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万見
- EMDB-1595: 20S RNA editing complex of Trypanosoma brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1595
タイトル20S RNA editing complex of Trypanosoma brucei
マップデータ3D map of the 20S RNA editing complex of Trypanosoma brucei
試料
  • 試料: 20S RNA editing complex of Trypanosoma bucei
  • 細胞器官・細胞要素: 20S RNA editing complex
キーワードRNA editing (RNAエディティング) / Trypanosoma brucei (ブルーストリパノソーマ)
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Golas MM / Boehm C / Sander B / Effenberger K / Brecht M / Stark H / Goeringer HU
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2009
タイトル: Snapshots of the RNA editing machine in trypanosomes captured at different assembly stages in vivo.
著者: Monika M Golas / Cordula Böhm / Bjoern Sander / Kerstin Effenberger / Michael Brecht / Holger Stark / H Ulrich Göringer /
要旨: Mitochondrial pre-messenger RNAs in kinetoplastid protozoa are substrates of uridylate-specific RNA editing. RNA editing converts non-functional pre-mRNAs into translatable molecules and can generate ...Mitochondrial pre-messenger RNAs in kinetoplastid protozoa are substrates of uridylate-specific RNA editing. RNA editing converts non-functional pre-mRNAs into translatable molecules and can generate protein diversity by alternative editing. Although several editing complexes have been described, their structure and relationship is unknown. Here, we report the isolation of functionally active RNA editing complexes by a multistep purification procedure. We show that the endogenous isolates contain two subpopulations of approximately 20S and approximately 35-40S and present the three-dimensional structures of both complexes by electron microscopy. The approximately 35-40S complexes consist of a platform density packed against a semispherical element. The approximately 20S complexes are composed of two subdomains connected by an interface. The two particles are structurally related, and we show that RNA binding is a main determinant for the interconversion of the two complexes. The approximately 20S editosomes contain an RNA-binding site, which binds gRNA, pre-mRNA and gRNA/pre-mRNA hybrid molecules with nanomolar affinity. Variability analysis indicates that subsets of complexes lack or possess additional domains, suggesting binding sites for components. Together, a picture of the RNA editing machinery is provided.
履歴
登録2009年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年2月25日-
マップ公開2011年1月27日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0419
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0419
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1595.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of the 20S RNA editing complex of Trypanosoma brucei
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.7 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.0419 / ムービー #1: 0.0419
最小 - 最大-0.65175891 - 1.61760938
平均 (標準偏差)0.00520643 (±0.06710754)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 364.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.75.75.7
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z364.800364.800364.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.6521.6180.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 20S RNA editing complex of Trypanosoma bucei

全体名称: 20S RNA editing complex of Trypanosoma bucei
要素
  • 試料: 20S RNA editing complex of Trypanosoma bucei
  • 細胞器官・細胞要素: 20S RNA editing complex

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超分子 #1000: 20S RNA editing complex of Trypanosoma bucei

超分子名称: 20S RNA editing complex of Trypanosoma bucei / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 0.8 +/- 0.08MDa / Number unique components: 1
分子量実験値: 800 KDa

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超分子 #1: 20S RNA editing complex

超分子名称: 20S RNA editing complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: editosome / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 別称: trypanosome / 細胞: Trypanosoma brucei / Organelle: mitochondria

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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