoniae -
マップデータMap of topoisomerase
試料
  • 試料: Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniaeDNAトポイソメラーゼ
  • タンパク質・ペプチド: TopoisomeraseDNAトポイソメラーゼ
キーワードTopoisomerase (DNAトポイソメラーゼ) / Mycoplasma pneumoniae / single particle (単粒子解析法)
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.5 Å
データ登録者Kuhner S / vanNoort V / Betts MJ / Leo-Macias A / Batisse C / Rode M / Yamada T / Maier T / Bader S / Beltran-Alvarez P ...Kuhner S / vanNoort V / Betts MJ / Leo-Macias A / Batisse C / Rode M / Yamada T / Maier T / Bader S / Beltran-Alvarez P / Castano-Diez D / Chen W-H / Devos D / Guell Cargol M / Norambuena T / Racke I / Rybin V / Schmidt A / Yus E / Aebersold R / Herrmann R / Bottcher B / Frangakis AS / Russell RB / Serrano L / Bork P / Gavin A-C
引用ジャーナル: Science / : 2009
タイトル: Proteome organization in a genome-reduced bacterium.
著者: Sebastian Kühner / Vera van Noort / Matthew J Betts / Alejandra Leo-Macias / Claire Batisse / Michaela Rode / Takuji Yamada / Tobias Maier / Samuel Bader / Pedro Beltran-Alvarez / Daniel ...著者: Sebastian Kühner / Vera van Noort / Matthew J Betts / Alejandra Leo-Macias / Claire Batisse / Michaela Rode / Takuji Yamada / Tobias Maier / Samuel Bader / Pedro Beltran-Alvarez / Daniel Castaño-Diez / Wei-Hua Chen / Damien Devos / Marc Güell / Tomas Norambuena / Ines Racke / Vladimir Rybin / Alexander Schmidt / Eva Yus / Ruedi Aebersold / Richard Herrmann / Bettina Böttcher / Achilleas S Frangakis / Robert B Russell / Luis Serrano / Peer Bork / Anne-Claude Gavin /
要旨: The genome of Mycoplasma pneumoniae is among the smallest found in self-replicating organisms. To study the basic principles of bacterial proteome organization, we used tandem affinity purification- ...The genome of Mycoplasma pneumoniae is among the smallest found in self-replicating organisms. To study the basic principles of bacterial proteome organization, we used tandem affinity purification-mass spectrometry (TAP-MS) in a proteome-wide screen. The analysis revealed 62 homomultimeric and 116 heteromultimeric soluble protein complexes, of which the majority are novel. About a third of the heteromultimeric complexes show higher levels of proteome organization, including assembly into larger, multiprotein complex entities, suggesting sequential steps in biological processes, and extensive sharing of components, implying protein multifunctionality. Incorporation of structural models for 484 proteins, single-particle electron microscopy, and cellular electron tomograms provided supporting structural details for this proteome organization. The data set provides a blueprint of the minimal cellular machinery required for life.
履歴
登録2009年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月11日-
マップ公開2010年6月11日-
更新2010年6月11日-
現状2010年6月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of topoisomerase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 332.8 Å
5.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 332.8 Å
5.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大0.0 - 72.125500000000002
平均 (標準偏差)0.291584 (±2.90852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.25.25.2
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean0.00072.1250.292

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniae

全体名称: Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniaeDNAトポイソメラーゼ
要素
  • 試料: Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniaeDNAトポイソメラーゼ
  • タンパク質・ペプチド: TopoisomeraseDNAトポイソメラーゼ

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超分子 #1000: Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniae

超分子名称: Topoisomerase from Mycoplasma pneumoniae / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was fixed following the GRAFIX protocol / Number unique components: 1

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分子 #1: Topoisomerase

分子名称: Topoisomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Topoisomerase / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
組換発現生物種: Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50mM Hepes, 20% glycerol, 0.075% glutaraldehyde, 100mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids were prepared by sandwich negative stain the sample was adsorbed to carbon on mica and floated on 1 % uranyl acetate the carbon was picked up with an uncoated grid then a second piece ...詳細: Grids were prepared by sandwich negative stain the sample was adsorbed to carbon on mica and floated on 1 % uranyl acetate the carbon was picked up with an uncoated grid then a second piece of carbon, which was also floated on 1% uranyl acetate, was picked up with the same grid sandwiching the sample between the two layers of carbon
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 倍率(公称値): 27500
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 200000 times magnification on graininess of carbon
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.22 µm / 実像数: 70
詳細: Images were recorded on CCD, no scanning sampling step size was adjusted to calibrated image size
ビット/ピクセル: 12

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER, EMAN
詳細: Spider option BP 32F Back Projection - 3D, Sampled, Interpolated in Fourier space
使用した粒子像数: 4767

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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