+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1617 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | C12 symmetrised 3D reconstruction of the Shigella flexneri T3SS needle complex from negatively stained sample electron micrographs | |||||||||
マップデータ | This is a 3D reconstruction of the Shigella flexneri 'needle complex' from negative stain images, done with C12 symmetry imposed. The resolution is 21-25A. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Shigella flexneri Type III secretion system Needle complex Microbial pathogenesis | |||||||||
機能・相同性 | Yop virulence translocation protein R / Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Type III secretion system, needle protein / Flagellar M-ring , N-terminal / : / protein secretion / cell outer membrane / protein transport 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hodgkinson JL / Horsley A / Stabat D / Simon M / Johnson S / da Fonseca PCA / Morris EP / Wall JS / Lea SM / Blocker AJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2009 タイトル: Three-dimensional reconstruction of the Shigella T3SS transmembrane regions reveals 12-fold symmetry and novel features throughout. 著者: Julie L Hodgkinson / Ashley Horsley / David Stabat / Martha Simon / Steven Johnson / Paula C A da Fonseca / Edward P Morris / Joseph S Wall / Susan M Lea / Ariel J Blocker / 要旨: Type III secretion systems (T3SSs) mediate bacterial protein translocation into eukaryotic cells, a process essential for virulence of many Gram-negative pathogens. They are composed of a cytoplasmic ...Type III secretion systems (T3SSs) mediate bacterial protein translocation into eukaryotic cells, a process essential for virulence of many Gram-negative pathogens. They are composed of a cytoplasmic secretion machinery and a base that bridges both bacterial membranes, into which a hollow, external needle is embedded. When isolated, the latter two parts are termed the 'needle complex'. An incomplete understanding of the structure of the needle complex has hampered studies of T3SS function. To estimate the stoichiometry of its components, we measured the mass of its subdomains by scanning transmission electron microscopy (STEM). We determined subunit symmetries by analysis of top and side views within negatively stained samples in low-dose transmission electron microscopy (TEM). Application of 12-fold symmetry allowed generation of a 21-25-A resolution, three-dimensional reconstruction of the needle complex base, revealing many new features and permitting tentative docking of the crystal structure of EscJ, an inner membrane component. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1617.map.gz | 13.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1617-v30.xml emd-1617.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1617.gif 1617.png | 32.1 KB 327.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1617 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1617 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1617_validation.pdf.gz | 210.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1617_full_validation.pdf.gz | 209.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1617_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1617 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1617 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is a 3D reconstruction of the Shigella flexneri 'needle complex' from negative stain images, done with C12 symmetry imposed. The resolution is 21-25A. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.62 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Shigella flexneri T3SS needle complex
全体 | 名称: Shigella flexneri T3SS needle complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Shigella flexneri T3SS needle complex
超分子 | 名称: Shigella flexneri T3SS needle complex / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Affinity purified using His6 tag on MxiG N-term Contains detergent (see Zenk et al., 2007) 集合状態: Large macromolecular complex (total list of components not yet known) Number unique components: 8 |
---|---|
分子量 | 実験値: 3.6 MDa / 手法: STEM analysis |
-分子 #1: Spa24
分子 | 名称: Spa24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Spa24 詳細: This is the MW of the monomer, which must be cleaved in its cytoplasmic portion during T3SS biogenesis. 集合状態: Unknown / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: inner membrane protein |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
配列 | GO: protein secretion / InterPro: Yop virulence translocation protein R |
-分子 #2: Spa40
分子 | 名称: Spa40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Spa40 詳細: This is the MW of the monomer, which must be cleaved in its cytoplasmic portion during T3SS biogenesis. 集合状態: Unknown / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: polytopic-inner membrane protein |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
配列 | GO: protein secretion InterPro: Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ |
-分子 #3: MxiM
分子 | 名称: MxiM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: MxiM / 詳細: This is the MW of the monomer. / コピー数: 12 / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: outside face of outer membrane |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
配列 | GO: cell outer membrane |
-分子 #4: MxiI
分子 | 名称: MxiI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: MxiI / 詳細: This is the MW of the monomer. / コピー数: 10 / 集合状態: Helical polymer / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: periplasmic space |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
配列 | GO: protein transport |
-分子 #5: MxiG
分子 | 名称: MxiG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: MxiG / 詳細: This is the MW of the monomer. / コピー数: 24 / 集合状態: Probable homo-24mer / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: spans inner membrane |
分子量 | 理論値: 430 KDa |
配列 | GO: GO: 0009405 |
-分子 #6: MxiJ
分子 | 名称: MxiJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: MxiJ 詳細: This is the MW of the monomer with its N-terminal lipid modification site processed (but MW of lipid moiety unknown). コピー数: 12 / 集合状態: Probable homo-dodecamer / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system 細胞中の位置: mostly periplasmic face of inner membrane |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
配列 | GO: protein secretion / InterPro: Flagellar M-ring , N-terminal |
-分子 #7: MxiH
分子 | 名称: MxiH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: MxiH / 詳細: This is the MW of the monomer. / コピー数: 120 / 集合状態: helical polymer / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: Extracellular |
分子量 | 理論値: 90 KDa |
配列 | GO: GO: 0009405 / InterPro: Type III secretion system, needle protein |
-分子 #8: MxiD
分子 | 名称: MxiD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / Name.synonym: MxiD 詳細: This is the MW of the monomer without it's signal sequence included コピー数: 12 / 集合状態: homo-dodecamer / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: Outer membrane |
分子量 | 理論値: 620 KDa |
配列 | GO: protein secretion InterPro: Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.050 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 詳細: 10mM Tris pH 8, 0.1% Triton X-100 and 1mM EDTA buffer |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: negatively stained in unbuffered 2% aqueous uranyl acetate |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grids (Athene) covered with holey carbon film over which thin plain carbon was laid were used |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
---|---|
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
詳細 | Low-dose mode was used |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 126 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 48600 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
詳細 | Numbers of particles given are for final reconstruction. We started with over 3000. Particles were selected using Ximdisp software, cut out to an initial box size of 400 by 400 pixel and coarsened to 2.62A per pixel using Label prior to further processing. |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER IMAGIC5 詳細: Maps were generated from 41 individual images (selected through image processing out of an initial pool of 3000) 使用した粒子像数: 41 |
最終 角度割当 | 詳細: Imagic beta 87-93 degrees gamma 0-30 degrees |
最終 2次元分類 | クラス数: 4 |